More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_6810 on replicon NC_012858
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  93.56 
 
 		 1102 aa  2046    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  92.53 
 
 		 1095 aa  2034    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  100 
 
 		 1098 aa  2222    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  55.98 
 
 		 1105 aa  1163    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  94.9 
 
 		 1098 aa  2090    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  37.1 
 
 		 1102 aa  592  1e-168  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  36.09 
 
 		 1107 aa  596  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  39.35 
 
 		 1100 aa  586  1e-166  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  37.06 
 
 		 1102 aa  589  1e-166  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  35.96 
 
 		 1107 aa  579  1.0000000000000001e-163  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  38.64 
 
 		 1123 aa  573  1.0000000000000001e-162  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  38.09 
 
 		 1100 aa  567  1e-160  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  41.16 
 
 		 952 aa  550  1e-155  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  42.51 
 
 		 952 aa  545  1e-153  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  40.97 
 
 		 1356 aa  524  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  40.29 
 
 		 982 aa  514  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  42.62 
 
 		 1025 aa  511  1e-143  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  38.37 
 
 		 985 aa  508  9.999999999999999e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  38.33 
 
 		 974 aa  507  9.999999999999999e-143  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  40.68 
 
 		 998 aa  501  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  41.18 
 
 		 1039 aa  501  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  40.91 
 
 		 976 aa  497  1e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  40.91 
 
 		 976 aa  497  1e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  36.73 
 
 		 1245 aa  496  9.999999999999999e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  41.73 
 
 		 968 aa  489  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  40.53 
 
 		 1034 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  40.81 
 
 		 998 aa  488  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  38.15 
 
 		 1000 aa  485  1e-135  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  38.15 
 
 		 1000 aa  485  1e-135  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  39.39 
 
 		 1034 aa  481  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.85 
 
 		 1536 aa  479  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  39.46 
 
 		 814 aa  475  1e-132  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  39.32 
 
 		 1006 aa  473  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  38.98 
 
 		 1557 aa  456  1.0000000000000001e-126  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.95 
 
 		 1538 aa  442  9.999999999999999e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0650  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  38.07 
 
 		 1534 aa  432  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  31.25 
 
 		 881 aa  367  1e-100  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  31.31 
 
 		 879 aa  362  2e-98  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4244  MobA/MobL protein  30.57 
 
 		 1168 aa  298  3e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.944992  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  35.54 
 
 		 907 aa  285  3.0000000000000004e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  35.56 
 
 		 1093 aa  251  5e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  31.34 
 
 		 918 aa  208  5e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0463  MobA/MobL protein  48.15 
 
 		 467 aa  178  5e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.121634  normal  0.0604865 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3227  conjugal transfer protein traA  41.18 
 
 		 267 aa  173  2e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011734  PCC7424_5620  MobA/MobL protein  35.98 
 
 		 726 aa  156  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3228  MobA/MobL protein  33.97 
 
 		 447 aa  155  4e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5332  MobA/MobL protein  41.84 
 
 		 498 aa  154  5.9999999999999996e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.873373 
 
 
-
 
NC_010486  EcSMS35_C0002  MobA/MobL family protein  35.46 
 
 		 719 aa  152  5e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.29222  n/a   
 
 
-
 
NC_008763  Pnap_4998  MobA/MobL protein  40.08 
 
 		 766 aa  151  7e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5348  mobilization protein  34.34 
 
 		 407 aa  150  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011733  PCC7424_5602  hypothetical protein  38.56 
 
 		 730 aa  149  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1788  MobA/MobL protein  34.41 
 
 		 544 aa  144  9.999999999999999e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.96066  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  29.57 
 
 		 1481 aa  136  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  30.36 
 
 		 981 aa  131  7.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2314  MobA/MobL family protein  36.23 
 
 		 506 aa  130  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127773  hitchhiker  0.00000000000117095 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1747  MobA/MobL protein  35.92 
 
 		 465 aa  130  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  27.09 
 
 		 964 aa  128  6e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  29.12 
 
 		 1174 aa  128  6e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  31.19 
 
 		 1184 aa  128  8.000000000000001e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2074  MobA/MobL family  35.27 
 
 		 501 aa  127  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.103874  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  25.43 
 
 		 1549 aa  126  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009473  Acry_3630  MobA/MobL protein  38.46 
 
 		 361 aa  125  6e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0989  MobA/MobL protein  40.83 
 
 		 430 aa  124  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5162  MobA/MobL protein  38.1 
 
 		 498 aa  120  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  31.98 
 
 		 1176 aa  119  3.9999999999999997e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D28  hypothetical protein  31.09 
 
 		 673 aa  119  3.9999999999999997e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00718795  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  28.9 
 
 		 1231 aa  117  8.999999999999998e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  29.82 
 
 		 1175 aa  114  1.0000000000000001e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  25 
 
 		 1112 aa  111  9.000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  27.67 
 
 		 926 aa  110  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  25.91 
 
 		 1486 aa  107  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  28.73 
 
 		 1836 aa  106  3e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  27.48 
 
 		 1170 aa  105  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3229  Exodeoxyribonuclease V  28.19 
 
 		 637 aa  105  6e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  27.21 
 
 		 961 aa  103  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0306  AAA ATPase  26.6 
 
 		 710 aa  101  6e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.933314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5425  MobA/MobL protein  47.83 
 
 		 379 aa  100  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.369959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3542  aldehyde dehydrogenase  27.45 
 
 		 1683 aa  98.2  7e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311883  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  29.01 
 
 		 929 aa  96.7  2e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1102  exonuclease V subunit alpha  29.97 
 
 		 872 aa  95.5  6e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1469  TrwC relaxase  24.95 
 
 		 1189 aa  95.1  7e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.137376  normal  0.575201 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  29.85 
 
 		 733 aa  94  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1706  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit  28.82 
 
 		 730 aa  93.6  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.129548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  29.85 
 
 		 733 aa  93.6  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  26.74 
 
 		 1952 aa  92.8  3e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  30.17 
 
 		 727 aa  92  6e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  23.52 
 
 		 731 aa  91.7  7e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  28.78 
 
 		 957 aa  91.3  8e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2919  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  24.54 
 
 		 721 aa  91.7  8e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  27.19 
 
 		 1797 aa  91.3  9e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  27.53 
 
 		 1955 aa  90.5  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1721  exonuclease V subunit alpha  29.22 
 
 		 866 aa  90.5  1e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  28.8 
 
 		 982 aa  90.1  2e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  28.3 
 
 		 1980 aa  90.1  2e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2403  helicase, RecD/TraA family  25.32 
 
 		 747 aa  90.1  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934653 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  26.9 
 
 		 1523 aa  89.4  3e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  24.34 
 
 		 728 aa  89.7  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  26.9 
 
 		 1523 aa  89.4  3e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  26.24 
 
 		 1976 aa  89.4  4e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  25.28 
 
 		 1623 aa  88.2  7e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>