275 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_02880 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0763  helicase, putative  51.7 
 
 
907 aa  924    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.81938  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02880  hypothetical protein  100 
 
 
914 aa  1894    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0999  helicase, putative  44.8 
 
 
896 aa  770    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.303006  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0438  helicase, putative  60.31 
 
 
914 aa  1110    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2644  helicase, putative  63.34 
 
 
902 aa  1189    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  24.39 
 
 
744 aa  79.7  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  25.34 
 
 
728 aa  78.6  0.0000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2673  RecD/TraA family helicase  27.23 
 
 
736 aa  77.4  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  26.11 
 
 
731 aa  77.4  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  25.54 
 
 
726 aa  75.1  0.000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  22.7 
 
 
728 aa  75.1  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4969  helicase, putative  47.89 
 
 
73 aa  75.1  0.000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00955104 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2726  helicase, RecD/TraA family  24.95 
 
 
741 aa  74.7  0.000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000501325  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  25.05 
 
 
750 aa  73.6  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1859  hypothetical protein  25.62 
 
 
369 aa  72.8  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  23.74 
 
 
738 aa  71.2  0.00000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1552  helicase RecD/TraA  25.91 
 
 
739 aa  70.5  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.338597  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1281  deoxyribonuclease  25.69 
 
 
369 aa  70.5  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  25.88 
 
 
762 aa  70.9  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  26.67 
 
 
727 aa  70.9  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  26.32 
 
 
744 aa  69.7  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0955  exodeoxyribonuclease V  24.7 
 
 
369 aa  70.1  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.219189 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0255  putative deoxyribonuclease  25.65 
 
 
367 aa  69.7  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.0109793 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  24.76 
 
 
742 aa  69.3  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  24.72 
 
 
555 aa  69.7  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5223  conjugative relaxase region-like protein  25.46 
 
 
1010 aa  68.9  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260004  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  24.3 
 
 
952 aa  68.9  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  23.24 
 
 
728 aa  68.9  0.0000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0998  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  23.04 
 
 
586 aa  68.9  0.0000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.502416 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0770  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  22.6 
 
 
579 aa  68.9  0.0000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0335755  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0648  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  24.88 
 
 
372 aa  68.9  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.58481 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  24.05 
 
 
1034 aa  68.9  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3837  putative deoxyribonuclease  25.67 
 
 
397 aa  68.9  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.738872  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0686  exodeoxyribonuclease V  25.25 
 
 
369 aa  68.6  0.0000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  23.87 
 
 
1034 aa  68.2  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0674  putative deoxyribonuclease  25.74 
 
 
373 aa  68.6  0.0000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.663725 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1425  helicase, RecD/TraA family  25.8 
 
 
737 aa  68.6  0.0000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  25.73 
 
 
740 aa  68.2  0.0000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  23.36 
 
 
976 aa  68.2  0.0000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  23.36 
 
 
976 aa  68.2  0.0000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  23.91 
 
 
968 aa  67.8  0.0000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0818  RecD/TraA family helicase  21.97 
 
 
688 aa  67.4  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.662153  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  24.04 
 
 
998 aa  67.4  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0685  putative deoxyribonuclease  25.5 
 
 
373 aa  67  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  25.24 
 
 
998 aa  67  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1466  exodeoxyribonuclease V  25.75 
 
 
369 aa  66.6  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  25.8 
 
 
733 aa  67  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  23.77 
 
 
1039 aa  67  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  23.74 
 
 
736 aa  66.2  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  23.54 
 
 
1102 aa  66.6  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5462  putative deoxyribonuclease  26.05 
 
 
368 aa  66.6  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0509  helicase, RecD/TraA family  25.61 
 
 
728 aa  67  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.156779  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  23.91 
 
 
985 aa  66.6  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  23.08 
 
 
1102 aa  66.6  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5748  helicase, RecD/TraA family  23.8 
 
 
768 aa  65.9  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1757  helicase, RecD/TraA family  24.44 
 
 
746 aa  65.9  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  23.15 
 
 
982 aa  66.2  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1343  hypothetical protein  23.75 
 
 
373 aa  65.5  0.000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000254854  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  23.57 
 
 
952 aa  65.5  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  22.17 
 
 
727 aa  65.1  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  24.35 
 
 
1006 aa  65.5  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2085  exodeoxyribonuclease V  26.57 
 
 
732 aa  65.1  0.000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1208  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  22.44 
 
 
551 aa  65.1  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  25.8 
 
 
733 aa  65.5  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  22.88 
 
 
738 aa  65.1  0.000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  23.38 
 
 
1123 aa  65.1  0.000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  23.13 
 
 
1536 aa  64.7  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  24.72 
 
 
738 aa  64.3  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1387  hypothetical protein  23.5 
 
 
373 aa  64.3  0.00000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.102316  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  24.22 
 
 
736 aa  63.9  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  24.73 
 
 
1000 aa  64.3  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  24.73 
 
 
1000 aa  64.3  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0897  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  23.23 
 
 
580 aa  64.3  0.00000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0914  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  23.23 
 
 
580 aa  64.3  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  23.35 
 
 
1100 aa  63.9  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  23.27 
 
 
735 aa  63.9  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2311  helicase, RecD/TraA family  23.67 
 
 
726 aa  63.5  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  23.17 
 
 
1107 aa  63.2  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  24.74 
 
 
1107 aa  63.5  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0594  exodeoxyribonuclease V  24.69 
 
 
369 aa  62.8  0.00000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  22.72 
 
 
1356 aa  62.8  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1808  exodeoxyribonuclease V  23.65 
 
 
373 aa  62.4  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4672  putative deoxyribonuclease  22.94 
 
 
372 aa  62.8  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  22.37 
 
 
1100 aa  62.4  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  24.78 
 
 
1098 aa  62.4  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0246  RecD/TraA family helicase  24.87 
 
 
742 aa  62.4  0.00000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0903  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  22.95 
 
 
580 aa  62  0.00000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0479062 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3273  RecD/TraA family helicase  25 
 
 
731 aa  61.6  0.00000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1491  exonuclease V subunit alpha  23.02 
 
 
375 aa  61.6  0.00000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0527  AAA ATPase  24.82 
 
 
517 aa  61.2  0.00000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.55626  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  26.1 
 
 
733 aa  61.2  0.00000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  25.66 
 
 
754 aa  61.2  0.00000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1416  hypothetical protein  25.19 
 
 
442 aa  61.2  0.00000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0302  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  24.03 
 
 
744 aa  60.5  0.0000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3541  RecD/TraA family helicase  25.22 
 
 
731 aa  60.8  0.0000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0207  AAA ATPase  22.2 
 
 
764 aa  60.5  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.195447 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  23.3 
 
 
742 aa  60.8  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5159  conjugative relaxase region-like protein  30.97 
 
 
1014 aa  60.5  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734563  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  24.56 
 
 
1245 aa  60.1  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2403  helicase, RecD/TraA family  25.35 
 
 
747 aa  60.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934653 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>