97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3692 on replicon NC_010580
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010580  Bind_3692  TrwC relaxase  100 
 
 		 1068 aa  2152    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.372056 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3542  aldehyde dehydrogenase  38.78 
 
 		 1683 aa  536  1e-150  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311883  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3226  aldehyde dehydrogenase  37.82 
 
 		 1681 aa  512  1e-143  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3587  exonuclease V subunit alpha  37.98 
 
 		 1699 aa  510  1e-143  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  normal  0.246341 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  27.18 
 
 		 918 aa  167  6.9999999999999995e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  23.77 
 
 		 907 aa  112  5e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  25.57 
 
 		 1093 aa  103  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5223  conjugative relaxase region-like protein  24.15 
 
 		 1010 aa  99.4  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  27.21 
 
 		 929 aa  91.7  7e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  24.19 
 
 		 964 aa  89.7  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  25.46 
 
 		 919 aa  87.4  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  25.25 
 
 		 943 aa  84.3  0.00000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  25 
 
 		 974 aa  84.3  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  24.79 
 
 		 1039 aa  83.2  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  26.38 
 
 		 1102 aa  83.2  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6333  conjugative relaxase domain protein  21.99 
 
 		 870 aa  83.2  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  28.43 
 
 		 1034 aa  82.8  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  25.97 
 
 		 1102 aa  82  0.00000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  25.21 
 
 		 976 aa  81.6  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  25.21 
 
 		 976 aa  81.6  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  27.08 
 
 		 1107 aa  80.5  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  25.06 
 
 		 998 aa  81.3  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  26.86 
 
 		 982 aa  79.3  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  25.64 
 
 		 985 aa  78.2  0.0000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  24.74 
 
 		 1536 aa  77.4  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  26.71 
 
 		 1107 aa  77  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  29.02 
 
 		 1111 aa  76.3  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0651  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  29.32 
 
 		 379 aa  76.3  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  26.26 
 
 		 952 aa  74.7  0.000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  25.88 
 
 		 952 aa  73.6  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  25.11 
 
 		 814 aa  72.8  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  25.54 
 
 		 1557 aa  72.8  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  25.95 
 
 		 1797 aa  72.4  0.00000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4244  MobA/MobL protein  25.69 
 
 		 1168 aa  72  0.00000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.944992  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  24.79 
 
 		 1123 aa  70.9  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  25.22 
 
 		 961 aa  69.7  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  25.89 
 
 		 1100 aa  69.3  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  24.81 
 
 		 1000 aa  68.2  0.0000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  24.81 
 
 		 1000 aa  68.2  0.0000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1944  conjugative relaxase domain-containing protein  24.32 
 
 		 910 aa  68.2  0.0000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  24.15 
 
 		 968 aa  67.8  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.89 
 
 		 1098 aa  67.4  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.27 
 
 		 1356 aa  65.9  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.2 
 
 		 1098 aa  65.5  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  23.14 
 
 		 1976 aa  65.1  0.000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5159  conjugative relaxase region-like protein  27.32 
 
 		 1014 aa  65.1  0.000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  27.4 
 
 		 1006 aa  64.3  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4481  conjugative relaxase domain-containing protein  24.08 
 
 		 907 aa  63.9  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.569556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  26.99 
 
 		 1034 aa  63.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  23.64 
 
 		 1665 aa  63.2  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1027  TrwC protein  23.62 
 
 		 1035 aa  63.2  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.304384 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  26.67 
 
 		 998 aa  62.4  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  22.65 
 
 		 1481 aa  61.6  0.00000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  24.41 
 
 		 1100 aa  61.6  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  22.2 
 
 		 881 aa  60.1  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1195  conjugative relaxase domain-containing protein  22.91 
 
 		 907 aa  60.1  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.844088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  24.16 
 
 		 1175 aa  59.3  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.22 
 
 		 1102 aa  59.3  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_009472  Acry_3619  exonuclease V subunit alpha  27.96 
 
 		 1082 aa  59.3  0.0000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  21.14 
 
 		 1170 aa  57.8  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  27.46 
 
 		 957 aa  57  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  23.46 
 
 		 1231 aa  56.2  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0650  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  24.48 
 
 		 1534 aa  56.2  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  24.58 
 
 		 1095 aa  55.8  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1790  TrwC relaxase  29.02 
 
 		 322 aa  55.8  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428161  normal  0.65409 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  23.53 
 
 		 1112 aa  55.5  0.000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  25.62 
 
 		 1486 aa  53.9  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  24.59 
 
 		 1245 aa  54.3  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2424  exonuclease V subunit alpha  26.8 
 
 		 923 aa  54.3  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  23.84 
 
 		 1967 aa  52.4  0.00005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  29.05 
 
 		 1184 aa  49.7  0.0003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  24.54 
 
 		 1955 aa  48.9  0.0005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6204  conjugative relaxase domain-containing protein  27.2 
 
 		 1087 aa  48.9  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  27.3 
 
 		 981 aa  48.5  0.0007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  24.46 
 
 		 1538 aa  48.5  0.0007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  24.5 
 
 		 1952 aa  48.1  0.0008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2489  TrwC protein  24.65 
 
 		 936 aa  48.1  0.0008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.604785  normal  1 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  28.9 
 
 		 1026 aa  48.1  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  28.83 
 
 		 946 aa  47.8  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2354  conjugative relaxase domain protein  26.52 
 
 		 1351 aa  47.8  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  25.47 
 
 		 1386 aa  47.8  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3983  hypothetical protein  28.57 
 
 		 1013 aa  48.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  22.43 
 
 		 879 aa  47.4  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  19.71 
 
 		 982 aa  47  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  28.57 
 
 		 1174 aa  46.2  0.003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4517  conjugative transfer relaxase protein TraI  22.42 
 
 		 1986 aa  46.2  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4421  conjugative transfer relaxase protein TraI  22.42 
 
 		 1986 aa  46.2  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.478197 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4392  conjugative transfer relaxase protein TraI  22.42 
 
 		 1986 aa  46.2  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4614  conjugative transfer relaxase protein TraI  22.42 
 
 		 1986 aa  46.2  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.441431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4591  conjugative transfer relaxase protein TraI  22.42 
 
 		 1986 aa  46.2  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.836035 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4429  conjugative transfer relaxase protein TraI  22.42 
 
 		 1986 aa  46.2  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  28.22 
 
 		 945 aa  45.8  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  23.79 
 
 		 1523 aa  45.8  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  23.79 
 
 		 1523 aa  45.8  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  23.98 
 
 		 1980 aa  45.4  0.006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  23.66 
 
 		 926 aa  45.1  0.007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02880  hypothetical protein  24.35 
 
 		 914 aa  44.7  0.01  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>