66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0576 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_0576  TrwC relaxase  100 
 
 		 669 aa  1256    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.230411  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  31.58 
 
 		 1093 aa  85.5  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  35.1 
 
 		 1111 aa  78.2  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  36.46 
 
 		 907 aa  72.4  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  44.21 
 
 		 1175 aa  71.6  0.00000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  33.33 
 
 		 1176 aa  70.9  0.00000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4309  conjugal transfer nickase/helicase TraI  33.33 
 
 		 1807 aa  70.5  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  27.48 
 
 		 1184 aa  69.3  0.0000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  34.72 
 
 		 961 aa  67.8  0.0000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  28.89 
 
 		 1174 aa  67  0.000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  39.71 
 
 		 1797 aa  66.2  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  29.93 
 
 		 929 aa  66.2  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6204  conjugative relaxase domain-containing protein  32.57 
 
 		 1087 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  32.39 
 
 		 1980 aa  64.7  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2489  TrwC protein  32.7 
 
 		 936 aa  64.7  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.604785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  40 
 
 		 1836 aa  64.3  0.000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3254  exonuclease V subunit alpha  37.39 
 
 		 1529 aa  64.3  0.000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.134298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  34.87 
 
 		 1231 aa  63.9  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  29.31 
 
 		 957 aa  62  0.00000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3338  hypothetical protein  33.94 
 
 		 1520 aa  61.6  0.00000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.389694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0010  conjugal transfer nickase/helicase TraI  31.22 
 
 		 1756 aa  61.6  0.00000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0549712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_21  protein TraI (DNA helicase I)  27.31 
 
 		 1936 aa  60.8  0.00000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  38.04 
 
 		 2090 aa  60.1  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  27.7 
 
 		 982 aa  59.7  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08050  TrwC relaxase  34.31 
 
 		 1160 aa  59.3  0.0000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  31.6 
 
 		 1665 aa  58.9  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  30.13 
 
 		 1967 aa  58.9  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  31.22 
 
 		 918 aa  57.4  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  23.7 
 
 		 1170 aa  57  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  31.82 
 
 		 1549 aa  57  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5159  conjugative relaxase region-like protein  32.73 
 
 		 1014 aa  56.2  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  32.91 
 
 		 1955 aa  56.2  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1027  TrwC protein  29.17 
 
 		 1035 aa  56.6  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.304384 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  36 
 
 		 1976 aa  56.2  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  31.82 
 
 		 981 aa  55.5  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1790  TrwC relaxase  31.58 
 
 		 322 aa  55.8  0.000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428161  normal  0.65409 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  31.25 
 
 		 946 aa  55.1  0.000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  29.29 
 
 		 1523 aa  55.1  0.000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  29.29 
 
 		 1523 aa  55.1  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1944  conjugative relaxase domain-containing protein  30.64 
 
 		 910 aa  54.7  0.000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2424  exonuclease V subunit alpha  29.47 
 
 		 923 aa  53.9  0.000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1195  conjugative relaxase domain-containing protein  33.88 
 
 		 907 aa  53.9  0.000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.844088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  30.83 
 
 		 945 aa  52.8  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  31.25 
 
 		 944 aa  53.1  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  33.51 
 
 		 1952 aa  53.1  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5223  conjugative relaxase region-like protein  26.35 
 
 		 1010 aa  52.4  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4481  conjugative relaxase domain-containing protein  31.52 
 
 		 907 aa  52  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.569556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  30.1 
 
 		 964 aa  52.4  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0039  hypothetical protein  27.78 
 
 		 1955 aa  52.4  0.00003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.401794  n/a   
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  27.67 
 
 		 1026 aa  51.2  0.00006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3587  exonuclease V subunit alpha  28.64 
 
 		 1699 aa  50.8  0.00007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  normal  0.246341 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0651  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  30.22 
 
 		 379 aa  51.2  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3542  aldehyde dehydrogenase  28.64 
 
 		 1683 aa  50.1  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311883  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3983  hypothetical protein  25.97 
 
 		 1013 aa  49.7  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3226  aldehyde dehydrogenase  28.16 
 
 		 1681 aa  49.7  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  28.57 
 
 		 1486 aa  47.4  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  28.95 
 
 		 1481 aa  47.4  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4421  conjugative transfer relaxase protein TraI  23.51 
 
 		 1986 aa  46.6  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.478197 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4517  conjugative transfer relaxase protein TraI  24.21 
 
 		 1986 aa  46.6  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4392  conjugative transfer relaxase protein TraI  23.51 
 
 		 1986 aa  46.2  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  27.85 
 
 		 943 aa  46.6  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4614  conjugative transfer relaxase protein TraI  23.51 
 
 		 1986 aa  46.2  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.441431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4591  conjugative transfer relaxase protein TraI  23.51 
 
 		 1986 aa  46.2  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.836035 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4429  conjugative transfer relaxase protein TraI  23.51 
 
 		 1986 aa  46.6  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  28.07 
 
 		 1386 aa  44.7  0.006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3692  TrwC relaxase  29.41 
 
 		 1068 aa  43.9  0.009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.372056 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>