More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_0572 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_0587  DNA primase  64.53 
 
 
642 aa  760    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.356346  normal  0.0328717 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0572  DNA primase  100 
 
 
629 aa  1260    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.26895  normal  0.474628 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0622  DNA primase  65.76 
 
 
641 aa  781    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.156261 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7521  DNA primase  65.15 
 
 
629 aa  731    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0611  DNA primase  66.24 
 
 
641 aa  783    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.753185  normal  0.102101 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6776  DNA primase  65.3 
 
 
627 aa  728    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.258909  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3298  DNA primase  51 
 
 
665 aa  586  1e-166  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.877456 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1480  DNA primase  50.3 
 
 
669 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4132  DNA primase  50.22 
 
 
683 aa  581  1e-164  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0970  DNA primase  49.33 
 
 
680 aa  581  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0143224 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3973  DNA primase  49.11 
 
 
685 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6776  DNA primase  49.7 
 
 
671 aa  577  1.0000000000000001e-163  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.255094 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1626  DNA primase  50.08 
 
 
647 aa  560  1e-158  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00201523 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1239  DNA primase  51.12 
 
 
639 aa  552  1e-156  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2316  DNA primase  47.13 
 
 
633 aa  514  1e-144  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.102416  normal  0.0205007 
 
 
-
 
NC_004310  BR1480  DNA primase  46.52 
 
 
655 aa  505  1e-141  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1436  DNA primase  46.52 
 
 
681 aa  504  1e-141  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1464  DNA primase  46.88 
 
 
639 aa  505  1e-141  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1686  DNA primase  45.57 
 
 
656 aa  490  1e-137  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.481097  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2441  DNA primase  46.33 
 
 
634 aa  465  1e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0792467  normal  0.214631 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0967  DNA primase  40.26 
 
 
646 aa  460  9.999999999999999e-129  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0290559  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2867  DNA primase  47.08 
 
 
633 aa  456  1e-127  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00143827  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4263  DNA primase  46.72 
 
 
641 aa  455  1.0000000000000001e-126  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.664624 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2703  DNA primase  43.25 
 
 
666 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3106  DNA primase  41.62 
 
 
678 aa  439  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.529982  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2962  DNA primase  43.21 
 
 
669 aa  442  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.137864 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2227  DNA primase  42.63 
 
 
671 aa  432  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.914663  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0432  DNA primase  47.05 
 
 
623 aa  417  9.999999999999999e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.401206  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2050  DNA primase  45.45 
 
 
643 aa  414  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.279269  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0397  DNA primase  46.52 
 
 
643 aa  414  1e-114  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2883  DNA primase  48.19 
 
 
620 aa  403  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.257666  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2142  DNA primase  42.96 
 
 
669 aa  404  1e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.512504  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0840  DNA primase  45.17 
 
 
654 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.479198 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4073  DNA primase  44.86 
 
 
646 aa  397  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.302431 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2130  DNA primase  49.45 
 
 
613 aa  394  1e-108  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.281855 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2234  DNA primase  43.38 
 
 
621 aa  392  1e-107  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0980  DNA primase  47.69 
 
 
625 aa  390  1e-107  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.416677  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3449  DNA primase  39.14 
 
 
646 aa  388  1e-106  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.91477 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2262  DNA primase  43.57 
 
 
650 aa  375  1e-103  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.9199 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2708  DNA primase  41.65 
 
 
549 aa  350  6e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3034  DNA primase  39.3 
 
 
619 aa  335  2e-90  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.514313  normal  0.0365839 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0861  DNA primase  40.33 
 
 
609 aa  333  7.000000000000001e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0925176  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0975  DNA primase  45.85 
 
 
613 aa  327  3e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3488  DNA primase  39.95 
 
 
584 aa  310  6.999999999999999e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00314359  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3369  DNA primase  35.27 
 
 
584 aa  309  9e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000957959  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4335  DNA primase  33.4 
 
 
585 aa  306  1.0000000000000001e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0717  DNA primase  38.6 
 
 
656 aa  302  1e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.261682  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1807  DNA primase  41.43 
 
 
576 aa  301  2e-80  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000348842  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02936  DNA primase  38.66 
 
