234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_2489 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_2489  TrwC protein  100 
 
 		 936 aa  1851    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.604785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2424  exonuclease V subunit alpha  58.87 
 
 		 923 aa  984    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  40.2 
 
 		 929 aa  529  1e-148  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  38.52 
 
 		 961 aa  498  1e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  35.43 
 
 		 964 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  36.98 
 
 		 926 aa  421  1e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1027  TrwC protein  43.02 
 
 		 1035 aa  373  1e-102  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.304384 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  31.77 
 
 		 982 aa  369  1e-100  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  31.03 
 
 		 1170 aa  360  6e-98  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5223  conjugative relaxase region-like protein  32.46 
 
 		 1010 aa  321  3.9999999999999996e-86  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5159  conjugative relaxase region-like protein  32.05 
 
 		 1014 aa  312  2e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  31.02 
 
 		 943 aa  298  3e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  30.99 
 
 		 1665 aa  297  6e-79  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3983  hypothetical protein  31.28 
 
 		 1013 aa  281  4e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  29.68 
 
 		 919 aa  265  3e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0010  conjugal transfer nickase/helicase TraI  30.28 
 
 		 1756 aa  255  3e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0549712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  26.37 
 
 		 1112 aa  238  3e-61  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6333  conjugative relaxase domain protein  26.58 
 
 		 870 aa  237  7e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  39.06 
 
 		 1111 aa  226  1e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0039  hypothetical protein  28.44 
 
 		 1955 aa  217  7e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.401794  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2354  conjugative relaxase domain protein  28.76 
 
 		 1351 aa  217  9e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4392  conjugative transfer relaxase protein TraI  25.55 
 
 		 1986 aa  211  4e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2183  TrwC protein  34.15 
 
 		 542 aa  210  1e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.964158  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4429  conjugative transfer relaxase protein TraI  25.67 
 
 		 1986 aa  207  7e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4421  conjugative transfer relaxase protein TraI  25.67 
 
 		 1986 aa  207  9e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.478197 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4591  conjugative transfer relaxase protein TraI  25.67 
 
 		 1986 aa  207  1e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.836035 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4614  conjugative transfer relaxase protein TraI  25.32 
 
 		 1986 aa  204  8e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.441431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4517  conjugative transfer relaxase protein TraI  25.2 
 
 		 1986 aa  201  5e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1944  conjugative relaxase domain-containing protein  29.06 
 
 		 910 aa  200  7.999999999999999e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  44.95 
 
 		 1486 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4481  conjugative relaxase domain-containing protein  28.99 
 
 		 907 aa  197  8.000000000000001e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.569556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1195  conjugative relaxase domain-containing protein  28.27 
 
 		 907 aa  187  9e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.844088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4309  conjugal transfer nickase/helicase TraI  40 
 
 		 1807 aa  184  5.0000000000000004e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6204  conjugative relaxase domain-containing protein  33.47 
 
 		 1087 aa  165  3e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0059  DNA helicase  25.76 
 
 		 875 aa  164  7e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.186545  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0651  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  38.85 
 
 		 379 aa  161  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0027  putative protein traI  25.57 
 
 		 612 aa  158  6e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.483518  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  29.75 
 
 		 918 aa  158  6e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  28.57 
 
 		 907 aa  154  5.9999999999999996e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_21  protein TraI (DNA helicase I)  32.08 
 
 		 1936 aa  148  6e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  27.57 
 
 		 1093 aa  140  7.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  29.63 
 
 		 1797 aa  140  1e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  31.52 
 
 		 1175 aa  139  2e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  29.14 
 
 		 1174 aa  140  2e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  29.45 
 
 		 946 aa  124  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  29.77 
 
 		 1386 aa  120  9e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  29.05 
 
 		 981 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0077  conjugative transfer relaxase protein TraI  25.81 
 
 		 1428 aa  117  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.850506 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3254  exonuclease V subunit alpha  29.65 
 
 		 1529 aa  117  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.134298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  27.11 
 
 		 1549 aa  116  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  27.84 
 
 		 957 aa  115  4.0000000000000004e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  28.64 
 
 		 1955 aa  103  2e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  36.06 
 
 		 1836 aa  98.2  7e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  28.55 
 
 		 1523 aa  97.8  9e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  28.55 
 
 		 1523 aa  97.8  9e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  34.47 
 
 		 1231 aa  96.7  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  29.49 
 
 		 985 aa  94.4  9e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2182  hypothetical protein  30.91 
 
 		 261 aa  93.6  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.241559  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  28.17 
 
 		 1967 aa  94  1e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  27.54 
 
 		 1481 aa  93.2  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  27.76 
 
 		 1976 aa  90.1  2e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  28.1 
 
 		 998 aa  86.3  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1790  TrwC relaxase  32.24 
 
 		 322 aa  86.3  0.000000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428161  normal  0.65409 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  27.33 
 
 		 1980 aa  83.6  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  32.52 
 
 		 1026 aa  82  0.00000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  33.53 
 
 		 1623 aa  80.5  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  33.97 
 
 		 1184 aa  78.2  0.0000000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  28.64 
 
 		 952 aa  77.8  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  29.21 
 
 		 1356 aa  77  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  28.64 
 
 		 952 aa  76.3  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  27.08 
 
 		 1039 aa  72.8  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  28 
 
 		 814 aa  72.4  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  29.39 
 
 		 1098 aa  72  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  27.16 
 
 		 976 aa  70.9  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1462  helicase RecD/TraA  29.38 
 
 		 739 aa  70.9  0.0000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  24.9 
 
 		 762 aa  70.5  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  30.81 
 
 		 2090 aa  70.9  0.0000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  27.16 
 
 		 976 aa  70.9  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  27.09 
 
 		 1034 aa  69.7  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  30.15 
 
 		 1952 aa  70.1  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  27.49 
 
 		 968 aa  70.1  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  28 
 
 		 738 aa  67.8  0.0000000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  37.13 
 
 		 711 aa  67.8  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  29.87 
 
 		 1098 aa  67  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  28.53 
 
 		 738 aa  66.2  0.000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  29.53 
 
 		 1102 aa  65.9  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  29.81 
 
 		 1123 aa  64.7  0.000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  23.82 
 
 		 744 aa  64.7  0.000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  29.97 
 
 		 720 aa  63.9  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0818  RecD/TraA family helicase  29.37 
 
 		 688 aa  64.3  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.662153  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  26.64 
 
 		 1034 aa  63.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  25.18 
 
 		 727 aa  62.8  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  32.89 
 
 		 1107 aa  63.2  0.00000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.65 
 
 		 1095 aa  62.8  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  35.42 
 
 		 1102 aa  62.4  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  29.61 
 
 		 1102 aa  62.4  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  30.45 
 
 		 1100 aa  62  0.00000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  24.88 
 
 		 982 aa  62  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  27.08 
 
 		 728 aa  61.6  0.00000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0576  TrwC relaxase  33.68 
 
 		 669 aa  61.6  0.00000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.230411  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>