152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sbal223_4421 on replicon NC_011668
Organism: Shewanella baltica OS223



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009661  Shew185_4429  conjugative transfer relaxase protein TraI  99.14 
 
 		 1986 aa  4056    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4421  conjugative transfer relaxase protein TraI  100 
 
 		 1986 aa  4088    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.478197 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4392  conjugative transfer relaxase protein TraI  98.49 
 
 		 1986 aa  4021    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_21  protein TraI (DNA helicase I)  47.72 
 
 		 1936 aa  1667    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4517  conjugative transfer relaxase protein TraI  98.69 
 
 		 1986 aa  4033    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4591  conjugative transfer relaxase protein TraI  98.94 
 
 		 1986 aa  4046    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.836035 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4614  conjugative transfer relaxase protein TraI  98.39 
 
 		 1986 aa  4026    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.441431  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0039  hypothetical protein  27.38 
 
 		 1955 aa  498  1e-139  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.401794  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0010  conjugal transfer nickase/helicase TraI  26.34 
 
 		 1756 aa  434  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0549712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4309  conjugal transfer nickase/helicase TraI  25.43 
 
 		 1807 aa  293  2e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0077  conjugative transfer relaxase protein TraI  23.85 
 
 		 1428 aa  264  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.850506 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0059  DNA helicase  27.78 
 
 		 875 aa  257  1.0000000000000001e-66  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.186545  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  26.66 
 
 		 929 aa  217  1.9999999999999998e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2489  TrwC protein  25.44 
 
 		 936 aa  206  3e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.604785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  25.27 
 
 		 961 aa  186  3e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0027  putative protein traI  27.89 
 
 		 612 aa  181  9e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.483518  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  25.47 
 
 		 926 aa  179  4e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  25.81 
 
 		 964 aa  172  8e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  25.57 
 
 		 943 aa  170  2e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  35.78 
 
 		 982 aa  167  2.0000000000000002e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2424  exonuclease V subunit alpha  23.66 
 
 		 923 aa  162  8e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  26.76 
 
 		 1486 aa  161  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5223  conjugative relaxase region-like protein  23.15 
 
 		 1010 aa  154  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3983  hypothetical protein  29.18 
 
 		 1013 aa  152  5e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1027  TrwC protein  23.37 
 
 		 1035 aa  152  9e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.304384 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  27.49 
 
 		 1111 aa  149  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5159  conjugative relaxase region-like protein  31.58 
 
 		 1014 aa  147  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  28.42 
 
 		 1112 aa  143  3e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2183  TrwC protein  28.85 
 
 		 542 aa  140  2e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.964158  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  26.66 
 
 		 1170 aa  139  5e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  24.02 
 
 		 1665 aa  121  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1944  conjugative relaxase domain-containing protein  22.04 
 
 		 910 aa  116  5e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6204  conjugative relaxase domain-containing protein  29.2 
 
 		 1087 aa  114  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  24.32 
 
 		 919 aa  113  5e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  31.64 
 
 		 907 aa  108  8e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6333  conjugative relaxase domain protein  21.98 
 
 		 870 aa  107  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0651  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  30.31 
 
 		 379 aa  106  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4481  conjugative relaxase domain-containing protein  32.03 
 
 		 907 aa  103  4e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.569556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  24.8 
 
 		 1093 aa  102  5e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1195  conjugative relaxase domain-containing protein  32.77 
 
 		 907 aa  96.7  4e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.844088  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2354  conjugative relaxase domain protein  27.93 
 
 		 1351 aa  82.4  0.00000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  30.62 
 
 		 918 aa  80.1  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1790  TrwC relaxase  28.87 
 
 		 322 aa  79.7  0.0000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428161  normal  0.65409 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  29.04 
 
 		 1176 aa  78.6  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  22.65 
 
 		 946 aa  78.2  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  27.69 
 
 		 945 aa  75.9  0.000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  29.55 
 
 		 1175 aa  75.1  0.00000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  32.51 
 