 
581 aa  300  6e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000331105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0634  DNA primase  38.66 
 
 
581 aa  300  6e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.000000000000261356  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3500  DNA primase  38.66 
 
 
581 aa  300  6e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000565097  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02886  hypothetical protein  38.66 
 
 
581 aa  300  6e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000360854  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4378  DNA primase  38.66 
 
 
581 aa  300  6e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000022434  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3530  DNA primase  38.66 
 
 
581 aa  300  6e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000506976  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3359  DNA primase  38.66 
 
 
581 aa  300  6e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000492318  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0264  DNA primase  41.38 
 
 
594 aa  300  7e-80  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.822275  normal  0.137236 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4299  DNA primase  39.1 
 
 
582 aa  299  8e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.136989  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0554  DNA primase  39 
 
 
582 aa  299  8e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000322663  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0302  DNA primase  39 
 
 
582 aa  299  8e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000195537  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0635  DNA primase  39 
 
 
582 aa  299  8e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000955759  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3472  DNA primase  38.86 
 
 
581 aa  298  1e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000104863  normal  0.247756 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0549  DNA primase  38.48 
 
 
584 aa  298  2e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00237945  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2058  DNA primase  40.59 
 
 
592 aa  298  2e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.507155  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0641  DNA primase  42.11 
 
 
572 aa  298  2e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0784  DNA primase  38.24 
 
 
584 aa  297  3e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00105379  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0348  DNA primase  32.72 
 
 
582 aa  297  3e-79  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3246  DNA primase  38.42 
 
 
581 aa  297  5e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000172934  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0633  DNA primase  38.42 
 
 
581 aa  297  5e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000014553  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0806  DNA primase  33.54 
 
 
639 aa  296  9e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3096  DNA primase  40.6 
 
 
660 aa  296  1e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0659  DNA primase  40.14 
 
 
583 aa  295  1e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.250836  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1699  DNA primase  41.98 
 
 
645 aa  295  2e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0323  DNA primase  39.11 
 
 
579 aa  294  4e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.119133 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0419  DNA primase  40 
 
 
660 aa  293  6e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26647  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5148  DNA primase  42.97 
 
 
655 aa  292  1e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.932917 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46990  DNA primase  37.66 
 
 
638 aa  292  1e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4814  DNA primase  40.28 
 
 
660 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07530  DNA primase  40.09 
 
 
664 aa  291  3e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.412597 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0719  DNA primase  39.86 
 
 
663 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0538  DNA primase  42.25 
 
 
652 aa  290  6e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001623  DNA primase  37.12 
 
 
588 aa  290  8e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00199304  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0422  DNA primase  39.76 
 
 
660 aa  289  9e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1739  DNA primase  41.08 
 
 
577 aa  289  1e-76  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.768816  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0388  DNA primase  39.53 
 
 
660 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0586  DNA primase  35.19 
 
 
632 aa  288  2e-76  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.284459  normal  0.746825 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1807  DNA primase  41.08 
 
 
577 aa  288  2e-76  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2561  DNA primase  41.56 
 
 
598 aa  287  4e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00296311 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4640  DNA primase  42.25 
 
 
651 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.625681 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1605  DNA primase  38.6 
 
 
676 aa  286  9e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0311  DNA primase  37.14 
 
 
583 aa  286  1.0000000000000001e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.157771  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3470  DNA primase  39.22 
 
 
581 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00422758  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1313  DNA primase  36.47 
 
 
595 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000743307  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3396  DNA primase  39.22 
 
 
581 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000108195  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3566  DNA primase  39.22 
 
 
581 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0608711  normal  0.272103 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3400  DNA primase  39.22 
 
 
581 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0281118  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3464  DNA primase  39.22 
 
 
581 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0547765  hitchhiker  0.00925719 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1236  DNA primase  36.94 
 
 
584 aa  284  4.0000000000000003e-75  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00798045  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2989  DNA primase  35.45 
 
 
574 aa  284  4.0000000000000003e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00884135  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2517  DNA primase  40.77 
 
 
617 aa  284  4.0000000000000003e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.986794  normal  0.570872 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3086  DNA primase  35.45 
 
 
574 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000597352  hitchhiker  0.000480435 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>