198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_1976 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  100 
 
 		 919 aa  1903    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6333  conjugative relaxase domain protein  50.35 
 
 		 870 aa  858    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1944  conjugative relaxase domain-containing protein  30.89 
 
 		 910 aa  354  4e-96  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4481  conjugative relaxase domain-containing protein  29.4 
 
 		 907 aa  300  1e-79  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.569556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1195  conjugative relaxase domain-containing protein  29.21 
 
 		 907 aa  282  2e-74  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.844088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2489  TrwC protein  29.46 
 
 		 936 aa  265  3e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.604785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  26.92 
 
 		 961 aa  241  4e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  27.62 
 
 		 926 aa  228  5.0000000000000005e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  27.33 
 
 		 943 aa  223  9.999999999999999e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2424  exonuclease V subunit alpha  26.87 
 
 		 923 aa  221  7e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  26.02 
 
 		 929 aa  213  1e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  24.91 
 
 		 1665 aa  194  8e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  24.48 
 
 		 964 aa  194  8e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  23.39 
 
 		 982 aa  185  4.0000000000000006e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  24.97 
 
 		 1170 aa  179  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5159  conjugative relaxase region-like protein  25.08 
 
 		 1014 aa  179  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  23.29 
 
 		 1112 aa  178  4e-43  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5223  conjugative relaxase region-like protein  25.39 
 
 		 1010 aa  160  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  27.22 
 
 		 1486 aa  143  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1027  TrwC protein  29.62 
 
 		 1035 aa  137  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.304384 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  28.37 
 
 		 1111 aa  131  6e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  23.79 
 
 		 1093 aa  129  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  23.62 
 
 		 907 aa  127  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3983  hypothetical protein  25.96 
 
 		 1013 aa  126  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  26.6 
 
 		 918 aa  126  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  23.42 
 
 		 981 aa  124  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_21  protein TraI (DNA helicase I)  21.87 
 
 		 1936 aa  117  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4392  conjugative transfer relaxase protein TraI  24.32 
 
 		 1986 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4309  conjugal transfer nickase/helicase TraI  23.85 
 
 		 1807 aa  115  4.0000000000000004e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4429  conjugative transfer relaxase protein TraI  24.17 
 
 		 1986 aa  114  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4421  conjugative transfer relaxase protein TraI  24.32 
 
 		 1986 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.478197 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4517  conjugative transfer relaxase protein TraI  25 
 
 		 1986 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4614  conjugative transfer relaxase protein TraI  21.9 
 
 		 1986 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.441431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4591  conjugative transfer relaxase protein TraI  24.49 
 
 		 1986 aa  110  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.836035 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0039  hypothetical protein  22.94 
 
 		 1955 aa  106  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.401794  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0651  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  29.9 
 
 		 379 aa  105  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2183  TrwC protein  25.63 
 
 		 542 aa  102  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.964158  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0059  DNA helicase  23.74 
 
 		 875 aa  103  2e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.186545  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0010  conjugal transfer nickase/helicase TraI  21.97 
 
 		 1756 aa  100  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0549712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0077  conjugative transfer relaxase protein TraI  23.09 
 
 		 1428 aa  100  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.850506 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  25.3 
 
 		 946 aa  98.2  6e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  25.89 
 
 		 1174 aa  98.2  7e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  22.83 
 
 		 1176 aa  97.4  9e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  26.61 
 
 		 998 aa  97.1  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3587  exonuclease V subunit alpha  24.06 
 
 		 1699 aa  95.9  3e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  normal  0.246341 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  26.47 
 
 		 1034 aa  95.5  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0027  putative protein traI  23.45 
 
 		 612 aa  95.1  5e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.483518  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  29.75 
 
 		 1107 aa  95.1  6e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  26.46 
 
 		 1000 aa  93.6  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  26.46 
 
 		 1000 aa  93.6  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  24.59 
 
 		 1175 aa  93.6  2e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  27.22 
 
 		 985 aa  92.8  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  26.83 
 
 		 976 aa  91.7  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  26.83 
 
 		 976 aa  91.7  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  28.25 
 
 		 1039 aa  91.3  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  24.89 
 
 		 968 aa  87.8  8e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3692  TrwC relaxase  25.46 
 
 		 1068 aa  87.4  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.372056 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  26.78 
 
 		 982 aa  87  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.27 
 
 		 1538 aa  87.4  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  25.94 
 
 		 1481 aa  86.7  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  24.49 
 
 		 952 aa  84  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  27.72 
 
 		 1102 aa  83.6  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  29.39 
 
 		 1100 aa  83.2  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  24.15 
 
 		 944 aa  83.6  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  28.05 
 
 		 1102 aa  83.6  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  26.09 
 
 		 1006 aa  82.8  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.49 
 
 		 1356 aa  82.4  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  27.02 
 
 		 1107 aa  82  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2354  conjugative relaxase domain protein  27.83 
 
 		 1351 aa  81.6  0.00000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  23.16 
 
 		 1105 aa  81.6  0.00000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  25.44 
 
 		 1025 aa  81.3  0.00000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  23.8 
 
 		 1536 aa  80.9  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  28.95 
 
 		 1123 aa  80.5  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  28.41 
 
 		 1034 aa  80.1  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  23.67 
 
 		 945 aa  79.7  0.0000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  24.6 
 
 		 814 aa  79.7  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6204  conjugative relaxase domain-containing protein  24.19 
 
 		 1087 aa  79.7  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08050  TrwC relaxase  23.58 
 
 		 1160 aa  79.3  0.0000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  24.85 
 
 		 974 aa  79  0.0000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  22.89 
 
 		 881 aa  78.2  0.0000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  27.31 
 
 		 1100 aa  77  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  26.71 
 
 		 952 aa  77  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3542  aldehyde dehydrogenase  25 
 
 		 1683 aa  75.1  0.000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311883  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  23.6 
 
 		 2090 aa  73.9  0.00000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  29.61 
 
 		 728 aa  71.6  0.00000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1852  ATPase  22.59 
 
 		 745 aa  71.2  0.00000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1790  TrwC relaxase  27.87 
 
 		 322 aa  71.2  0.00000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428161  normal  0.65409 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  23.8 
 
 		 762 aa  71.2  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  22.96 
 
 		 879 aa  70.9  0.00000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  22.34 
 
 		 1098 aa  70.9  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  21.94 
 
 		 1095 aa  70.1  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  22.7 
 
 		 1098 aa  70.1  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  25.58 
 
 		 1557 aa  70.1  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  22.06 
 
 		 1102 aa  69.3  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  29.41 
 
 		 744 aa  69.3  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  33.73 
 
 		 731 aa  69.3  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  29.38 
 
 		 733 aa  68.9  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  32.95 
 
 		 998 aa  68.2  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  23.29 
 
 		 1549 aa  67  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0302  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.22 
 
 		 744 aa  65.9  0.000000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>