113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_3587 on replicon NC_009471
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009467  Acry_3226  aldehyde dehydrogenase  93.75 
 
 
1681 aa  2922    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3542  aldehyde dehydrogenase  92.81 
 
 
1683 aa  2928    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311883  n/a   
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3587  exonuclease V subunit alpha  100 
 
 
1699 aa  3364    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  normal  0.246341 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3692  TrwC relaxase  36.53 
 
 
1068 aa  523  1e-146  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.372056 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  28.17 
 
 
918 aa  175  5e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  30.2 
 
 
1039 aa  129  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  25.34 
 
 
907 aa  129  6e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  31.04 
 
 
1034 aa  127  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  29.18 
 
 
998 aa  119  5e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  29.44 
 
 
985 aa  119  5e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  29.36 
 
 
968 aa  118  7.999999999999999e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  28.83 
 
 
1000 aa  118  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  28.83 
 
 
1000 aa  118  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  28.92 
 
 
976 aa  114  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  28.92 
 
 
976 aa  114  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  29.15 
 
 
952 aa  114  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  28.6 
 
 
952 aa  114  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  29.07 
 
 
982 aa  112  9.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  28.64 
 
 
974 aa  110  2e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  24.22 
 
 
919 aa  110  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  29.88 
 
 
1536 aa  110  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  30.22 
 
 
1034 aa  107  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  29.02 
 
 
814 aa  107  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  31.05 
 
 
1006 aa  104  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  26.73 
 
 
929 aa  103  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  28.66 
 
 
1836 aa  103  3e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  24.73 
 
 
1175 aa  102  7e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  27.88 
 
 
1102 aa  100  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  29.08 
 
 
998 aa  100  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  27.88 
 
 
1102 aa  98.6  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  26.34 
 
 
1976 aa  97.4  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.35 
 
 
1098 aa  94.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  26.22 
 
 
1797 aa  94  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  23.29 
 
 
957 aa  94.4  2e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.1 
 
 
1102 aa  94  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  27.19 
 
 
1107 aa  93.6  3e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.17 
 
 
1095 aa  93.2  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.44 
 
 
1098 aa  91.3  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  27.39 
 
 
1093 aa  89.7  5e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  23.54 
 
 
961 aa  89.4  6e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  27.62 
 
 
1557 aa  87.4  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  28.25 
 
 
1123 aa  87.8  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  26.33 
 
 
1107 aa  87.8  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1944  conjugative relaxase domain-containing protein  24.93 
 
 
910 aa  86.7  0.000000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  27.65 
 
 
1184 aa  86.7  0.000000000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  24.48 
 
 
1665 aa  86.3  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  26.87 
 
 
1100 aa  86.3  0.000000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  23.86 
 
 
964 aa  86.3  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6333  conjugative relaxase domain protein  23.92 
 
 
870 aa  86.3  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0651  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  31.55 
 
 
379 aa  85.1  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  30.6 
 
 
1111 aa  85.1  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.87 
 
 
1538 aa  83.2  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.14 
 
 
1105 aa  80.1  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  27.48 
 
 
1174 aa  80.5  0.0000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.39 
 
 
1245 aa  80.1  0.0000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  29.44 
 
 
981 aa  79.7  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  24.04 
 
 
1356 aa  78.2  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  26.33 
 
 
1100 aa  77.8  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  29.23 
 
 
1025 aa  73.9  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  30.94 
 
 
943 aa  73.2  0.00000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  25.93 
 
 
1481 aa  72.8  0.00000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0650  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  26.57 
 
 
1534 aa  72  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  27.99 
 
 
1486 aa  71.6  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  24.02 
 
 
881 aa  70.9  0.0000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3227  conjugal transfer protein traA  26.62 
 
 
267 aa  66.6  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  26.48 
 
 
982 aa  65.9  0.000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5159  conjugative relaxase region-like protein  28.07 
 
 
1014 aa  64.3  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734563  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  23.95 
 
 
879 aa  62.4  0.00000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4309  conjugal transfer nickase/helicase TraI  24.91 
 
 
1807 aa  60.8  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  25.45 
 
 
1176 aa  60.8  0.0000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4244  MobA/MobL protein  24.25 
 
 
1168 aa  59.3  0.0000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.944992  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5223  conjugative relaxase region-like protein  27.06 
 
 
1010 aa  58.9  0.0000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260004  normal 
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  27.08 
 
 
944 aa  58.9  0.0000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3229  Exodeoxyribonuclease V  31.97 
 
 
637 aa  58.9  0.0000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115754  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  24.58 
 
 
1967 aa  58.5  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  27.96 
 
 
946 aa  58.5  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  22.52 
 
 
1549 aa  58.5  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  29.27 
 
 
1980 aa  57.8  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3338  hypothetical protein  28.81 
 
 
1520 aa  56.6  0.000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.389694  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2489  TrwC protein  28.67 
 
 
936 aa  56.6  0.000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.604785  normal 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4421  conjugative transfer relaxase protein TraI  25 
 
 
1986 aa  56.2  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.478197 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4591  conjugative transfer relaxase protein TraI  25 
 
 
1986 aa  56.2  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.836035 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4614  conjugative transfer relaxase protein TraI  25 
 
 
1986 aa  56.2  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.441431  normal 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4392  conjugative transfer relaxase protein TraI  25 
 
 
1986 aa  56.2  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  22.71 
 
 
1112 aa  55.8  0.000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  27.42 
 
 
945 aa  55.8  0.000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4429  conjugative transfer relaxase protein TraI  25 
 
 
1986 aa  55.8  0.000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  24.47 
 
 
1623 aa  55.5  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  25.48 
 
 
1026 aa  55.5  0.000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  28.07 
 
 
1170 aa  55.5  0.000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3983  hypothetical protein  26.18 
 
 
1013 aa  54.3  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0039  hypothetical protein  26.07 
 
 
1955 aa  53.9  0.00003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.401794  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1027  TrwC protein  25.07 
 
 
1035 aa  53.9  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.304384 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4517  conjugative transfer relaxase protein TraI  25.1 
 
 
1986 aa  53.1  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1790  TrwC relaxase  26.09 
 
 
322 aa  52.4  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428161  normal  0.65409 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2354  conjugative relaxase domain protein  28.12 
 
 
1351 aa  52.4  0.00008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1469  TrwC relaxase  24.94 
 
 
1189 aa  51.2  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.137376  normal  0.575201 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0306  AAA ATPase  31.45 
 
 
710 aa  50.8  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.933314  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0576  TrwC relaxase  28.64 
 
 
669 aa  50.8  0.0002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.230411  n/a   
 
 
-
 
NC_009472  Acry_3619  exonuclease V subunit alpha  29.86 
 
 
1082 aa  50.4  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>