297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_0467 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  46.23 
 
 		 1356 aa  744    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0650  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  66.86 
 
 		 1534 aa  2004    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  100 
 
 		 1536 aa  3074    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  68.93 
 
 		 1538 aa  2047    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  63.56 
 
 		 1557 aa  1926    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  44.9 
 
 		 1102 aa  622  1e-176  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  45.57 
 
 		 1107 aa  622  1e-176  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  44.96 
 
 		 1123 aa  617  1e-175  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  45.08 
 
 		 1100 aa  619  1e-175  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  44.64 
 
 		 1102 aa  616  9.999999999999999e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  44.57 
 
 		 1100 aa  614  9.999999999999999e-175  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  43.36 
 
 		 1107 aa  600  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  44.12 
 
 		 1245 aa  552  1e-155  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  40.51 
 
 		 1105 aa  484  1e-135  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.65 
 
 		 1098 aa  472  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.85 
 
 		 1095 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.9 
 
 		 1102 aa  472  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.85 
 
 		 1098 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  38.96 
 
 		 952 aa  460  9.999999999999999e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  39.41 
 
 		 814 aa  457  1e-127  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  38.71 
 
 		 952 aa  456  1.0000000000000001e-126  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  38.2 
 
 		 998 aa  453  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  37.81 
 
 		 1039 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  38.15 
 
 		 1034 aa  442  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  38.39 
 
 		 982 aa  442  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  37.96 
 
 		 985 aa  440  9.999999999999999e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  38.83 
 
 		 968 aa  441  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  39.07 
 
 		 1025 aa  437  1e-121  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  37.5 
 
 		 974 aa  438  1e-121  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  37.78 
 
 		 976 aa  437  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  37.78 
 
 		 976 aa  437  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  37.86 
 
 		 998 aa  439  1e-121  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  38.24 
 
 		 1006 aa  427  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  37.33 
 
 		 1034 aa  422  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  37.58 
 
 		 1000 aa  416  1e-114  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  37.58 
 
 		 1000 aa  416  1e-114  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  29.4 
 
 		 881 aa  317  9.999999999999999e-85  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  29.53 
 
 		 879 aa  316  1.9999999999999998e-84  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4244  MobA/MobL protein  30.67 
 
 		 1168 aa  288  5e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.944992  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  36.36 
 
 		 907 aa  250  1e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  38.48 
 
 		 1093 aa  229  4e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3227  conjugal transfer protein traA  41.53 
 
 		 267 aa  169  5.9999999999999996e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1788  MobA/MobL protein  33.92 
 
 		 544 aa  155  5.9999999999999996e-36  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.96066  n/a   
 
 
-
 
NC_011734  PCC7424_5620  MobA/MobL protein  37.05 
 
 		 726 aa  150  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  30.2 
 
 		 918 aa  149  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011733  PCC7424_5602  hypothetical protein  36.25 
 
 		 730 aa  147  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010486  EcSMS35_C0002  MobA/MobL family protein  35.97 
 
 		 719 aa  139  4e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.29222  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3228  MobA/MobL protein  29.82 
 
 		 447 aa  132  4.0000000000000003e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1747  MobA/MobL protein  31.49 
 
 		 465 aa  132  5.0000000000000004e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  30.41 
 
 		 981 aa  132  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  30.67 
 
 		 1481 aa  132  5.0000000000000004e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  32.81 
 
 		 1174 aa  127  1e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009473  Acry_3630  MobA/MobL protein  36.6 
 
 		 361 aa  124  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  31.85 
 
 		 1184 aa  124  9.999999999999999e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D28  hypothetical protein  34.94 
 
 		 673 aa  124  9.999999999999999e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00718795  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2314  MobA/MobL family protein  31.22 
 
 		 506 aa  124  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127773  hitchhiker  0.00000000000117095 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2074  MobA/MobL family  31.65 
 
 		 501 aa  122  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.103874  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3542  aldehyde dehydrogenase  28.51 
 
 		 1683 aa  112  4.0000000000000004e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311883  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  25.65 
 
 		 1549 aa  110  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0463  MobA/MobL protein  32.69 
 
 		 467 aa  109  5e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.121634  normal  0.0604865 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1469  TrwC relaxase  28.26 
 
 		 1189 aa  108  7e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.137376  normal  0.575201 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  27.91 
 
 		 1231 aa  106  4e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  31.72 
 
 		 1176 aa  105  6e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  30 
 
 		 1175 aa  104  1e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3226  aldehyde dehydrogenase  29.38 
 
 		 1681 aa  103  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5332  MobA/MobL protein  30.47 
 
 		 498 aa  102  7e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.873373 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  29.12 
 
 		 926 aa  100  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  25.53 
 
 		 929 aa  99.8  4e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  30.3 
 
 		 1836 aa  99.4  5e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3587  exonuclease V subunit alpha  29.38 
 
 		 1699 aa  98.6  8e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  normal  0.246341 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  24.41 
 
 		 1112 aa  97.1  3e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008763  Pnap_4998  MobA/MobL protein  31.99 
 
 		 766 aa  95.9  5e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  35.08 
 
 		 964 aa  94.4  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1721  exonuclease V subunit alpha  26.1 
 
 		 866 aa  93.6  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  28.85 
 
 		 1170 aa  93.2  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4481  conjugative relaxase domain-containing protein  26.07 
 
 		 907 aa  92.8  5e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.569556  normal  1 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  28.05 
 
 		 1026 aa  92.8  5e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1102  exonuclease V subunit alpha  30.2 
 
 		 872 aa  91.3  1e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0562  AAA ATPase  25.42 
 
 		 717 aa  90.5  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0587  AAA ATPase  25.42 
 
 		 717 aa  90.5  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5348  mobilization protein  30 
 
 		 407 aa  90.5  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0593  AAA ATPase  25.42 
 
 		 717 aa  90.5  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  29.27 
 
 		 1523 aa  90.1  3e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  29.27 
 
 		 1523 aa  90.1  3e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5162  MobA/MobL protein  30.5 
 
 		 498 aa  89.7  4e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  29.1 
 
 		 1386 aa  88.6  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  26.15 
 
 		 1797 aa  87.8  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3229  Exodeoxyribonuclease V  29.15 
 
 		 637 aa  87.4  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0306  AAA ATPase  24.66 
 
 		 710 aa  87  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.933314  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  27.41 
 
 		 1623 aa  87.4  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2658  Exodeoxyribonuclease V  28.15 
 
 		 659 aa  85.5  0.000000000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0285632  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4107  MobA/MobL protein  33.13 
 
 		 310 aa  83.6  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.675115  normal  0.372473 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  31.56 
 
 		 946 aa  82.8  0.00000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  27.59 
 
 		 957 aa  82.4  0.00000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  24.55 
 
 		 961 aa  82.4  0.00000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0188  putative helicase  25.93 
 
 		 788 aa  80.5  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0609464  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5223  conjugative relaxase region-like protein  27.89 
 
 		 1010 aa  80.5  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1195  conjugative relaxase domain-containing protein  22.74 
 
 		 907 aa  80.5  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.844088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2919  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.37 
 
 		 721 aa  80.5  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  23.8 
 
 		 919 aa  80.9  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>