201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_1027 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_1027  TrwC protein  100 
 
 		 1035 aa  2123    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.304384 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  31.62 
 
 		 961 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  32.02 
 
 		 964 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2489  TrwC protein  43.02 
 
 		 936 aa  361  4e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.604785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2424  exonuclease V subunit alpha  40.84 
 
 		 923 aa  352  3e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  36.95 
 
 		 929 aa  305  2.0000000000000002e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5159  conjugative relaxase region-like protein  28.12 
 
 		 1014 aa  303  2e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5223  conjugative relaxase region-like protein  27.54 
 
 		 1010 aa  281  3e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3983  hypothetical protein  27.12 
 
 		 1013 aa  266  2e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  31.91 
 
 		 926 aa  228  4e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0039  hypothetical protein  38.1 
 
 		 1955 aa  223  9.999999999999999e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.401794  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  31.85 
 
 		 982 aa  201  7e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  41.11 
 
 		 1486 aa  198  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  33.81 
 
 		 1111 aa  198  4.0000000000000005e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0010  conjugal transfer nickase/helicase TraI  35.14 
 
 		 1756 aa  196  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0549712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2183  TrwC protein  30.71 
 
 		 542 aa  196  2e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.964158  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4309  conjugal transfer nickase/helicase TraI  39.4 
 
 		 1807 aa  189  3e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  30.13 
 
 		 943 aa  180  1e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  29.37 
 
 		 1170 aa  180  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  32.02 
 
 		 1665 aa  175  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6204  conjugative relaxase domain-containing protein  29.26 
 
 		 1087 aa  157  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2354  conjugative relaxase domain protein  31.27 
 
 		 1351 aa  154  8e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4392  conjugative transfer relaxase protein TraI  23.51 
 
 		 1986 aa  152  4e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0651  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  37.5 
 
 		 379 aa  152  5e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4421  conjugative transfer relaxase protein TraI  23.37 
 
 		 1986 aa  152  5e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.478197 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4517  conjugative transfer relaxase protein TraI  23.37 
 
 		 1986 aa  151  8e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4429  conjugative transfer relaxase protein TraI  23.22 
 
 		 1986 aa  149  3e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4614  conjugative transfer relaxase protein TraI  23.22 
 
 		 1986 aa  149  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.441431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4591  conjugative transfer relaxase protein TraI  23.22 
 
 		 1986 aa  148  6e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.836035 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  28.1 
 
 		 1112 aa  146  2e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  28.46 
 
 		 1231 aa  145  4e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_21  protein TraI (DNA helicase I)  28.17 
 
 		 1936 aa  141  6e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  29.62 
 
 		 919 aa  137  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1944  conjugative relaxase domain-containing protein  28.63 
 
 		 910 aa  131  5.0000000000000004e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6333  conjugative relaxase domain protein  28.18 
 
 		 870 aa  127  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0077  conjugative transfer relaxase protein TraI  28.37 
 
 		 1428 aa  123  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.850506 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  25.12 
 
 		 918 aa  120  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1790  TrwC relaxase  33.81 
 
 		 322 aa  110  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428161  normal  0.65409 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  26.76 
 
 		 1174 aa  110  1e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  26.71 
 
 		 907 aa  109  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  25.92 
 
 		 1184 aa  109  3e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4481  conjugative relaxase domain-containing protein  28.85 
 
 		 907 aa  108  8e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.569556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0059  DNA helicase  25.19 
 
 		 875 aa  107  1e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.186545  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  29.14 
 
 		 1176 aa  106  2e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  25.15 
 
 		 1980 aa  105  3e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  31.71 
 
 		 1797 aa  103  2e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  35.21 
 
 		 944 aa  103  2e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0027  putative protein traI  25.33 
 
 		 612 aa  102  5e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.483518  n/a   
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  34.74 
 
 		 945 aa  101  7e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  33.85 
 
 		 946 aa  101  8e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  23.9 
 
 		 1623 aa  98.6  5e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1195  conjugative relaxase domain-containing protein  30.2 
 
 		 907 aa  97.8  8e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.844088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  25 
 
 		 1386 aa  95.9  3e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  30.21 
 
 		 1093 aa  95.5  4e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  28.4 
 
 		 1175 aa  95.9  4e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  26.67 
 
 		 2090 aa  91.3  8e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  24.9 
 
 		 957 aa  91.3  8e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  26.04 
 
 		 1967 aa  90.5  1e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  26.75 
 
 		 1976 aa  89.7  3e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2182  hypothetical protein  27.88 
 
 		 261 aa  87.4  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.241559  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  27.39 
 
 		 1836 aa  84  0.00000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  30.49 
 
 		 1034 aa  78.6  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  30.49 
 
 		 1039 aa  77.4  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  26.43 
 
 		 1952 aa  77.4  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  29.46 
 
 		 981 aa  77  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  29.52 
 
 		 952 aa  73.9  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3254  exonuclease V subunit alpha  24.96 
 
 		 1529 aa  73.6  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.134298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  31.52 
 
 		 976 aa  73.2  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  31.52 
 
 		 976 aa  73.2  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  29.09 
 
 		 998 aa  72.8  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  29.38 
 
 		 974 aa  72.4  0.00000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  30.67 
 
 		 1026 aa  72.4  0.00000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  30.49 
 
 		 985 aa  72  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  24.92 
 
 		 1523 aa  70.5  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.06 
 
 		 1105 aa  70.9  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  24.92 
 
 		 1523 aa  70.5  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  30.98 
 
 		 982 aa  69.7  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  28.76 
 
 		 1102 aa  68.2  0.0000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  26.23 
 
 		 1955 aa  68.2  0.0000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  28.89 
 
 		 968 aa  67.8  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  29.49 
 
 		 1102 aa  67.4  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  28.32 
 
 		 952 aa  67.4  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  28.25 
 
 		 1123 aa  65.9  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.17 
 
 		 1356 aa  66.2  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  29.11 
 
 		 814 aa  65.9  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  28.9 
 
 		 1000 aa  65.1  0.000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  28.9 
 
 		 1000 aa  65.1  0.000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  28.44 
 
 		 998 aa  64.3  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  26.91 
 
 		 1100 aa  64.3  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3692  TrwC relaxase  23.62 
 
 		 1068 aa  63.2  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.372056 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1721  exonuclease V subunit alpha  21.31 
 
 		 866 aa  63.5  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  28.51 
 
 		 1034 aa  62.8  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  26.72 
 
 		 1025 aa  62  0.00000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3227  conjugal transfer protein traA  27.7 
 
 		 267 aa  60.8  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  33.33 
 
 		 881 aa  60.5  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.55 
 
 		 662 aa  60.1  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  40.48 
 
 		 1006 aa  59.7  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  29.41 
 
 		 879 aa  59.3  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  30.72 
 
 		 1536 aa  58.5  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  27.16 
 
 		 1107 aa  57.8  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>