179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_08050 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013169  Ksed_08050  TrwC relaxase  100 
 
 		 1160 aa  2322    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1453  TrwC relaxase  42.15 
 
 		 1223 aa  564  1.0000000000000001e-159  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2022  TrwC relaxase  41.4 
 
 		 1112 aa  529  1e-148  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1721  exonuclease V subunit alpha  40.16 
 
 		 866 aa  520  1e-146  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0016  TrwC relaxase  41.17 
 
 		 926 aa  517  1.0000000000000001e-145  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1102  exonuclease V subunit alpha  40.91 
 
 		 872 aa  519  1.0000000000000001e-145  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0858  TrwC relaxase  41.26 
 
 		 1208 aa  507  9.999999999999999e-143  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  27.65 
 
 		 1184 aa  163  2e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  27.57 
 
 		 1174 aa  155  5e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  28.75 
 
 		 1836 aa  149  3e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  26.72 
 
 		 1623 aa  147  1e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  28.61 
 
 		 1175 aa  145  4e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  27.76 
 
 		 1386 aa  140  1e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  27.02 
 
 		 1231 aa  140  2e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  27.92 
 
 		 1797 aa  137  9e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  31.44 
 
 		 2090 aa  134  1.0000000000000001e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  26.34 
 
 		 1967 aa  121  9.999999999999999e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  27.4 
 
 		 1523 aa  117  8.999999999999998e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  27.4 
 
 		 1523 aa  117  8.999999999999998e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  26.04 
 
 		 1176 aa  115  3e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  27.8 
 
 		 1952 aa  115  6e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  26.81 
 
 		 1955 aa  114  9e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  32.98 
 
 		 1976 aa  107  1e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3254  exonuclease V subunit alpha  26.27 
 
 		 1529 aa  103  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.134298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  25.36 
 
 		 1093 aa  96.7  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  27.83 
 
 		 976 aa  96.7  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  27.83 
 
 		 976 aa  96.7  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  31.08 
 
 		 1980 aa  93.2  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  28 
 
 		 985 aa  92.4  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  24.24 
 
 		 1105 aa  90.5  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  28.34 
 
 		 968 aa  89.4  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  29.37 
 
 		 1026 aa  89  5e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  28.07 
 
 		 1034 aa  86.3  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  23.83 
 
 		 961 aa  84.7  0.000000000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  29.39 
 
 		 945 aa  84.3  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  28.83 
 
 		 944 aa  83.6  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  28.82 
 
 		 957 aa  83.2  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  27.44 
 
 		 1039 aa  82.4  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  26.46 
 
 		 998 aa  80.1  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  23.58 
 
 		 919 aa  79.7  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  19.85 
 
 		 1112 aa  79  0.0000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  26.83 
 
 		 1034 aa  77.4  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  27.43 
 
 		 998 aa  77.4  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  25.35 
 
 		 814 aa  77.4  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  27.25 
 
 		 981 aa  77  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  27.59 
 
 		 918 aa  74.3  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  26.45 
 
 		 952 aa  74.7  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  25.81 
 
 		 974 aa  73.9  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  26.02 
 
 		 946 aa  73.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  26 
 
 		 982 aa  73.6  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  26.95 
 
 		 952 aa  72.8  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009472  Acry_3619  exonuclease V subunit alpha  25.51 
 
 		 1082 aa  71.6  0.00000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  28.08 
 
 		 1025 aa  70.1  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0089  exonuclease V subunit alpha  32.2 
 
 		 813 aa  69.3  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.930068  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.46 
 
 		 1098 aa  68.2  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  26.38 
 
 		 1000 aa  68.6  0.0000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  26.38 
 
 		 1000 aa  68.6  0.0000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  26.57 
 
 		 1006 aa  67.8  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.76 
 
 		 1098 aa  68.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  26.42 
 
 		 1356 aa  66.2  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  26.37 
 
 		 1102 aa  65.5  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  26.67 
 
 		 1095 aa  65.1  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4244  MobA/MobL protein  23.02 
 
 		 1168 aa  64.7  0.000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.944992  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0213  helicase, RecD/TraA family  32.05 
 
 		 740 aa  63.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.629499  normal  0.0445082 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2403  helicase, RecD/TraA family  31.12 
 
 		 747 aa  63.2  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934653 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1405  Exodeoxyribonuclease V  30.2 
 
 		 1214 aa  62.8  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  26.63 
 
 		 738 aa  62.4  0.00000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  26.87 
 
 		 1107 aa  61.6  0.00000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0243  helicase RecD/TraA  27.17 
 
 		 749 aa  60.8  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0357399  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  26.08 
 
 		 1102 aa  60.1  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  25.93 
 
 		 1102 aa  60.1  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0576  TrwC relaxase  34.31 
 
 		 669 aa  59.3  0.0000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.230411  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0059  DNA helicase  23.92 
 
 		 875 aa  59.3  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.186545  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  27.21 
 
 		 1107 aa  58.9  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  28.12 
 
 		 964 aa  58.5  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  30.51 
 
 		 740 aa  58.5  0.0000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  27.27 
 
 		 727 aa  57  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3380  RecD/TraA family helicase  28.1 
 
 		 742 aa  57  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.586227 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  33.13 
 
 		 711 aa  56.6  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  26.15 
 
 		 720 aa  56.2  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  22.17 
 
 		 731 aa  55.8  0.000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  32.69 
 
 		 742 aa  55.8  0.000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  32.69 
 
 		 741 aa  55.8  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  27.05 
 
 		 728 aa  55.5  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0764  helicase, RecD/TraA family  31.22 
 
 		 728 aa  55.5  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0607896  normal  0.527893 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1462  helicase RecD/TraA  23.44 
 
 		 739 aa  55.1  0.000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  28.88 
 
 		 727 aa  55.1  0.000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  21 
 
 		 879 aa  54.7  0.00001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  21.88 
 
 		 881 aa  53.9  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3106  RecD/TraA family helicase  29.75 
 
 		 772 aa  53.9  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  28.92 
 
 		 744 aa  53.5  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  23.43 
 
 		 1665 aa  53.5  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  29.45 
 
 		 733 aa  52.8  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5223  conjugative relaxase region-like protein  25.87 
 
 		 1010 aa  53.1  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf852  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  23.76 
 
 		 732 aa  52.8  0.00003  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  26.04 
 
 		 736 aa  53.1  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  26.2 
 
 		 1170 aa  52.8  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0722  putative helicase  28.48 
 
 		 778 aa  52.4  0.00005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4241  RecD/TraA family helicase  28.48 
 
 		 778 aa  52.4  0.00006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  28.74 
 
 		 738 aa  52  0.00007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>