 		 981 aa  74.3  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  27.81 
 
 		 944 aa  69.7  0.0000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  21.79 
 
 		 1174 aa  67.8  0.000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  28.69 
 
 		 1231 aa  67.8  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.47 
 
 		 1356 aa  66.6  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  30.39 
 
 		 2090 aa  65.9  0.000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3565  hypothetical protein  28.35 
 
 		 342 aa  65.5  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  28.22 
 
 		 1184 aa  65.1  0.00000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  26.05 
 
 		 1245 aa  65.1  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3918  hypothetical protein  25.21 
 
 		 343 aa  64.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.939983  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0376  hypothetical protein  26.9 
 
 		 345 aa  63.9  0.00000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.325064  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  34.18 
 
 		 1836 aa  63.5  0.00000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  28.65 
 
 		 1107 aa  63.2  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  29.63 
 
 		 957 aa  63.2  0.00000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0719  hypothetical protein  25 
 
 		 346 aa  62.4  0.00000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0812482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6192  hypothetical protein  24.79 
 
 		 344 aa  61.6  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00206516  normal  0.0205982 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  28.26 
 
 		 1102 aa  60.1  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  28.26 
 
 		 1102 aa  60.1  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2517  hypothetical protein  25.87 
 
 		 350 aa  59.7  0.0000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.925497  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  26.58 
 
 		 1123 aa  59.7  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  26.58 
 
 		 1100 aa  59.3  0.0000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2651  hypothetical protein  25.41 
 
 		 348 aa  58.2  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.115024 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  25.31 
 
 		 1025 aa  58.2  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  20.74 
 
 		 1623 aa  58.2  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  26.67 
 
 		 1980 aa  57  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  32.67 
 
 		 952 aa  57.4  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  29.58 
 
 		 952 aa  57.4  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  25.67 
 
 		 1107 aa  56.6  0.000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5568  hypothetical protein  25.85 
 
 		 352 aa  56.2  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0489435  normal  0.0673092 
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3587  exonuclease V subunit alpha  25 
 
 		 1699 aa  56.2  0.000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  normal  0.246341 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7718  hypothetical protein  25.37 
 
 		 353 aa  56.2  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.731705 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0242  virulence-associated protein E  28.73 
 
 		 293 aa  56.2  0.000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1532  hypothetical protein  23.46 
 
 		 344 aa  56.2  0.000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0877036 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6058  hypothetical protein  27.32 
 
 		 348 aa  56.2  0.000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3066  hypothetical protein  23.44 
 
 		 346 aa  55.8  0.000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.43309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  24.25 
 
 		 738 aa  55.8  0.000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  22.4 
 
 		 1955 aa  55.8  0.000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  28.05 
 
 		 728 aa  55.1  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  29.85 
 
 		 1967 aa  55.1  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  26.53 
 
 		 1797 aa  55.5  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3226  aldehyde dehydrogenase  25 
 
 		 1681 aa  55.1  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7414  hypothetical protein  26 
 
 		 354 aa  55.5  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1217  hypothetical protein  24.51 
 
 		 344 aa  55.1  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.046593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3518  hypothetical protein  24.51 
 
 		 344 aa  55.1  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.818052  normal  0.966991 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  27.73 
 
 		 976 aa  55.5  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  27.73 
 
 		 976 aa  55.5  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  25.49 
 
 		 1034 aa  54.7  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  23.24 
 
 		 1034 aa  54.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4224  hypothetical protein  24.9 
 
 		 344 aa  54.3  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.427202  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  24.77 
 
 		 1100 aa  54.7  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3542  aldehyde dehydrogenase  25.34 
 
 		 1683 aa  54.3  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311883  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0572  hypothetical protein  25 
 
 		 345 aa  54.3  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.836984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2129  hypothetical protein  25.75 
 
 		 353 aa  53.9  0.00003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.247766  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>