203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_6945 on replicon NC_008545
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  100 
 
 		 964 aa  1967    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  52.58 
 
 		 961 aa  949    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2489  TrwC protein  35.08 
 
 		 936 aa  412  1e-113  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.604785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1027  TrwC protein  32.02 
 
 		 1035 aa  397  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.304384 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  33.1 
 
 		 926 aa  390  1e-107  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2424  exonuclease V subunit alpha  31.97 
 
 		 923 aa  359  9.999999999999999e-98  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  31.36 
 
 		 929 aa  339  1.9999999999999998e-91  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  29.46 
 
 		 1170 aa  327  5e-88  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5223  conjugative relaxase region-like protein  28.16 
 
 		 1010 aa  286  2.0000000000000002e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5159  conjugative relaxase region-like protein  28.98 
 
 		 1014 aa  285  3.0000000000000004e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  28.07 
 
 		 1665 aa  276  1.0000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3983  hypothetical protein  30.4 
 
 		 1013 aa  266  2e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  27.99 
 
 		 943 aa  261  3e-68  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  26.04 
 
 		 982 aa  261  6e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2354  conjugative relaxase domain protein  27.45 
 
 		 1351 aa  234  6e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  25.9 
 
 		 1112 aa  229  2e-58  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2183  TrwC protein  31.57 
 
 		 542 aa  220  1e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.964158  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0039  hypothetical protein  28.8 
 
 		 1955 aa  216  1.9999999999999998e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.401794  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  37.05 
 
 		 1111 aa  203  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  24.48 
 
 		 919 aa  193  1e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  40.2 
 
 		 1486 aa  186  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  28.53 
 
 		 918 aa  181  7e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6333  conjugative relaxase domain protein  24.74 
 
 		 870 aa  178  5e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0010  conjugal transfer nickase/helicase TraI  30.26 
 
 		 1756 aa  175  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0549712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4481  conjugative relaxase domain-containing protein  25.05 
 
 		 907 aa  172  2e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.569556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1195  conjugative relaxase domain-containing protein  25.57 
 
 		 907 aa  172  3e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.844088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4421  conjugative transfer relaxase protein TraI  25.81 
 
 		 1986 aa  171  4e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.478197 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4591  conjugative transfer relaxase protein TraI  25.81 
 
 		 1986 aa  171  5e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.836035 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4429  conjugative transfer relaxase protein TraI  25.81 
 
 		 1986 aa  171  7e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4517  conjugative transfer relaxase protein TraI  25.64 
 
 		 1986 aa  171  8e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6204  conjugative relaxase domain-containing protein  32.48 
 
 		 1087 aa  169  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4392  conjugative transfer relaxase protein TraI  25.52 
 
 		 1986 aa  168  5e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4614  conjugative transfer relaxase protein TraI  25.14 
 
 		 1986 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.441431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  27.58 
 
 		 1093 aa  160  1e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1944  conjugative relaxase domain-containing protein  24.65 
 
 		 910 aa  156  2e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4309  conjugal transfer nickase/helicase TraI  36.77 
 
 		 1807 aa  156  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  25.44 
 
 		 907 aa  154  7e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_21  protein TraI (DNA helicase I)  26.23 
 
 		 1936 aa  150  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0059  DNA helicase  26.7 
 
 		 875 aa  150  2.0000000000000003e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.186545  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0027  putative protein traI  26.44 
 
 		 612 aa  143  9.999999999999999e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.483518  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0077  conjugative transfer relaxase protein TraI  28.28 
 
 		 1428 aa  134  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.850506 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.05 
 
 		 1095 aa  134  7.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  26.63 
 
 		 1098 aa  130  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.09 
 
 		 1098 aa  128  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0651  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  33.66 
 
 		 379 aa  122  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  26.79 
 
 		 1102 aa  121  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  33.81 
 
 		 1107 aa  117  7.999999999999999e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  26.01 
 
 		 946 aa  113  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.19 
 
 		 1356 aa  107  8e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  26.26 
 
 		 952 aa  106  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  26.89 
 
 		 1386 aa  104  6e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  27.37 
 
 		 1174 aa  102  3e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  26.47 
 
 		 1105 aa  100  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  28.13 
 
 		 1107 aa  99.8  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  32.88 
 
 		 944 aa  100  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  27.79 
 
 		 981 aa  98.6  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  31.41 
 
 		 1100 aa  97.1  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  26.78 
 
 		 1231 aa  96.7  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  31.98 
 
 		 945 aa  95.9  3e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  27.19 
 
 		 982 aa  95.9  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  31.2 
 
 		 1102 aa  96.3  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  27.01 
 
 		 1034 aa  95.5  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  35.08 
 
 		 1536 aa  94.4  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  35.09 
 
 		 1245 aa  94  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  30.42 
 
 		 1102 aa  94  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  24.12 
 
 		 1549 aa  93.6  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  28.78 
 
 		 1100 aa  92.8  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  28.93 
 
 		 1123 aa  93.6  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  26.22 
 
 		 976 aa  93.6  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  26.22 
 
 		 976 aa  93.6  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1790  TrwC relaxase  33.84 
 
 		 322 aa  90.9  9e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428161  normal  0.65409 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3692  TrwC relaxase  24.19 
 
 		 1068 aa  89.7  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.372056 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  29.24 
 
 		 952 aa  89  4e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  28.99 
 
 		 1025 aa  88.2  6e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  26.45 
 
 		 968 aa  87.4  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  23.93 
 
 		 957 aa  86.3  0.000000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  30.18 
 
 		 998 aa  85.9  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  26.52 
 
 		 1836 aa  84  0.00000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1102  exonuclease V subunit alpha  26.3 
 
 		 872 aa  84  0.00000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  31.97 
 
 		 998 aa  83.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  29.91 
 
 		 1557 aa  83.6  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  29.14 
 
 		 985 aa  82.8  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  27 
 
 		 1039 aa  82  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1721  exonuclease V subunit alpha  24.33 
 
 		 866 aa  82  0.00000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  30.03 
 
 		 1006 aa  81.6  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  35.58 
 
 		 1000 aa  81.6  0.00000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  35.58 
 
 		 1000 aa  81.6  0.00000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  23.93 
 
 		 974 aa  80.9  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  29.56 
 
 		 814 aa  79.7  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  29.18 
 
 		 1538 aa  79.3  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  33.87 
 
 		 738 aa  78.6  0.0000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  34.15 
 
 		 1034 aa  77  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3587  exonuclease V subunit alpha  23.86 
 
 		 1699 aa  77  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  normal  0.246341 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  22.53 
 
 		 1481 aa  75.5  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  32.74 
 
 		 1175 aa  75.5  0.000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  33.53 
 
 		 1976 aa  73.2  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0650  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  32.98 
 
 		 1534 aa  72.4  0.00000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  30 
 
 		 1184 aa  71.6  0.00000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  30.3 
 
 		 1026 aa  70.5  0.0000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  32.93 
 
 		 1967 aa  69.7  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>