212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1355 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3338  hypothetical protein  51.81 
 
 		 1520 aa  1107    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.389694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  100 
 
 		 1549 aa  3038    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  29.03 
 
 		 1174 aa  180  2e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  27.6 
 
 		 907 aa  163  3e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  25.98 
 
 		 1623 aa  155  8.999999999999999e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  28.42 
 
 		 1797 aa  152  3e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  27.81 
 
 		 1386 aa  145  7e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  28.23 
 
 		 1175 aa  143  3e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  28.39 
 
 		 1176 aa  142  6e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  26.4 
 
 		 1102 aa  134  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.98 
 
 		 1095 aa  131  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  30.08 
 
 		 1356 aa  126  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.43 
 
 		 1098 aa  126  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  26.41 
 
 		 929 aa  125  8e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  27.06 
 
 		 2090 aa  125  9e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  32.18 
 
 		 1184 aa  124  9.999999999999999e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  28.28 
 
 		 998 aa  124  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  28.74 
 
 		 1025 aa  123  3e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.29 
 
 		 1098 aa  122  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  29.03 
 
 		 1100 aa  120  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  28.67 
 
 		 968 aa  120  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  30.11 
 
 		 1123 aa  120  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  26.4 
 
 		 918 aa  120  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  25.15 
 
 		 1107 aa  119  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  28.86 
 
 		 1100 aa  119  5e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  26.66 
 
 		 1976 aa  117  1.0000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  28.1 
 
 		 976 aa  116  4.0000000000000004e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  28.1 
 
 		 976 aa  116  4.0000000000000004e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  24.1 
 
 		 1093 aa  115  9e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  27 
 
 		 1039 aa  114  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  28.72 
 
 		 1107 aa  114  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  26.27 
 
 		 1523 aa  114  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  27.19 
 
 		 1836 aa  114  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  26.27 
 
 		 1523 aa  114  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  27.74 
 
 		 985 aa  114  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2489  TrwC protein  27.96 
 
 		 936 aa  113  3e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.604785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  27.81 
 
 		 1000 aa  111  9.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  27.81 
 
 		 1000 aa  111  9.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.78 
 
 		 1536 aa  111  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  27.84 
 
 		 998 aa  111  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  25.21 
 
 		 1967 aa  108  6e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  26.56 
 
 		 1102 aa  108  7e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  27.25 
 
 		 1102 aa  108  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  24.79 
 
 		 943 aa  107  2e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  26.8 
 
 		 1034 aa  107  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  25.83 
 
 		 1481 aa  107  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3254  exonuclease V subunit alpha  27.85 
 
 		 1529 aa  106  3e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.134298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.43 
 
 		 1538 aa  106  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  26.67 
 
 		 952 aa  103  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  27.08 
 
 		 1034 aa  104  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1944  conjugative relaxase domain-containing protein  26.63 
 
 		 910 aa  103  3e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2424  exonuclease V subunit alpha  26.71 
 
 		 923 aa  103  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  25.58 
 
 		 1557 aa  102  8e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  25.98 
 
 		 982 aa  102  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  19.88 
 
 		 1112 aa  100  2e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  24.71 
 
 		 1170 aa  100  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  26 
 
 		 952 aa  100  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  23.42 
 
 		 961 aa  99  7e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  28.19 
 
 		 814 aa  97.8  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  29.27 
 
 		 1245 aa  96.7  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  29.65 
 
 		 1980 aa  95.1  9e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  24.32 
 
 		 974 aa  94.7  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  24.4 
 
 		 964 aa  94.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  24.57 
 
 		 1105 aa  93.6  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  26.37 
 
 		 1952 aa  93.6  3e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  26.62 
 
 		 1955 aa  92.8  4e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  26.61 
 
 		 1006 aa  92.4  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  34.76 
 
 		 944 aa  91.7  9e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  33.68 
 
 		 946 aa  86.7  0.000000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6204  conjugative relaxase domain-containing protein  28 
 
 		 1087 aa  86.3  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  25.19 
 
 		 881 aa  85.1  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0650  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.1 
 
 		 1534 aa  84.7  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  33.16 
 
 		 945 aa  83.6  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1469  TrwC relaxase  24.55 
 
 		 1189 aa  83.2  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.137376  normal  0.575201 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  27.88 
 
 		 981 aa  78.6  0.0000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  32.21 
 
 		 957 aa  75.5  0.000000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  24.69 
 
 		 879 aa  74.3  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  23.54 
 
 		 919 aa  74.3  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  31.71 
 
 		 1231 aa  73.6  0.00000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1721  exonuclease V subunit alpha  28.78 
 
 		 866 aa  68.9  0.0000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1619  hypothetical protein  23.67 
 
 		 761 aa  68.6  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00216862  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2354  conjugative relaxase domain protein  23.74 
 
 		 1351 aa  67.4  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2183  TrwC protein  24 
 
 		 542 aa  65.5  0.000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.964158  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3273  RecD/TraA family helicase  27.44 
 
 		 731 aa  65.5  0.000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  28.05 
 
 		 738 aa  64.7  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  24.37 
 
 		 1665 aa  63.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0956  helicase, RecD/TraA family  27.12 
 
 		 786 aa  62.8  0.00000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3541  RecD/TraA family helicase  27.38 
 
 		 731 aa  62.4  0.00000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  28.04 
 
 		 742 aa  62.4  0.00000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2658  Exodeoxyribonuclease V  28.68 
 
 		 659 aa  62  0.00000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0285632  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3227  conjugal transfer protein traA  28.81 
 
 		 267 aa  61.6  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1706  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit  26.9 
 
 		 730 aa  61.6  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.129548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  25.13 
 
 		 738 aa  60.5  0.0000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1757  helicase, RecD/TraA family  27.64 
 
 		 746 aa  61.2  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  28.14 
 
 		 1026 aa  60.8  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6333  conjugative relaxase domain protein  27.34 
 
 		 870 aa  61.2  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2403  helicase, RecD/TraA family  25.6 
 
 		 747 aa  60.1  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934653 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  27.16 
 
 		 1111 aa  59.7  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  27.97 
 
 		 741 aa  59.7  0.0000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_21  protein TraI (DNA helicase I)  23.29 
 
 		 1936 aa  60.1  0.0000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>