More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_4977 on replicon NC_012848
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  100 
 
 
1098 aa  2226    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  91.89 
 
 
1095 aa  2020    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  56.25 
 
 
1105 aa  1158    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  93.28 
 
 
1102 aa  2048    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  94.9 
 
 
1098 aa  2090    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  37.64 
 
 
1107 aa  597  1e-169  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  36.73 
 
 
1102 aa  583  1.0000000000000001e-165  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  36.67 
 
 
1102 aa  582  1e-164  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  39.24 
 
 
1100 aa  578  1.0000000000000001e-163  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  38.17 
 
 
1107 aa  574  1.0000000000000001e-162  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  38.54 
 
 
1123 aa  568  1e-160  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  38.32 
 
 
1100 aa  563  1.0000000000000001e-159  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  42.51 
 
 
952 aa  548  1e-154  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  42.51 
 
 
952 aa  544  1e-153  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  41.3 
 
 
1356 aa  535  1e-150  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  42.88 
 
 
1025 aa  516  1e-144  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  40.05 
 
 
982 aa  506  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  40.62 
 
 
1245 aa  505  1e-141  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  41.8 
 
 
985 aa  504  1e-141  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  40.91 
 
 
976 aa  497  1e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  40.35 
 
 
998 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  40.72 
 
 
1039 aa  498  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  41.01 
 
 
974 aa  498  1e-139  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  40.91 
 
 
976 aa  497  1e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  40.57 
 
 
1034 aa  491  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  41.39 
 
 
968 aa  488  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.65 
 
 
1536 aa  483  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  40.43 
 
 
998 aa  483  1e-135  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  39.97 
 
 
814 aa  478  1e-133  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  39.41 
 
 
1034 aa  478  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  40.68 
 
 
1000 aa  474  1e-132  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  40.68 
 
 
1000 aa  474  1e-132  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  39.58 
 
 
1006 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  39.48 
 
 
1557 aa  462  9.999999999999999e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.98 
 
 
1538 aa  443  9.999999999999999e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0650  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  38.44 
 
 
1534 aa  440  9.999999999999999e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  31.3 
 
 
881 aa  367  1e-100  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  31.36 
 
 
879 aa  362  2e-98  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4244  MobA/MobL protein  30.27 
 
 
1168 aa  297  6e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.944992  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  35.73 
 
 
907 aa  282  3e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  36.14 
 
 
1093 aa  257  1.0000000000000001e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  31.32 
 
 
918 aa  206  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0463  MobA/MobL protein  48.15 
 
 
467 aa  178  4e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.121634  normal  0.0604865 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3227  conjugal transfer protein traA  41.18 
 
 
267 aa  172  5e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3228  MobA/MobL protein  34.2 
 
 
447 aa  159  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011734  PCC7424_5620  MobA/MobL protein  35.98 
 
 
726 aa  155  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5332  MobA/MobL protein  42.37 
 
 
498 aa  154  8.999999999999999e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.873373 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5348  mobilization protein  33.5 
 
 
407 aa  153  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010486  EcSMS35_C0002  MobA/MobL family protein  40.26 
 
 
719 aa  152  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.29222  n/a   
 
 
-
 
NC_008763  Pnap_4998  MobA/MobL protein  39.29 
 
 
766 aa  150  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011733  PCC7424_5602  hypothetical protein  39.82 
 
 
730 aa  147  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1788  MobA/MobL protein  34.05 
 
 
544 aa  137  9.999999999999999e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.96066  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  29.74 
 
 
981 aa  133  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  28.41 
 
 
1481 aa  132  3e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  32.88 
 
 
1184 aa  132  4.0000000000000003e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  32.73 
 
 
1174 aa  131  7.000000000000001e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  26.63 
 
 
964 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2314  MobA/MobL family protein  34.78 
 
 
506 aa  126  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127773  hitchhiker  0.00000000000117095 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1747  MobA/MobL protein  34.47 
 
 
465 aa  125  4e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009473  Acry_3630  MobA/MobL protein  38.46 
 
 
361 aa  124  7e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2074  MobA/MobL family  34.3 
 
 
501 aa  124  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.103874  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  25.04 
 
 
1549 aa  123  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5162  MobA/MobL protein  38.1 
 
 
498 aa  120  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0989  MobA/MobL protein  38.69 
 
 
430 aa  119  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  32.74 
 
 
1176 aa  119  3.9999999999999997e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  29.08 
 
 
1231 aa  118  6.9999999999999995e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D28  hypothetical protein  31.45 
 
 
673 aa  118  6.9999999999999995e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00718795  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  25.42 
 
 
1112 aa  115  5e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  29.82 
 
 
1175 aa  115  6e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  27.71 
 
 
1170 aa  109  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  28.09 
 
 
926 aa  108  8e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3229  Exodeoxyribonuclease V  27.94 
 
 
637 aa  105  4e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115754  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  29.04 
 
 
1836 aa  105  6e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0306  AAA ATPase  26.65 
 
 
710 aa  104  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.933314  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1469  TrwC relaxase  24.38 
 
 
1189 aa  100  1e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.137376  normal  0.575201 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  31.09 
 
 
733 aa  99.4  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  31.09 
 
 
733 aa  99.4  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  25.45 
 
 
1486 aa  99.4  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5425  MobA/MobL protein  46.09 
 
 
379 aa  98.2  8e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.369959  normal 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  26.73 
 
 
961 aa  98.2  8e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1706  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit  29.32 
 
 
730 aa  97.4  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.129548  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  30.67 
 
 
727 aa  97.4  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2403  helicase, RecD/TraA family  25.98 
 
 
747 aa  96.7  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934653 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  24.29 
 
 
731 aa  97.1  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  27.19 
 
 
1976 aa  97.1  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  27.74 
 
 
1952 aa  97.1  2e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  26.9 
 
 
1523 aa  95.1  6e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  26.9 
 
 
1523 aa  95.1  6e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  28.45 
 
 
929 aa  94.7  7e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2919  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.55 
 
 
721 aa  94.4  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  24.48 
 
 
728 aa  94  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1102  exonuclease V subunit alpha  29.97 
 
 
872 aa  94.4  1e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  28.07 
 
 
1797 aa  94.4  1e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  27.71 
 
 
1955 aa  93.6  2e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0764  helicase, RecD/TraA family  26.46 
 
 
728 aa  92.8  3e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0607896  normal  0.527893 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3542  aldehyde dehydrogenase  27.23 
 
 
1683 aa  92.8  3e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311883  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  28.54 
 
 
1980 aa  91.7  7e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  28.09 
 
 
736 aa  90.9  1e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  27.43 
 
 
728 aa  90.9  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5748  helicase, RecD/TraA family  29.02 
 
 
768 aa  91.3  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>