More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0435 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  74.49 
 
 
985 aa  1405    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  65.07 
 
 
952 aa  1176    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  68.41 
 
 
814 aa  944    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  79.71 
 
 
976 aa  1533    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  67.37 
 
 
1000 aa  1256    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  67.37 
 
 
1000 aa  1256    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  74.9 
 
 
1034 aa  1469    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  64.92 
 
 
952 aa  1177    Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  72.84 
 
 
1034 aa  1393    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  74.6 
 
 
998 aa  1460    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  72.35 
 
 
1006 aa  1369    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  79.71 
 
 
976 aa  1533    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  74.63 
 
 
1039 aa  1479    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  61.09 
 
 
974 aa  1132    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  100 
 
 
968 aa  1940    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  75.91 
 
 
982 aa  1448    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  49.04 
 
 
1025 aa  830    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  77.2 
 
 
998 aa  1461    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  40.48 
 
 
1102 aa  530  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  40.48 
 
 
1102 aa  528  1e-148  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  40.27 
 
 
1107 aa  528  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  40.33 
 
 
1107 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  40.1 
 
 
1100 aa  510  1e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  37.94 
 
 
1105 aa  505  1e-141  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  41.48 
 
 
1102 aa  499  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  37.12 
 
 
1100 aa  499  1e-140  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3228  MobA/MobL protein  72.92 
 
 
447 aa  502  1e-140  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  41.6 
 
 
1098 aa  501  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  41.39 
 
 
1098 aa  498  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  39.29 
 
 
1123 aa  495  9.999999999999999e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  40.68 
 
 
1095 aa  485  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.52 
 
 
1356 aa  474  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.95 
 
 
1245 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  38.83 
 
 
1536 aa  462  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  38.3 
 
 
1557 aa  454  1.0000000000000001e-126  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  40 
 
 
1538 aa  447  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0650  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  38.73 
 
 
1534 aa  426  1e-117  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  33.93 
 
 
881 aa  413  1e-113  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  33.33 
 
 
879 aa  404  1e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3227  conjugal transfer protein traA  76.47 
 
 
267 aa  338  1.9999999999999998e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4244  MobA/MobL protein  33.68 
 
 
1168 aa  335  2e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.944992  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  38.19 
 
 
907 aa  280  1e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  41.29 
 
 
1093 aa  257  9e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010486  EcSMS35_C0002  MobA/MobL family protein  46.15 
 
 
719 aa  207  1e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.29222  n/a   
 
 
-
 
NC_011733  PCC7424_5602  hypothetical protein  39.74 
 
 
730 aa  195  4e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5425  MobA/MobL protein  37.54 
 
 
379 aa  193  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.369959  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  30.42 
 
 
918 aa  192  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011734  PCC7424_5620  MobA/MobL protein  40.17 
 
 
726 aa  189  3e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1788  MobA/MobL protein  36.68 
 
 
544 aa  186  2.0000000000000003e-45  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.96066  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5332  MobA/MobL protein  43.75 
 
 
498 aa  174  5e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.873373 
 
 
-
 
NC_009473  Acry_3630  MobA/MobL protein  46.23 
 
 
361 aa  174  5.999999999999999e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1747  MobA/MobL protein  39.9 
 
 
465 aa  156  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  33.66 
 
 
981 aa  147  9e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2314  MobA/MobL family protein  39.2 
 
 
506 aa  145  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127773  hitchhiker  0.00000000000117095 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2074  MobA/MobL family  39.2 
 
 
501 aa  145  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.103874  n/a   
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D28  hypothetical protein  33.08 
 
 
673 aa  145  5e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00718795  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5162  MobA/MobL protein  41.67 
 
 
498 aa  143  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  24.87 
 
 
1112 aa  136  1.9999999999999998e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  33.57 
 
 
1175 aa  132  2.0000000000000002e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  33.33 
 
 
1184 aa  132  4.0000000000000003e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  33.24 
 
 
1174 aa  127  1e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  34.22 
 
 
1176 aa  125  3e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008763  Pnap_4998  MobA/MobL protein  34.5 
 
 
766 aa  122  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  28.15 
 
 
1549 aa  119  3.9999999999999997e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  30.22 
 
 
1481 aa  118  6.9999999999999995e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1469  TrwC relaxase  26.69 
 
 
1189 aa  113  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.137376  normal  0.575201 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  26.97 
 
 
961 aa  112  3e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3542  aldehyde dehydrogenase  31.19 
 
 
1683 aa  112  3e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311883  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  29.87 
 
 
1231 aa  110  1e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4107  MobA/MobL protein  35.43 
 
 
310 aa  108  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.675115  normal  0.372473 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  28.65 
 
 
1967 aa  108  5e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3226  aldehyde dehydrogenase  30.56 
 
 
1681 aa  107  8e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5348  mobilization protein  35.23 
 
 
407 aa  107  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  29.72 
 
 
1797 aa  107  1e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3587  exonuclease V subunit alpha  29.01 
 
 
1699 aa  106  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  normal  0.246341 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  30.3 
 
 
1836 aa  107  2e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  28.54 
 
 
1976 aa  104  7e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  28.53 
 
 
1170 aa  103  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  27.44 
 
 
1665 aa  103  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  27.81 
 
 
1980 aa  100  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  23.91 
 
 
943 aa  99.4  3e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  27.27 
 
 
929 aa  95.9  3e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  29.75 
 
 
1523 aa  95.9  3e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  29.75 
 
 
1523 aa  95.9  3e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0463  MobA/MobL protein  38.53 
 
 
467 aa  94.4  1e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.121634  normal  0.0604865 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  30.83 
 
 
926 aa  94.4  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0306  AAA ATPase  25.41 
 
 
710 aa  93.6  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.933314  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  30.05 
 
 
727 aa  92  5e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  29.57 
 
 
733 aa  89  4e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08050  TrwC relaxase  28.34 
 
 
1160 aa  89  4e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010659  SbBS512_D0003  mobilization protein A  32.58 
 
 
516 aa  88.2  6e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.488217  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  25.1 
 
 
1486 aa  87.8  9e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  24.89 
 
 
919 aa  87.8  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  26.45 
 
 
964 aa  87  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_004253  pDOJH10S_p2  Mob  29.29 
 
 
492 aa  87  0.000000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  28.57 
 
 
2090 aa  85.9  0.000000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004252  pDOJH10L_p03  hypothetical protein  31.28 
 
 
370 aa  85.9  0.000000000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  29.43 
 
 
733 aa  85.5  0.000000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6333  conjugative relaxase domain protein  23.12 
 
 
870 aa  85.5  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5322  hypothetical protein  59.21 
 
 
97 aa  85.1  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.642861  normal  0.725419 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>