More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4132 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_6776  DNA primase  71.95 
 
 
671 aa  960    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.255094 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1480  DNA primase  84.48 
 
 
669 aa  1109    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3298  DNA primase  52.85 
 
 
665 aa  643    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.877456 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1239  DNA primase  56.49 
 
 
639 aa  693    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4132  DNA primase  100 
 
 
683 aa  1366    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0970  DNA primase  76.78 
 
 
680 aa  1006    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0143224 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3973  DNA primase  91.09 
 
 
685 aa  1206    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1626  DNA primase  50.81 
 
 
647 aa  610  1e-173  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00201523 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0622  DNA primase  51.28 
 
 
641 aa  598  1e-170  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.156261 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0611  DNA primase  51.28 
 
 
641 aa  598  1e-169  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.753185  normal  0.102101 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0572  DNA primase  50.97 
 
 
629 aa  588  1e-166  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.26895  normal  0.474628 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0587  DNA primase  50.91 
 
 
642 aa  585  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.356346  normal  0.0328717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7521  DNA primase  50.6 
 
 
629 aa  565  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6776  DNA primase  51.58 
 
 
627 aa  551  1e-155  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.258909  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1464  DNA primase  46.43 
 
 
639 aa  536  1e-151  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1686  DNA primase  44.78 
 
 
656 aa  528  1e-148  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.481097  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1480  DNA primase  44.81 
 
 
655 aa  525  1e-147  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1436  DNA primase  44.81 
 
 
681 aa  525  1e-147  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2441  DNA primase  60.87 
 
 
634 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0792467  normal  0.214631 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2867  DNA primase  60.14 
 
 
633 aa  509  1e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00143827  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2316  DNA primase  47.7 
 
 
633 aa  499  1e-140  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.102416  normal  0.0205007 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2962  DNA primase  43.1 
 
 
669 aa  498  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.137864 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0967  DNA primase  41.73 
 
 
646 aa  496  1e-139  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0290559  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3106  DNA primase  41.87 
 
 
678 aa  494  9.999999999999999e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.529982  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2703  DNA primase  42.51 
 
 
666 aa  485  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2227  DNA primase  41.44 
 
 
671 aa  476  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.914663  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4263  DNA primase  40.27 
 
 
641 aa  395  1e-109  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.664624 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0432  DNA primase  40.06 
 
 
623 aa  385  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.401206  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0980  DNA primase  49.67 
 
 
625 aa  380  1e-104  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.416677  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2130  DNA primase  38.96 
 
 
613 aa  381  1e-104  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.281855 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0397  DNA primase  41.64 
 
 
643 aa  371  1e-101  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3449  DNA primase  37.81 
 
 
646 aa  370  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.91477 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2050  DNA primase  41.46 
 
 
643 aa  369  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.279269  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0840  DNA primase  41.52 
 
 
654 aa  364  3e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.479198 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2234  DNA primase  40.47 
 
 
621 aa  362  2e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2142  DNA primase  45.22 
 
 
669 aa  361  2e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.512504  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4073  DNA primase  47.75 
 
 
646 aa  359  8e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.302431 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2883  DNA primase  39.97 
 
 
620 aa  352  8.999999999999999e-96  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.257666  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2262  DNA primase  45.33 
 
 
650 aa  347  6e-94  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.9199 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0975  DNA primase  46.1 
 
 
613 aa  309  1.0000000000000001e-82  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3488  DNA primase  40.28 
 
 
584 aa  308  2.0000000000000002e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00314359  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3034  DNA primase  36.17 
 
 
619 aa  308  3e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.514313  normal  0.0365839 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0554  DNA primase  41 
 
 
582 aa  306  6e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000322663  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0302  DNA primase  41 
 
 
582 aa  306  6e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000195537  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0635  DNA primase  41 
 
 
582 aa  306  6e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000955759  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3369  DNA primase  39.57 
 
 
584 aa  302  2e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000957959  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4299  DNA primase  40.28 
 
 
582 aa  301  4e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.136989  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0861  DNA primase  44.99 
 
 
609 aa  300  5e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0925176  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3472  DNA primase  39.57 
 
 
581 aa  298  2e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000104863  normal  0.247756 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02936  DNA primase  39.34 
 
 
581 aa  296  9e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000331105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0634  DNA primase  39.34 
 
