78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_2183 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_2183  TrwC protein  100 
 
 		 542 aa  1089    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.964158  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5223  conjugative relaxase region-like protein  46.29 
 
 		 1010 aa  379  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5159  conjugative relaxase region-like protein  45.03 
 
 		 1014 aa  368  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3983  hypothetical protein  42.19 
 
 		 1013 aa  348  2e-94  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  32.64 
 
 		 961 aa  254  3e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  31.57 
 
 		 964 aa  221  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  33.71 
 
 		 929 aa  206  7e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0010  conjugal transfer nickase/helicase TraI  43.62 
 
 		 1756 aa  205  1e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0549712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2489  TrwC protein  33.78 
 
 		 936 aa  206  1e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.604785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4309  conjugal transfer nickase/helicase TraI  42.47 
 
 		 1807 aa  200  5e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1027  TrwC protein  30.71 
 
 		 1035 aa  196  1e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.304384 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2424  exonuclease V subunit alpha  32.07 
 
 		 923 aa  189  9e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  33.45 
 
 		 926 aa  188  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  30.13 
 
 		 982 aa  184  5.0000000000000004e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0039  hypothetical protein  31.05 
 
 		 1955 aa  177  5e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.401794  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  35.81 
 
 		 1111 aa  171  4e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  29.28 
 
 		 1170 aa  164  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  34.86 
 
 		 1486 aa  160  8e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6204  conjugative relaxase domain-containing protein  31 
 
 		 1087 aa  150  7e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  27.8 
 
 		 1665 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4591  conjugative transfer relaxase protein TraI  28.85 
 
 		 1986 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.836035 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4429  conjugative transfer relaxase protein TraI  28.85 
 
 		 1986 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4421  conjugative transfer relaxase protein TraI  28.85 
 
 		 1986 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.478197 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4614  conjugative transfer relaxase protein TraI  28.65 
 
 		 1986 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.441431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4392  conjugative transfer relaxase protein TraI  28.46 
 
 		 1986 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4517  conjugative transfer relaxase protein TraI  29.53 
 
 		 1986 aa  139  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  26.68 
 
 		 943 aa  132  2.0000000000000002e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2354  conjugative relaxase domain protein  26.75 
 
 		 1351 aa  131  3e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_21  protein TraI (DNA helicase I)  31 
 
 		 1936 aa  130  4.0000000000000003e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  26.31 
 
 		 1112 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4481  conjugative relaxase domain-containing protein  33.09 
 
 		 907 aa  117  7.999999999999999e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.569556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1195  conjugative relaxase domain-containing protein  34.25 
 
 		 907 aa  112  2.0000000000000002e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.844088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1944  conjugative relaxase domain-containing protein  28.74 
 
 		 910 aa  108  2e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  25.63 
 
 		 919 aa  102  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  27.12 
 
 		 1093 aa  102  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0651  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  30.62 
 
 		 379 aa  98.6  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  31.82 
 
 		 907 aa  95.5  2e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  28.71 
 
 		 1836 aa  93.6  8e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6333  conjugative relaxase domain protein  23.62 
 
 		 870 aa  91.7  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  29.44 
 
 		 918 aa  91.7  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  36.26 
 
 		 957 aa  81.6  0.00000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  27.44 
 
 		 1797 aa  77.4  0.0000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1790  TrwC relaxase  32.92 
 
 		 322 aa  74.3  0.000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428161  normal  0.65409 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  32.62 
 
 		 1176 aa  72.8  0.00000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  25.43 
 
 		 1967 aa  70.5  0.00000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  27.43 
 
 		 1026 aa  68.9  0.0000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  26.63 
 
 		 1955 aa  68.9  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  27.63 
 
 		 1952 aa  68.6  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  27.71 
 
 		 1523 aa  67  0.0000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  27.71 
 
 		 1523 aa  67  0.0000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  25.5 
 
 		 2090 aa  67  0.0000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  33.15 
 
 		 1231 aa  67  0.0000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3254  exonuclease V subunit alpha  28.51 
 
 		 1529 aa  65.9  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.134298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  25.41 
 
 		 1481 aa  64.3  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  26.82 
 
 		 1175 aa  63.5  0.000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  28.57 
 
 		 944 aa  62  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0059  DNA helicase  29.3 
 
 		 875 aa  62.4  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.186545  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  32.95 
 
 		 1184 aa  62.4  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  33.91 
 
 		 1976 aa  62.4  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  32.37 
 
 		 1980 aa  60.8  0.00000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  32.37 
 
 		 1174 aa  60.8  0.00000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  28 
 
 		 1623 aa  60.8  0.00000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0027  putative protein traI  28.66 
 
 		 612 aa  60.1  0.0000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.483518  n/a   
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  28.47 
 
 		 945 aa  58.9  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  24.89 
 
 		 1549 aa  58.9  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  28.23 
 
 		 946 aa  58.5  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0077  conjugative transfer relaxase protein TraI  23.89 
 
 		 1428 aa  57.4  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.850506 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  27.17 
 
 		 981 aa  56.6  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  28.74 
 
 		 1386 aa  54.3  0.000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0858  TrwC relaxase  30.05 
 
 		 1208 aa  51.6  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1453  TrwC relaxase  29.06 
 
 		 1223 aa  49.7  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2022  TrwC relaxase  30.08 
 
 		 1112 aa  48.9  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1721  exonuclease V subunit alpha  27.9 
 
 		 866 aa  48.9  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3338  hypothetical protein  24.38 
 
 		 1520 aa  47  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.389694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1102  exonuclease V subunit alpha  27.04 
 
 		 872 aa  45.1  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08050  TrwC relaxase  24.76 
 
 		 1160 aa  45.1  0.003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3692  TrwC relaxase  23.89 
 
 		 1068 aa  44.3  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.372056 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0016  TrwC relaxase  28.71 
 
 		 926 aa  43.5  0.01  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>