More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2250 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  48.13 
 
 		 1836 aa  1350    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  44.51 
 
 		 2090 aa  991    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  43.53 
 
 		 1955 aa  969    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  45.6 
 
 		 1523 aa  949    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  80.39 
 
 		 1967 aa  3082    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  42.42 
 
 		 1980 aa  1224    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  47.96 
 
 		 1797 aa  1116    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  100 
 
 		 1976 aa  3942    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  45.6 
 
 		 1523 aa  949    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3254  exonuclease V subunit alpha  45.57 
 
 		 1529 aa  923    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.134298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  43.72 
 
 		 1952 aa  956    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  38.09 
 
 		 1386 aa  590  1e-167  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  36.7 
 
 		 1623 aa  548  1e-154  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  37.97 
 
 		 1174 aa  496  9.999999999999999e-139  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  34.91 
 
 		 1176 aa  483  1e-134  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  35.94 
 
 		 1184 aa  466  1e-129  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  34.33 
 
 		 1175 aa  433  1e-119  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  34.54 
 
 		 957 aa  427  1e-118  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  32.14 
 
 		 1026 aa  372  1e-101  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  32.34 
 
 		 1231 aa  341  7e-92  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  31.63 
 
 		 944 aa  159  6e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  30.06 
 
 		 945 aa  159  7e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  26.47 
 
 		 1093 aa  147  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  26.26 
 
 		 1481 aa  140  3.0000000000000003e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1727  DNA primase  37.15 
 
 		 611 aa  139  5e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3106  DNA primase  36.46 
 
 		 641 aa  135  6.999999999999999e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3198  DNA primase  36.82 
 
 		 629 aa  134  2.0000000000000002e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0946512  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2169  DNA primase  35.92 
 
 		 651 aa  133  3e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.403807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1895  DNA primase  35.18 
 
 		 573 aa  133  4.0000000000000003e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.158344  normal  0.0137969 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2356  DNA primase catalytic core-like  40.82 
 
 		 641 aa  132  5.0000000000000004e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0899243  normal  0.576485 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0761  DNA primase  35.81 
 
 		 623 aa  132  5.0000000000000004e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1976  DNA primase  33.84 
 
 		 595 aa  132  7.000000000000001e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00122543  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0866  DNA primase  37.09 
 
 		 656 aa  132  8.000000000000001e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1436  DNA primase  37.54 
 
 		 681 aa  132  8.000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1480  DNA primase  37.19 
 
 		 655 aa  131  1.0000000000000001e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1374  DNA primase  36.49 
 
 		 644 aa  131  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000143214 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1788  DNA primase  34.94 
 
 		 667 aa  131  1.0000000000000001e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0286526  normal  0.367245 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1626  DNA primase  36.82 
 
 		 647 aa  130  2.0000000000000002e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00201523 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0572  DNA primase  39.92 
 
 		 629 aa  130  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.26895  normal  0.474628 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2265  DNA primase  33.84 
 
 		 595 aa  130  2.0000000000000002e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0225159  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7521  DNA primase  38.69 
 
 		 629 aa  130  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0970  DNA primase  37.46 
 
 		 680 aa  129  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0143224 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1686  DNA primase  36.49 
 
 		 656 aa  129  5e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.481097  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2458  DNA primase  30.75 
 
 		 567 aa  129  7e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00693823  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2128  DNA primase  37.64 
 
 		 624 aa  127  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1716  DNA primase  35.51 
 
 		 626 aa  128  1e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12410  DNA primase  33.73 
 
 		 599 aa  128  1e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.936355  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0806  DNA primase  39.25 
 
 		 655 aa  127  1e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0702707 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0538  DNA primase  36.54 
 
 		 652 aa  127  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0623  DNA primase  36.4 
 
 		 605 aa  127  2e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1282  DNA primase  37.55 
 
 		 629 aa  127  2e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2142  DNA primase  35.19 
 
 		 669 aa  127  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.512504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6776  DNA primase  38.4 
 
 		 627 aa  126  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.258909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0587  DNA primase  37.13 
 