 
581 aa  296  9e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.000000000000261356  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02886  hypothetical protein  39.34 
 
 
581 aa  296  9e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000360854  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3359  DNA primase  39.34 
 
 
581 aa  296  9e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000492318  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3530  DNA primase  39.34 
 
 
581 aa  296  9e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000506976  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3500  DNA primase  39.34 
 
 
581 aa  296  9e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000565097  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4378  DNA primase  39.34 
 
 
581 aa  296  9e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000022434  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0784  DNA primase  38.63 
 
 
584 aa  296  1e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00105379  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46990  DNA primase  42.76 
 
 
638 aa  296  1e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001623  DNA primase  38.75 
 
 
588 aa  294  4e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00199304  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0045  DNA primase  39.53 
 
 
609 aa  293  5e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000233993  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3246  DNA primase  39.1 
 
 
581 aa  293  6e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000172934  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0633  DNA primase  39.1 
 
 
581 aa  293  6e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000014553  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0549  DNA primase  38.15 
 
 
584 aa  292  2e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00237945  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0806  DNA primase  35.13 
 
 
639 aa  290  4e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0719  DNA primase  40.19 
 
 
663 aa  290  6e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07530  DNA primase  39.95 
 
 
664 aa  289  9e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.412597 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00849  DNA primase  38.89 
 
 
586 aa  288  2.9999999999999996e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0419  DNA primase  41.97 
 
 
660 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26647  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1739  DNA primase  39.95 
 
 
577 aa  285  1.0000000000000001e-75  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.768816  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0717  DNA primase  40.62 
 
 
656 aa  286  1.0000000000000001e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.261682  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1807  DNA primase  39.95 
 
 
577 aa  285  2.0000000000000002e-75  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0422  DNA primase  42.53 
 
 
660 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5148  DNA primase  42.56 
 
 
655 aa  284  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.932917 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1105  DNA primase  39.81 
 
 
574 aa  283  6.000000000000001e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000782839  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2696  DNA primase  38.32 
 
 
586 aa  283  7.000000000000001e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00323272  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0388  DNA primase  42.27 
 
 
660 aa  283  1e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2708  DNA primase  41.26 
 
 
549 aa  282  1e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0538  DNA primase  42.49 
 
 
652 aa  281  2e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4814  DNA primase  41.97 
 
 
660 aa  282  2e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0323  DNA primase  40.29 
 
 
579 aa  281  3e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.119133 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2833  DNA primase  39.57 
 
 
574 aa  281  4e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0310817  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0959  DNA primase  38.77 
 
 
576 aa  280  7e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000094448  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2517  DNA primase  40.53 
 
 
617 aa  280  8e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.986794  normal  0.570872 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1145  DNA primase  39.57 
 
 
574 aa  280  9e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000553498  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1154  DNA primase  38.3 
 
 
575 aa  279  1e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000263916  normal  0.0506591 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1222  DNA primase  39.57 
 
 
574 aa  279  1e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0573251  normal  0.615941 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4640  DNA primase  42.49 
 
 
651 aa  278  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.625681 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0641  DNA primase  40.42 
 
 
572 aa  278  2e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3168  DNA primase  39.57 
 
 
574 aa  278  2e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00053583  normal  0.343709 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1189  DNA primase  39.1 
 
 
574 aa  278  3e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0497692  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2989  DNA primase  39.57 
 
 
574 aa  278  3e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00884135  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1286  DNA primase  39.34 
 
 
574 aa  277  4e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1807  DNA primase  40.85 
 
 
576 aa  278  4e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000348842  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3086  DNA primase  39.57 
 
 
574 aa  277  4e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000597352  hitchhiker  0.000480435 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3400  DNA primase  36.97 
 
 
581 aa  277  6e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0281118  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3396  DNA primase  36.97 
 
 
581 aa  277  6e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000108195  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3464  DNA primase  36.97 
 
 
581 aa  277  6e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0547765  hitchhiker  0.00925719 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3470  DNA primase  36.97 
 
 
581 aa  277  6e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00422758  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3566  DNA primase  36.97 
 
 
581 aa  277  6e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0608711  normal  0.272103 
 
 
-
 
NC_002978  WD0348  DNA primase  37.2 
 
 
582 aa  276  9e-73  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>