140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_A0010 on replicon NC_010488
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009425  Ent638_4309  conjugal transfer nickase/helicase TraI  34.02 
 
 		 1807 aa  716    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0010  conjugal transfer nickase/helicase TraI  100 
 
 		 1756 aa  3573    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0549712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0077  conjugative transfer relaxase protein TraI  88.41 
 
 		 1428 aa  2543    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.850506 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0079  protein TraI  96.53 
 
 		 432 aa  848    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.342651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_21  protein TraI (DNA helicase I)  26.96 
 
 		 1936 aa  473  1.0000000000000001e-131  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4614  conjugative transfer relaxase protein TraI  26.29 
 
 		 1986 aa  437  1e-120  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.441431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4392  conjugative transfer relaxase protein TraI  26.42 
 
 		 1986 aa  434  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4517  conjugative transfer relaxase protein TraI  26.51 
 
 		 1986 aa  434  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4421  conjugative transfer relaxase protein TraI  26.34 
 
 		 1986 aa  434  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.478197 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4429  conjugative transfer relaxase protein TraI  26.45 
 
 		 1986 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4591  conjugative transfer relaxase protein TraI  26.28 
 
 		 1986 aa  433  1e-119  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.836035 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0039  hypothetical protein  26.13 
 
 		 1955 aa  405  1e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.401794  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2489  TrwC protein  30.32 
 
 		 936 aa  251  9e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.604785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0059  DNA helicase  28.88 
 
 		 875 aa  220  2e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.186545  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0027  putative protein traI  28.1 
 
 		 612 aa  214  1e-53  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.483518  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2424  exonuclease V subunit alpha  29.13 
 
 		 923 aa  211  1e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2183  TrwC protein  43.62 
 
 		 542 aa  205  5e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.964158  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3983  hypothetical protein  36.67 
 
 		 1013 aa  204  9.999999999999999e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  35.54 
 
 		 961 aa  200  2.0000000000000003e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  38.72 
 
 		 982 aa  198  8.000000000000001e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1027  TrwC protein  35.14 
 
 		 1035 aa  196  2e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.304384 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0076  putative type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  48.37 
 
 		 681 aa  188  7e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  32.33 
 
 		 929 aa  188  8e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5223  conjugative relaxase region-like protein  39.59 
 
 		 1010 aa  187  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5159  conjugative relaxase region-like protein  38.56 
 
 		 1014 aa  186  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  30.26 
 
 		 964 aa  175  9e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  35.76 
 
 		 1111 aa  173  3e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  38.03 
 
 		 1486 aa  173  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  35.73 
 
 		 926 aa  162  5e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  25.32 
 
 		 1112 aa  144  9.999999999999999e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4481  conjugative relaxase domain-containing protein  36.57 
 
 		 907 aa  130  2.0000000000000002e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.569556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  37.4 
 
 		 1665 aa  130  3e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  25.42 
 
 		 1170 aa  129  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1944  conjugative relaxase domain-containing protein  35.94 
 
 		 910 aa  125  7e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0651  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  33.22 
 
 		 379 aa  120  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  32.17 
 
 		 943 aa  120  1.9999999999999998e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1195  conjugative relaxase domain-containing protein  34.21 
 
 		 907 aa  117  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.844088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6204  conjugative relaxase domain-containing protein  29.75 
 
 		 1087 aa  111  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2354  conjugative relaxase domain protein  29.77 
 
 		 1351 aa  105  5e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  28.04 
 
 		 1093 aa  100  3e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  21.97 
 
 		 919 aa  100  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  29.97 
 
 		 907 aa  98.2  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6333  conjugative relaxase domain protein  21.39 
 
 		 870 aa  97.8  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  32.02 
 
 		 946 aa  80.1  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  32.96 
 
 		 1176 aa  79.7  0.0000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  32.94 
 
 		 945 aa  79.7  0.0000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  28.85 
 
 		 981 aa  79  0.0000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  30.86 
 
 		 918 aa  78.6  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  30.28 
 
 		 944 aa  76.3  0.000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  24.9 
 
 		 1095 aa  74.3  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  24.89 
 
 		 1098 aa  73.6  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  24.79 
 
 		 1098 aa  73.6  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1790  TrwC relaxase  32.85 
 
 		 322 aa  72  0.00000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428161  normal  0.65409 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0764  helicase, RecD/TraA family  29.46 
 
 		 728 aa  70.9  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0607896  normal  0.527893 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  30.84 
 
 		 1026 aa  70.1  0.0000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  33.51 
 
 		 1356 aa  69.7  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  30.88 
 
 		 1100 aa  69.7  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  28.97 
 
 		 1123 aa  68.2  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  26.55 
 
 		 1836 aa  67  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  30.56 
 
 		 1175 aa  67  0.000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  30.77 
 
 		 1231 aa  67  0.000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  29.07 
 
 		 1107 aa  66.2  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2182  hypothetical protein  25.24 
 
 		 261 aa  65.9  0.000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.241559  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  30 
 
 		 1174 aa  63.9  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  24.35 
 
 		 1102 aa  64.3  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  24.76 
 
 		 1245 aa  62.8  0.00000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  30 
 
 		 1184 aa  62.8  0.00000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0029  protein TraI  100 
 
 		 38 aa  62.4  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0576  TrwC relaxase  31.22 
 
 		 669 aa  61.6  0.0000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.230411  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  27.15 
 
 		 750 aa  60.8  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  27.24 
 
 		 1107 aa  60.5  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  30.21 
 
 		 1967 aa  59.7  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  32.37 
 
 		 1623 aa  60.1  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  26.68 
 
 		 1100 aa  60.1  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  29.33 
 
 		 736 aa  60.1  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1462  helicase RecD/TraA  30.89 
 
 		 739 aa  59.7  0.0000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  31.94 
 
 		 1976 aa  59.7  0.0000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  31.64 
 
 		 957 aa  58.2  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  27.59 
 
 		 1102 aa  58.5  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  26.13 
 
 		 731 aa  57.4  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  27.59 
 
 		 1102 aa  58.2  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  28.27 
 
 		 738 aa  57.8  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  32.95 
 
 		 1797 aa  57  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  24.64 
 
 		 814 aa  57.4  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  31.11 
 
 		 733 aa  57  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  34.01 
 
 		 728 aa  56.6  0.000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  26.82 
 
 		 733 aa  56.6  0.000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  31.44 
 
 		 735 aa  56.6  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  31.51 
 
 		 952 aa  56.2  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  34.38 
 
 		 1105 aa  56.2  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  26.16 
 
 		 727 aa  55.8  0.000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  31.51 
 
 		 952 aa  55.8  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  26.24 
 
 		 1386 aa  55.1  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  29.35 
 
 		 2090 aa  55.1  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0858  TrwC relaxase  36.52 
 
 		 1208 aa  53.9  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1469  exonuclease V subunit alpha  29.11 
 
 		 480 aa  53.1  0.00004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.232256 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  27.22 
 
 		 740 aa  53.5  0.00004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  32.03 
 
 		 1557 aa  52.8  0.00005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  33.91 
 
 		 1980 aa  52.8  0.00005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  29.84 
 
 		 744 aa  53.1  0.00005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>