137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_1944 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_1944  conjugative relaxase domain-containing protein  100 
 
 		 910 aa  1851    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6333  conjugative relaxase domain protein  31.07 
 
 		 870 aa  368  1e-100  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  30.89 
 
 		 919 aa  354  4e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1195  conjugative relaxase domain-containing protein  32.94 
 
 		 907 aa  313  1e-83  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.844088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4481  conjugative relaxase domain-containing protein  31.43 
 
 		 907 aa  280  1e-73  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.569556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  25.87 
 
 		 1170 aa  216  1.9999999999999998e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  27.77 
 
 		 929 aa  200  7.999999999999999e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  27.25 
 
 		 943 aa  196  2e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  26.38 
 
 		 1665 aa  188  5e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  27.08 
 
 		 961 aa  178  5e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  22.5 
 
 		 1112 aa  162  3e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  24.65 
 
 		 964 aa  156  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  27.53 
 
 		 1093 aa  154  5.9999999999999996e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  25.35 
 
 		 907 aa  147  7.0000000000000006e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  23.24 
 
 		 982 aa  146  2e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2489  TrwC protein  39.47 
 
 		 936 aa  138  6.0000000000000005e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.604785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2424  exonuclease V subunit alpha  38.67 
 
 		 923 aa  135  3e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1027  TrwC protein  28.63 
 
 		 1035 aa  131  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.304384 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5159  conjugative relaxase region-like protein  33.09 
 
 		 1014 aa  128  4.0000000000000003e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  32.53 
 
 		 926 aa  127  7e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3983  hypothetical protein  37.19 
 
 		 1013 aa  126  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0010  conjugal transfer nickase/helicase TraI  35.94 
 
 		 1756 aa  125  3e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0549712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  34.07 
 
 		 1486 aa  125  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  32.26 
 
 		 1111 aa  121  7e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  26.36 
 
 		 981 aa  119  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4429  conjugative transfer relaxase protein TraI  22.04 
 
 		 1986 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4421  conjugative transfer relaxase protein TraI  22.04 
 
 		 1986 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.478197 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4591  conjugative transfer relaxase protein TraI  22.04 
 
 		 1986 aa  115  3e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.836035 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4614  conjugative transfer relaxase protein TraI  22.27 
 
 		 1986 aa  115  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.441431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4392  conjugative transfer relaxase protein TraI  22.27 
 
 		 1986 aa  114  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4517  conjugative transfer relaxase protein TraI  22.03 
 
 		 1986 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0651  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  34.02 
 
 		 379 aa  112  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6204  conjugative relaxase domain-containing protein  27.86 
 
 		 1087 aa  109  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2183  TrwC protein  28.74 
 
 		 542 aa  108  5e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.964158  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4309  conjugal transfer nickase/helicase TraI  34.89 
 
 		 1807 aa  107  7e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5223  conjugative relaxase region-like protein  32.72 
 
 		 1010 aa  107  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260004  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0039  hypothetical protein  34.06 
 
 		 1955 aa  105  4e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.401794  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2354  conjugative relaxase domain protein  32.73 
 
 		 1351 aa  104  9e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  26.5 
 
 		 1549 aa  103  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_21  protein TraI (DNA helicase I)  27.07 
 
 		 1936 aa  103  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  27.4 
 
 		 918 aa  102  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  27.11 
 
 		 946 aa  96.3  3e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  26.97 
 
 		 945 aa  92.8  3e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  26.97 
 
 		 944 aa  91.3  8e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  31.43 
 
 		 1175 aa  81.6  0.00000000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  23.86 
 
 		 957 aa  80.5  0.0000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  35.43 
 
 		 1176 aa  80.5  0.0000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3542  aldehyde dehydrogenase  24.02 
 
 		 1683 aa  78.6  0.0000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311883  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1790  TrwC relaxase  29.39 
 
 		 322 aa  78.2  0.0000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428161  normal  0.65409 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  28.07 
 
 		 1174 aa  78.2  0.0000000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0077  conjugative transfer relaxase protein TraI  33.73 
 
 		 1428 aa  78.2  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.850506 
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3587  exonuclease V subunit alpha  24.54 
 
 		 1699 aa  77.8  0.0000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  normal  0.246341 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  27.46 
 
 		 1184 aa  76.6  0.000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  26.57 
 
 		 1557 aa  71.2  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3692  TrwC relaxase  24.32 
 
 		 1068 aa  68.2  0.0000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.372056 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  28.9 
 
 		 1231 aa  67.4  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  26.43 
 
 		 1836 aa  67.4  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0059  DNA helicase  22.66 
 
 		 875 aa  67.4  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.186545  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  34.48 
 
 		 2090 aa  67.4  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  30.17 
 
 		 1976 aa  66.6  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  26.23 
 
 		 1955 aa  67  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.43 
 
 		 1536 aa  66.2  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3338  hypothetical protein  30 
 
 		 1520 aa  65.9  0.000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.389694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  28.57 
 
 		 1967 aa  64.7  0.000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  25.21 
 
 		 1952 aa  63.9  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0858  TrwC relaxase  25.84 
 
 		 1208 aa  63.2  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  26.33 
 
 		 1105 aa  63.2  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  26.77 
 
 		 1538 aa  63.5  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  36.84 
 
 		 1797 aa  60.8  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0027  putative protein traI  22.92 
 
 		 612 aa  60.5  0.0000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.483518  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  27.81 
 
 		 952 aa  59.7  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.23 
 
 		 1245 aa  59.3  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  26.3 
 
 		 1356 aa  58.9  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  27.74 
 
 		 982 aa  58.9  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1102  exonuclease V subunit alpha  24.91 
 
 		 872 aa  58.2  0.0000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.67 
 
 		 1098 aa  58.5  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  34.18 
 
 		 879 aa  58.2  0.0000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  29.09 
 
 		 1026 aa  58.2  0.0000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  24.29 
 
 		 968 aa  57.8  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  25.34 
 
 		 1481 aa  57  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  31.52 
 
 		 1623 aa  57  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.92 
 
 		 1098 aa  57  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  30.06 
 
 		 1980 aa  57  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  26.61 
 
 		 1102 aa  57  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  26.45 
 
 		 976 aa  57.4  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  26.45 
 
 		 976 aa  57.4  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  26.15 
 
 		 1025 aa  57  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  25.52 
 
 		 1039 aa  57  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  26.34 
 
 		 1095 aa  56.6  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  29.21 
 
 		 952 aa  56.2  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1721  exonuclease V subunit alpha  26 
 
 		 866 aa  54.7  0.000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0576  TrwC relaxase  30.64 
 
 		 669 aa  54.7  0.000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.230411  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  27.37 
 
 		 998 aa  54.7  0.000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  25.85 
 
 		 985 aa  54.7  0.000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  24.64 
 
 		 1107 aa  53.9  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1453  TrwC relaxase  29.37 
 
 		 1223 aa  53.1  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  30 
 
 		 881 aa  52.8  0.00003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  27.14 
 
 		 1034 aa  52.8  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  25.14 
 
 		 1102 aa  53.1  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  32.65 
 
 		 1102 aa  52.4  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>