More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1686 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  100 
 
 		 907 aa  1845    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  38.26 
 
 		 1093 aa  470  1.0000000000000001e-131  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  39.33 
 
 		 974 aa  303  1e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  39.17 
 
 		 1034 aa  302  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  39.17 
 
 		 982 aa  301  3e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  37.89 
 
 		 952 aa  300  8e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  39.76 
 
 		 1039 aa  300  9e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  38.22 
 
 		 952 aa  298  2e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  38.14 
 
 		 998 aa  298  2e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  39.76 
 
 		 998 aa  293  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  37.24 
 
 		 1102 aa  291  4e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  37.45 
 
 		 976 aa  291  4e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  37.45 
 
 		 976 aa  291  4e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  36.11 
 
 		 1098 aa  290  6e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  37.99 
 
 		 1000 aa  290  1e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  37.99 
 
 		 1000 aa  290  1e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  38.66 
 
 		 985 aa  289  2e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  37.26 
 
 		 1107 aa  288  4e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  36.29 
 
 		 1098 aa  287  5.999999999999999e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  37.85 
 
 		 1102 aa  285  2.0000000000000002e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  36.2 
 
 		 1100 aa  285  3.0000000000000004e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  38.06 
 
 		 1102 aa  285  4.0000000000000003e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  36.29 
 
 		 1095 aa  283  9e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  37.23 
 
 		 814 aa  281  3e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  37.99 
 
 		 968 aa  281  3e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  32.23 
 
 		 918 aa  281  4e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  37.23 
 
 		 1100 aa  280  1e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  36.52 
 
 		 1107 aa  279  1e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  39.41 
 
 		 1025 aa  277  6e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  38.26 
 
 		 1034 aa  277  8e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  37.23 
 
 		 1123 aa  276  1.0000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.59 
 
 		 1356 aa  272  2e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  34.66 
 
 		 1105 aa  265  2e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  37.89 
 
 		 1006 aa  261  3e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  43.9 
 
 		 1557 aa  261  3e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  38.31 
 
 		 1536 aa  254  6e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  38.04 
 
 		 1538 aa  252  2e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  37.52 
 
 		 1245 aa  248  3e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  32.36 
 
 		 879 aa  246  1.9999999999999999e-63  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  32.17 
 
 		 881 aa  246  1.9999999999999999e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0650  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  37.03 
 
 		 1534 aa  224  6e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  25.89 
 
 		 1112 aa  221  6e-56  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  28.23 
 
 		 929 aa  213  9e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  28.55 
 
 		 961 aa  206  1e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  25.59 
 
 		 1170 aa  203  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  26.63 
 
 		 982 aa  199  3e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  29.77 
 
 		 1174 aa  190  9e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  27.89 
 
 		 981 aa  189  2e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0651  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  38.51 
 
 		 379 aa  185  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  27.61 
 
 		 1175 aa  184  5.0000000000000004e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5223  conjugative relaxase region-like protein  30 
 
 		 1010 aa  179  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  29.14 
 
 		 1176 aa  171  4e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1469  TrwC relaxase  26.81 
 
 		 1189 aa  171  5e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.137376  normal  0.575201 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  27.09 
 
 		 1549 aa  170  1e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4244  MobA/MobL protein  29.74 
 
 		 1168 aa  169  2.9999999999999998e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.944992  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5159  conjugative relaxase region-like protein  28.72 
 
 		 1014 aa  167  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734563  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  27.45 
 
 		 957 aa  166  2.0000000000000002e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  26.12 
 
 		 964 aa  162  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  25.03 
 
 		 943 aa  159  2e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2489  TrwC protein  28.16 
 
 		 936 aa  158  6e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.604785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3227  conjugal transfer protein traA  39.91 
 
 		 267 aa  157  7e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1944  conjugative relaxase domain-containing protein  25.35 
 
 		 910 aa  150  8e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  28.99 
 
 		 944 aa  149  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  27.86 
 
 		 1836 aa  149  3e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  28.26 
 
 		 1231 aa  148  5e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  27.27 
 
 		 1967 aa  147  6e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  28.16 
 
 		 945 aa  145  3e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  28.09 
 
 		 1797 aa  145  4e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  26.53 
 
 		 1523 aa  142  3e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  26.53 
 
 		 1523 aa  142  3e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  27.86 
 
 		 946 aa  141  4.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6333  conjugative relaxase domain protein  23.18 
 
 		 870 aa  137  8e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  25.74 
 
 		 1481 aa  136  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  26.73 
 
 		 1623 aa  135  3e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  24.36 
 
 		 1665 aa  135  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  27.98 
 
 		 1955 aa  135  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  23.56 
 
 		 919 aa  131  7.000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2424  exonuclease V subunit alpha  35.12 
 
 		 923 aa  130  1.0000000000000001e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  27.14 
 
 		 1952 aa  127  8.000000000000001e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3587  exonuclease V subunit alpha  25.06 
 
 		 1699 aa  125  3e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  normal  0.246341 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4481  conjugative relaxase domain-containing protein  23.62 
 
 		 907 aa  123  1.9999999999999998e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.569556  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0039  hypothetical protein  31.13 
 
 		 1955 aa  122  3.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.401794  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1790  TrwC relaxase  36.13 
 
 		 322 aa  121  4.9999999999999996e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428161  normal  0.65409 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3338  hypothetical protein  24.94 
 
 		 1520 aa  121  6e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.389694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  35.78 
 
 		 1111 aa  121  6e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1027  TrwC protein  26.9 
 
 		 1035 aa  120  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.304384 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3692  TrwC relaxase  24.38 
 
 		 1068 aa  118  6e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.372056 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4614  conjugative transfer relaxase protein TraI  31.64 
 
 		 1986 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.441431  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  25.69 
 
 		 1386 aa  113  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4392  conjugative transfer relaxase protein TraI  31.64 
 
 		 1986 aa  112  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4429  conjugative transfer relaxase protein TraI  31.64 
 
 		 1986 aa  112  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4591  conjugative transfer relaxase protein TraI  31.64 
 
 		 1986 aa  112  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.836035 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4421  conjugative transfer relaxase protein TraI  31.64 
 
 		 1986 aa  112  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.478197 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_21  protein TraI (DNA helicase I)  29.27 
 
 		 1936 aa  111  6e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4517  conjugative transfer relaxase protein TraI  31.63 
 
 		 1986 aa  111  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4309  conjugal transfer nickase/helicase TraI  31.39 
 
 		 1807 aa  110  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0587  AAA ATPase  26.61 
 
 		 717 aa  110  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0593  AAA ATPase  26.61 
 
 		 717 aa  110  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0562  AAA ATPase  26.61 
 
 		 717 aa  110  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3983  hypothetical protein  34.55 
 
 		 1013 aa  109  3e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>