More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0682 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  55.7 
 
 		 1102 aa  1144    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  56.25 
 
 		 1098 aa  1144    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  55.96 
 
 		 1095 aa  1149    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  100 
 
 		 1105 aa  2233    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  55.98 
 
 		 1098 aa  1148    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  35.69 
 
 		 1102 aa  540  9.999999999999999e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  36.73 
 
 		 1107 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  36.21 
 
 		 1100 aa  541  9.999999999999999e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  40.21 
 
 		 1025 aa  537  1e-151  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  35.66 
 
 		 1102 aa  532  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  36.46 
 
 		 1100 aa  523  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  35.68 
 
 		 1123 aa  516  1.0000000000000001e-145  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  40.2 
 
 		 952 aa  515  1e-144  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  36.61 
 
 		 1107 aa  513  1e-144  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  42.3 
 
 		 1245 aa  514  1e-144  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  40.48 
 
 		 974 aa  509  1e-143  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  37.94 
 
 		 952 aa  511  1e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  40.48 
 
 		 1356 aa  503  1e-141  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  40.2 
 
 		 985 aa  492  1e-137  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  40.28 
 
 		 814 aa  489  1e-136  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  38.99 
 
 		 998 aa  485  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  40.51 
 
 		 1536 aa  484  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  38.44 
 
 		 1039 aa  483  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  37.94 
 
 		 968 aa  479  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  36.8 
 
 		 982 aa  477  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  39.72 
 
 		 976 aa  478  1e-133  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  38.83 
 
 		 1034 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  39.72 
 
 		 976 aa  478  1e-133  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  38.86 
 
 		 1000 aa  474  1e-132  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  38.86 
 
 		 1000 aa  474  1e-132  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  38.9 
 
 		 998 aa  475  1e-132  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  39.9 
 
 		 1557 aa  457  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  37.65 
 
 		 1034 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.3 
 
 		 1538 aa  447  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  37.48 
 
 		 1006 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0650  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  38.23 
 
 		 1534 aa  429  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  31.65 
 
 		 881 aa  358  3.9999999999999996e-97  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  31.71 
 
 		 879 aa  353  7e-96  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4244  MobA/MobL protein  28.03 
 
 		 1168 aa  282  2e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.944992  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  34.72 
 
 		 907 aa  265  2e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  36.94 
 
 		 1093 aa  256  1.0000000000000001e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3228  MobA/MobL protein  35.51 
 
 		 447 aa  177  7e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0463  MobA/MobL protein  42.57 
 
 		 467 aa  168  6.9999999999999995e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.121634  normal  0.0604865 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  29.17 
 
 		 918 aa  167  9e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010486  EcSMS35_C0002  MobA/MobL family protein  41.95 
 
 		 719 aa  159  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.29222  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3227  conjugal transfer protein traA  39.41 
 
 		 267 aa  159  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1788  MobA/MobL protein  34.88 
 
 		 544 aa  158  7e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.96066  n/a   
 
 
-
 
NC_008763  Pnap_4998  MobA/MobL protein  40.15 
 
 		 766 aa  157  9e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5348  mobilization protein  39.67 
 
 		 407 aa  151  9e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011734  PCC7424_5620  MobA/MobL protein  37.66 
 
 		 726 aa  146  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011733  PCC7424_5602  hypothetical protein  36.82 
 
 		 730 aa  146  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  33.43 
 
 		 1184 aa  142  3.9999999999999997e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5332  MobA/MobL protein  38.15 
 
 		 498 aa  141  6e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.873373 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  34.33 
 
 		 1174 aa  137  9.999999999999999e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  29.77 
 
 		 1481 aa  130  1.0000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  28.82 
 
 		 926 aa  126  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009473  Acry_3630  MobA/MobL protein  40.29 
 
 		 361 aa  125  3e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0989  MobA/MobL protein  41.42 
 
 		 430 aa  121  7e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  32.88 
 
 		 1836 aa  120  9.999999999999999e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  31.28 
 
 		 981 aa  119  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5162  MobA/MobL protein  36.4 
 
 		 498 aa  119  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  30.93 
 
 		 1523 aa  119  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  30.93 
 
 		 1523 aa  119  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  32.05 
 
 		 727 aa  116  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1747  MobA/MobL protein  33.01 
 
 		 465 aa  112  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  31.13 
 
 		 1797 aa  111  7.000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  31.75 
 
 		 1176 aa  111  9.000000000000001e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  32.88 
 
 		 2090 aa  110  1e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2314  MobA/MobL family protein  33.33 
 
 		 506 aa  110  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127773  hitchhiker  0.00000000000117095 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  30.56 
 
 		 733 aa  110  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D28  hypothetical protein  27.51 
 
 		 673 aa  110  1e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00718795  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  30 
 
 		 1175 aa  110  2e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  27.75 
 
 		 728 aa  108  8e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  30.3 
 
 		 733 aa  107  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0306  AAA ATPase  27.39 
 
 		 710 aa  107  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.933314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5425  MobA/MobL protein  43.28 
 
 		 379 aa  106  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.369959  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  26.94 
 
 		 731 aa  105  4e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  29.15 
 
 		 1623 aa  105  5e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3229  Exodeoxyribonuclease V  28.83 
 
 		 637 aa  104  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0446  RecD/TraA family helicase  25.9 
 
 		 735 aa  103  2e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000295111  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  25.8 
 
 		 740 aa  103  2e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2074  MobA/MobL family  31.88 
 
 		 501 aa  101  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.103874  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  29.75 
 
 		 736 aa  101  9e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  26.47 
 
 		 964 aa  100  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  29.13 
 
 		 961 aa  99.4  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  26.65 
 
 		 943 aa  99.4  4e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  29.26 
 
 		 1980 aa  98.6  5e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0764  helicase, RecD/TraA family  25.87 
 
 		 728 aa  98.2  8e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0607896  normal  0.527893 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1393  RecD/TraA family helicase  28.85 
 
 		 719 aa  97.4  1e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  28.47 
 
 		 1386 aa  96.3  3e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  27.07 
 
 		 1231 aa  96.3  3e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1706  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit  29.79 
 
 		 730 aa  95.9  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.129548  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  29.51 
 
 		 762 aa  95.1  6e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1102  exonuclease V subunit alpha  29.95 
 
 		 872 aa  95.1  6e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0197  helicase, RecD/TraA family  29.06 
 
 		 724 aa  95.1  7e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.959927  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  28.72 
 
 		 735 aa  95.1  7e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2673  RecD/TraA family helicase  28.84 
 
 		 736 aa  94  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2919  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.61 
 
 		 721 aa  94  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  24.57 
 
 		 1549 aa  94.4  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  28.71 
 
 		 1952 aa  93.6  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>