 		 642 aa  127  3e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.356346  normal  0.0328717 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1338  DNA primase  35.35 
 
 		 628 aa  127  3e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.433596  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0959  DNA primase  36.19 
 
 		 576 aa  126  5e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000094448  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3566  DNA primase  33.33 
 
 		 581 aa  126  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0608711  normal  0.272103 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3396  DNA primase  33.33 
 
 		 581 aa  125  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000108195  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3400  DNA primase  33.33 
 
 		 581 aa  125  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0281118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5148  DNA primase  36.33 
 
 		 655 aa  125  6e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932917 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  28.91 
 
 		 974 aa  125  6e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3464  DNA primase  33.33 
 
 		 581 aa  125  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0547765  hitchhiker  0.00925719 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3470  DNA primase  33.33 
 
 		 581 aa  125  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00422758  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46990  DNA primase  36.59 
 
 		 638 aa  125  8e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2351  DNA primase  35.56 
 
 		 616 aa  125  9e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3106  DNA primase  37.5 
 
 		 678 aa  125  9e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.529982  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1224  DNA primase  39.55 
 
 		 564 aa  125  9.999999999999999e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.533717  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06330  DNA primase  36.8 
 
 		 636 aa  124  9.999999999999999e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0997  DNA primase  35.45 
 
 		 601 aa  124  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.941593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4640  DNA primase  36.21 
 
 		 651 aa  124  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.625681 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09410  DNA primase, catalytic core  36.21 
 
 		 618 aa  124  1.9999999999999998e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.967138 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2703  DNA primase  34.3 
 
 		 666 aa  124  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3425  DNA primase  34.05 
 
 		 632 aa  124  1.9999999999999998e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.236565 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3037  DNA primase  35.43 
 
 		 599 aa  123  3e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.735679 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  30.56 
 
 		 952 aa  123  3e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7022  DNA primase  33.33 
 
 		 700 aa  123  3e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.210771  normal  0.1359 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0825  DNA primase  36.33 
 
 		 655 aa  123  3.9999999999999996e-26  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.263135  hitchhiker  0.0000451849 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  29.77 
 
 		 952 aa  123  3.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  25.54 
 
 		 1170 aa  122  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1681  DNA primase  35.33 
 
 		 592 aa  122  4.9999999999999996e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.10447 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3488  DNA primase  33.81 
 
 		 584 aa  122  4.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00314359  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2282  DNA primase  36.14 
 
 		 578 aa  122  6e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3802  DNA primase  34.66 
 
 		 627 aa  122  7e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0345876 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2962  DNA primase  35.38 
 
 		 669 aa  122  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.137864 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0622  DNA primase  36.76 
 
 		 641 aa  122  7e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.156261 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1721  exonuclease V subunit alpha  32.6 
 
 		 866 aa  122  7e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1214  DNA primase  33.97 
 
 		 626 aa  122  7.999999999999999e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.008506  normal  0.015083 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2058  DNA primase  34.44 
 
 		 592 aa  122  7.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.507155  n/a   
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  31.75 
 
 		 1025 aa  122  7.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2156  DNA primase  34.86 
 
 		 642 aa  122  7.999999999999999e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3500  DNA primase  34.18 
 
 		 581 aa  122  9e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000565097  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1187  DNA primase  40.41 
 
 		 645 aa  122  9e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1073  DNA primase  38.43 
 
 		 573 aa  122  9e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.096623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1978  DNA primase  37.28 
 
 		 601 aa  121  9.999999999999999e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0419  DNA primase  36.68 
 
 		 660 aa  122  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1239  DNA primase  36.73 
 
 		 639 aa  121  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2907  DNA primase  38 
 
 		 574 aa  122  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000550507  normal  0.062671 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0634  DNA primase  33.82 
 
 		 581 aa  120  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.000000000000261356  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3472  DNA primase  34.55 
 
 		 581 aa  121  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000104863  normal  0.247756 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4378  DNA primase  33.82 
 
 		 581 aa  120  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000022434  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>