221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_2424 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_2489  TrwC protein  59.38 
 
 		 936 aa  1014    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.604785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2424  exonuclease V subunit alpha  100 
 
 		 923 aa  1850    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1027  TrwC protein  33.84 
 
 		 1035 aa  500  1e-140  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.304384 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  38.16 
 
 		 929 aa  498  1e-139  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  34.32 
 
 		 961 aa  438  1e-121  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  32.95 
 
 		 964 aa  377  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  33.8 
 
 		 926 aa  373  1e-102  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  29.24 
 
 		 982 aa  333  9e-90  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  30.53 
 
 		 1170 aa  319  1e-85  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5159  conjugative relaxase region-like protein  30.22 
 
 		 1014 aa  298  4e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5223  conjugative relaxase region-like protein  30.02 
 
 		 1010 aa  274  5.000000000000001e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  29.36 
 
 		 1665 aa  267  7e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  29.37 
 
 		 943 aa  266  1e-69  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3983  hypothetical protein  28.35 
 
 		 1013 aa  251  4e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  26.28 
 
 		 1112 aa  246  1.9999999999999999e-63  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  27.09 
 
 		 919 aa  231  4e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0039  hypothetical protein  28.81 
 
 		 1955 aa  228  3e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.401794  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0010  conjugal transfer nickase/helicase TraI  29.48 
 
 		 1756 aa  216  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0549712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6333  conjugative relaxase domain protein  24.81 
 
 		 870 aa  215  3.9999999999999995e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2183  TrwC protein  32.96 
 
 		 542 aa  200  9e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.964158  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  43.23 
 
 		 1111 aa  200  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1195  conjugative relaxase domain-containing protein  27.33 
 
 		 907 aa  186  2.0000000000000003e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.844088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  41.3 
 
 		 1486 aa  186  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4309  conjugal transfer nickase/helicase TraI  37.03 
 
 		 1807 aa  176  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4392  conjugative transfer relaxase protein TraI  24.1 
 
 		 1986 aa  172  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4614  conjugative transfer relaxase protein TraI  23.99 
 
 		 1986 aa  171  7e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.441431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4421  conjugative transfer relaxase protein TraI  23.99 
 
 		 1986 aa  169  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.478197 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4591  conjugative transfer relaxase protein TraI  23.99 
 
 		 1986 aa  169  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.836035 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4429  conjugative transfer relaxase protein TraI  23.99 
 
 		 1986 aa  169  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6204  conjugative relaxase domain-containing protein  32.57 
 
 		 1087 aa  168  5.9999999999999996e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4517  conjugative transfer relaxase protein TraI  23.88 
 
 		 1986 aa  167  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  28.31 
 
 		 907 aa  161  6e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2354  conjugative relaxase domain protein  33.86 
 
 		 1351 aa  158  5.0000000000000005e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0059  DNA helicase  24.84 
 
 		 875 aa  152  4e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.186545  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  29.05 
 
 		 918 aa  146  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_21  protein TraI (DNA helicase I)  28.35 
 
 		 1936 aa  145  3e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0651  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  37.92 
 
 		 379 aa  144  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1944  conjugative relaxase domain-containing protein  38.67 
 
 		 910 aa  136  1.9999999999999998e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  26.03 
 
 		 1093 aa  134  7.999999999999999e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0027  putative protein traI  24.19 
 
 		 612 aa  132  2.0000000000000002e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.483518  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  30.54 
 
 		 1175 aa  132  2.0000000000000002e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  27.45 
 
 		 981 aa  128  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3254  exonuclease V subunit alpha  31.59 
 
 		 1529 aa  125  4e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.134298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  30.38 
 
 		 1176 aa  124  6e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  28.98 
 
 		 1184 aa  122  3e-26  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  29.48 
 
 		 1174 aa  117  6.9999999999999995e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  31.21 
 
 		 1523 aa  117  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  31.21 
 
 		 1523 aa  117  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4481  conjugative relaxase domain-containing protein  33.94 
 
 		 907 aa  117  1.0000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.569556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  29.27 
 
 		 1797 aa  110  1e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  28.09 
 
 		 946 aa  109  2e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  27.52 
 
 		 1549 aa  106  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  29.48 
 
 		 944 aa  102  3e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  29.17 
 
 		 1955 aa  102  4e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3338  hypothetical protein  25.91 
 
 		 1520 aa  99.8  2e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.389694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  29.04 
 
 		 1952 aa  98.6  5e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  28.62 
 
 		 1386 aa  94.7  6e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  27.03 
 
 		 1980 aa  94.4  8e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  26.75 
 
 		 957 aa  94.4  9e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1790  TrwC relaxase  31.88 
 
 		 322 aa  93.6  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428161  normal  0.65409 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0077  conjugative transfer relaxase protein TraI  25.4 
 
 		 1428 aa  93.2  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.850506 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5799  mobilization protein TraI-like protein  25.71 
 
 		 370 aa  90.1  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2182  hypothetical protein  28.37 
 
 		 261 aa  87  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.241559  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  25.93 
 
 		 1481 aa  87.4  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  34.22 
 
 		 1231 aa  85.1  0.000000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  34.82 
 
 		 1836 aa  84.7  0.000000000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  26.34 
 
 		 1538 aa  82  0.00000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  30.72 
 
 		 945 aa  79.7  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  34.5 
 
 		 1623 aa  79  0.0000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  26.22 
 
 		 1976 aa  75.5  0.000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  31.61 
 
 		 1967 aa  73.9  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  26.74 
 
 		 952 aa  72.4  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  32.85 
 
 		 1026 aa  71.6  0.00000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  25.94 
 
 		 952 aa  71.2  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  32.63 
 
 		 1557 aa  71.2  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1425  helicase, RecD/TraA family  25 
 
 		 737 aa  70.9  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3542  aldehyde dehydrogenase  24.97 
 
 		 1683 aa  70.5  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311883  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  26.95 
 
 		 985 aa  70.1  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  31.27 
 
 		 742 aa  69.7  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  39.16 
 
 		 711 aa  70.1  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  24.23 
 
 		 728 aa  69.3  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  28.99 
 
 		 738 aa  69.7  0.0000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  33.16 
 
 		 727 aa  68.9  0.0000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  29.02 
 
 		 998 aa  68.9  0.0000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3587  exonuclease V subunit alpha  25.73 
 
 		 1699 aa  68.6  0.0000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  normal  0.246341 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3226  aldehyde dehydrogenase  24.46 
 
 		 1681 aa  68.6  0.0000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2305  AAA ATPase  32.53 
 
 		 747 aa  67.8  0.0000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476827  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  26.79 
 
 		 731 aa  67.8  0.0000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  32.63 
 
 		 1536 aa  67  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  27.11 
 
 		 976 aa  67.8  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1462  helicase RecD/TraA  32.97 
 
 		 739 aa  67.4  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  31.98 
 
 		 738 aa  67  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0213  helicase, RecD/TraA family  35.12 
 
 		 740 aa  67.4  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.629499  normal  0.0445082 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  27.11 
 
 		 976 aa  67.8  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  36 
 
 		 762 aa  66.2  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  27.62 
 
 		 727 aa  66.2  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  26.05 
 
 		 1034 aa  66.2  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  35.09 
 
 		 725 aa  65.5  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  35.29 
 
 		 744 aa  65.5  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  27.67 
 
 		 744 aa  65.1  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>