More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4800 on replicon NC_008697
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008726  Mvan_3254  exonuclease V subunit alpha  45.23 
 
 		 1529 aa  933    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.134298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  45.1 
 
 		 1523 aa  949    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  43.37 
 
 		 1952 aa  958    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  44.21 
 
 		 2090 aa  1008    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  49.25 
 
 		 1836 aa  1392    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  45.1 
 
 		 1523 aa  949    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  43.33 
 
 		 1955 aa  969    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  100 
 
 		 1967 aa  3932    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  41.53 
 
 		 1980 aa  1212    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  48.56 
 
 		 1797 aa  1143    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  80.39 
 
 		 1976 aa  3095    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  37.49 
 
 		 1386 aa  591  1e-167  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  35.56 
 
 		 1623 aa  539  1e-151  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  34.33 
 
 		 1176 aa  475  1e-132  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  34.53 
 
 		 1174 aa  463  9.999999999999999e-129  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  33.78 
 
 		 1184 aa  453  1e-125  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  35.5 
 
 		 957 aa  421  1e-116  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  35.81 
 
 		 1175 aa  387  1e-105  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  31.97 
 
 		 1231 aa  339  3.9999999999999995e-91  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  38.54 
 
 		 1026 aa  223  3e-56  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  28.97 
 
 		 944 aa  216  3.9999999999999995e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  29.47 
 
 		 946 aa  216  3.9999999999999995e-54  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  31.54 
 
 		 945 aa  159  4e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1721  exonuclease V subunit alpha  27.51 
 
 		 866 aa  140  3.0000000000000003e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1895  DNA primase  33.85 
 
 		 573 aa  135  7.999999999999999e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.158344  normal  0.0137969 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0866  DNA primase  35.33 
 
 		 656 aa  130  3e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1374  DNA primase  36.03 
 
 		 644 aa  129  4.0000000000000003e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000143214 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08050  TrwC relaxase  26.34 
 
 		 1160 aa  129  5e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1727  DNA primase  37.67 
 
 		 611 aa  129  5e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0959  DNA primase  34.83 
 
 		 576 aa  129  5e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000094448  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3198  DNA primase  35.91 
 
 		 629 aa  129  7e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0946512  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0623  DNA primase  35.58 
 
 		 605 aa  127  2e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2356  DNA primase catalytic core-like  42.24 
 
 		 641 aa  126  3e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0899243  normal  0.576485 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2907  DNA primase  38.31 
 
 		 574 aa  127  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000550507  normal  0.062671 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  29.93 
 
 		 974 aa  126  4e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1976  DNA primase  33.71 
 
 		 595 aa  126  4e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00122543  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  31.09 
 
 		 952 aa  125  6e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3106  DNA primase  37.55 
 
 		 641 aa  125  6e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0761  DNA primase  33.22 
 
 		 623 aa  125  8e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2169  DNA primase  32.38 
 
 		 651 aa  125  9e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.403807  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0538  DNA primase  30.56 
 
 		 652 aa  124  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7521  DNA primase  38.46 
 
 		 629 aa  125  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0970  DNA primase  34.08 
 
 		 680 aa  125  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0143224 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2265  DNA primase  33.71 
 
 		 595 aa  124  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0225159  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  30.75 
 
 		 998 aa  124  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1102  exonuclease V subunit alpha  26.93 
 
 		 872 aa  125  9.999999999999999e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0587  DNA primase  36.96 
 
 		 642 aa  124  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.356346  normal  0.0328717 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5148  DNA primase  32.02 
 
 		 655 aa  124  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932917 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2458  DNA primase  29.92 
 
 		 567 aa  124  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00693823  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0997  DNA primase  34.67 
 
 		 601 aa  124  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.941593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1436  DNA primase  38.77 
 
 		 681 aa  124  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1480  DNA primase  38.41 
 
 		 655 aa  123  3e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  31.7 
 
 		 952 aa  123  3e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  31.72 
 
 		 1000 aa  123  3e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  31.72 
 
 		 1000 aa  123  3e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2989  DNA primase  35.04 
 
 		 574 aa  123  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00884135  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2833  DNA primase  33.56 
 
 		 574 aa  123  3.9999999999999996e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0310817  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2128  DNA primase  34.56 
 
 		 624 aa  123  3.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3086  DNA primase  35.04 
 
 		 574 aa  123  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000597352  hitchhiker  0.000480435 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1686  DNA primase  37.14 
 
 		 656 aa  122  4.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.481097  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  30.77 
 
 		 1034 aa  122  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  29.41 
 
 		 1039 aa  122  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  30.8 
 
 		 1006 aa  122  6e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  28.94 
 
 		 985 aa  122  7.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6776  DNA primase  37.01 
 
 		 627 aa  121  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.258909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  31.54 
 
 		 982 aa  121  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4640  DNA primase  34 
 
 		 651 aa  120  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.625681 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0572  DNA primase  37.64 
 
 		 629 aa  121  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.26895  normal  0.474628 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1073  DNA primase  37.5 
 
 		 573 aa  120  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.096623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0622  DNA primase  36 
 
 		 641 aa  121  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.156261 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2142  DNA primase  35.61 
 
 		 669 aa  120  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.512504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1224  DNA primase  38.79 
 
 		 564 aa  120  3e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.533717  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7022  DNA primase  32.45 
 
 		 700 aa  120  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.210771  normal  0.1359 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2351  DNA primase  34.8 
 
 		 616 aa  120  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3464  DNA primase  33.45 
 
 		 581 aa  119  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0547765  hitchhiker  0.00925719 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3470  DNA primase  33.45 
 
 		 581 aa  119  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00422758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3400  DNA primase  33.45 
 
 		 581 aa  119  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0281118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3396  DNA primase  33.45 
 
 		 581 aa  119  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000108195  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3566  DNA primase  33.45 
 
 		 581 aa  119  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0608711  normal  0.272103 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0419  DNA primase  34.56 
 
 		 660 aa  119  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1282  DNA primase  35.93 
 
 		 629 aa  119  5e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  33.25 
 
 		 1025 aa  119  5e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1626  DNA primase  36.84 
 
 		 647 aa  119  5e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00201523 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  27.39 
 
 		 881 aa  119  6e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  30.44 
 
 		 976 aa  119  6.9999999999999995e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  30.44 
 
 		 976 aa  119  6.9999999999999995e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1788  DNA primase  33.75 
 
 		 667 aa  118  8.999999999999998e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0286526  normal  0.367245 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1338  DNA primase  33.67 
 
 		 628 aa  119  8.999999999999998e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.433596  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3037  DNA primase  33.33 
 
 		 599 aa  118  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.735679 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1286  DNA primase  34.31 
 
 		 574 aa  118  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46990  DNA primase  35.02 
 
 		 638 aa  118  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  25.26 
 
 		 1170 aa  118  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4132  DNA primase  35.66 
 
 		 683 aa  118  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2703  DNA primase  32.62 
 
 		 666 aa  117  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12410  DNA primase  30.87 
 
 		 599 aa  117  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.936355  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1480  DNA primase  34.55 
 
 		 669 aa  117  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  30.28 
 
 		 998 aa  117  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0719  DNA primase  33.67 
 
 		 663 aa  117  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2995  DNA primase  34.31 
 
 		 575 aa  117  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0193814  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1154  DNA primase  36.29 
 
 		 575 aa  117  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000263916  normal  0.0506591 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>