74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0651 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0651  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  100 
 
 
379 aa  753    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  38.51 
 
 
907 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2489  TrwC protein  38.85 
 
 
936 aa  162  1e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.604785  normal 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  35.95 
 
 
961 aa  159  8e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  37.67 
 
 
929 aa  152  1e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1027  TrwC protein  37.5 
 
 
1035 aa  151  1e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.304384 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1790  TrwC relaxase  41.02 
 
 
322 aa  146  6e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428161  normal  0.65409 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0039  hypothetical protein  33.9 
 
 
1955 aa  145  8.000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.401794  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2424  exonuclease V subunit alpha  37.92 
 
 
923 aa  144  3e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5159  conjugative relaxase region-like protein  33.78 
 
 
1014 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734563  normal 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  35.27 
 
 
1486 aa  138  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  34.3 
 
 
1111 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  32.6 
 
 
1093 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5223  conjugative relaxase region-like protein  36.3 
 
 
1010 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260004  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  36.61 
 
 
918 aa  124  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  37.73 
 
 
926 aa  122  7e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3983  hypothetical protein  32.85 
 
 
1013 aa  122  9e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  30.35 
 
 
982 aa  122  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  33.66 
 
 
964 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0010  conjugal transfer nickase/helicase TraI  33.22 
 
 
1756 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0549712  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  35.77 
 
 
957 aa  119  9.999999999999999e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  31.34 
 
 
1231 aa  115  8.999999999999998e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  34.3 
 
 
1976 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  29.88 
 
 
1175 aa  114  3e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1944  conjugative relaxase domain-containing protein  34.69 
 
 
910 aa  112  7.000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  34.66 
 
 
1967 aa  109  6e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6333  conjugative relaxase domain protein  28.99 
 
 
870 aa  109  7.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  31.19 
 
 
1176 aa  109  8.000000000000001e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4309  conjugal transfer nickase/helicase TraI  29.8 
 
 
1807 aa  108  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4392  conjugative transfer relaxase protein TraI  28.96 
 
 
1986 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4614  conjugative transfer relaxase protein TraI  28.69 
 
 
1986 aa  106  7e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.441431  normal 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4429  conjugative transfer relaxase protein TraI  30.31 
 
 
1986 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4421  conjugative transfer relaxase protein TraI  30.31 
 
 
1986 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.478197 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4517  conjugative transfer relaxase protein TraI  30.31 
 
 
1986 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4591  conjugative transfer relaxase protein TraI  30.31 
 
 
1986 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.836035 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  29.9 
 
 
919 aa  105  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  36.71 
 
 
2090 aa  105  2e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  36.63 
 
 
1980 aa  103  3e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_21  protein TraI (DNA helicase I)  31.49 
 
 
1936 aa  101  3e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2183  TrwC protein  29.97 
 
 
542 aa  99  1e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.964158  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  40.94 
 
 
1836 aa  98.2  2e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  40.58 
 
 
1026 aa  97.4  3e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2354  conjugative relaxase domain protein  35.02 
 
 
1351 aa  97.1  5e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  27.68 
 
 
1174 aa  95.1  2e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  27.91 
 
 
1170 aa  94  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  35.83 
 
 
981 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  33.88 
 
 
1797 aa  93.2  6e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  32.93 
 
 
944 aa  93.6  6e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  31.25 
 
 
943 aa  93.2  7e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  26.92 
 
 
1112 aa  93.2  7e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  30.29 
 
 
1386 aa  92.8  9e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  32.52 
 
 
945 aa  90.5  4e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  32.83 
 
 
1665 aa  90.5  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  32.14 
 
 
946 aa  88.2  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  27.68 
 
 
1184 aa  87.4  4e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  30.49 
 
 
1623 aa  86.7  6e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3542  aldehyde dehydrogenase  32.62 
 
 
1683 aa  86.7  7e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311883  n/a   
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3587  exonuclease V subunit alpha  31.55 
 
 
1699 aa  85.1  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  normal  0.246341 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3226  aldehyde dehydrogenase  31.55 
 
 
1681 aa  84.7  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1195  conjugative relaxase domain-containing protein  34.03 
 
 
907 aa  83.6  0.000000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.844088  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  32.89 
 
 
1952 aa  78.6  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4481  conjugative relaxase domain-containing protein  33.05 
 
 
907 aa  78.6  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.569556  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  34.93 
 
 
1955 aa  77  0.0000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3692  TrwC relaxase  29.32 
 
 
1068 aa  75.9  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.372056 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3254  exonuclease V subunit alpha  34.07 
 
 
1529 aa  73.2  0.000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.134298  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  33.14 
 
 
1523 aa  70.1  0.00000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  33.14 
 
 
1523 aa  70.1  0.00000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6204  conjugative relaxase domain-containing protein  29.35 
 
 
1087 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1469  TrwC relaxase  34.31 
 
 
1189 aa  64.7  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.137376  normal  0.575201 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  25.81 
 
 
1481 aa  64.7  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009472  Acry_3619  exonuclease V subunit alpha  32.4 
 
 
1082 aa  62  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3338  hypothetical protein  29.95 
 
 
1520 aa  54.7  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.389694  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  29.61 
 
 
1549 aa  53.9  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0576  TrwC relaxase  30.22 
 
 
669 aa  50.8  0.00003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.230411  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>