112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_3226 on replicon NC_009467
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009467  Acry_3226  aldehyde dehydrogenase  100 
 
 		 1681 aa  3329    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3542  aldehyde dehydrogenase  94.77 
 
 		 1683 aa  2997    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311883  n/a   
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3587  exonuclease V subunit alpha  93.75 
 
 		 1699 aa  2853    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  normal  0.246341 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3692  TrwC relaxase  36.99 
 
 		 1068 aa  531  1e-149  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.372056 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  27.95 
 
 		 918 aa  181  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  31.26 
 
 		 1034 aa  134  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  26.09 
 
 		 907 aa  129  6e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  28.62 
 
 		 1039 aa  128  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  29.08 
 
 		 998 aa  126  4e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  29.89 
 
 		 985 aa  124  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  29.28 
 
 		 1000 aa  121  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  29.28 
 
 		 1000 aa  121  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  29.82 
 
 		 976 aa  121  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  29.82 
 
 		 976 aa  121  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  29.69 
 
 		 968 aa  119  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  29.58 
 
 		 982 aa  118  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  28.83 
 
 		 952 aa  118  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  29.6 
 
 		 1536 aa  117  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  28.92 
 
 		 952 aa  113  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  28.38 
 
 		 974 aa  111  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  29.46 
 
 		 814 aa  111  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  30.51 
 
 		 1034 aa  109  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  31.51 
 
 		 1006 aa  107  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  30.54 
 
 		 998 aa  104  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  24.97 
 
 		 1175 aa  103  2e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  26.16 
 
 		 929 aa  102  7e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  27.92 
 
 		 1102 aa  100  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.64 
 
 		 1098 aa  100  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  26.42 
 
 		 1836 aa  99.8  4e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  28.13 
 
 		 1102 aa  98.2  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  27.52 
 
 		 1107 aa  97.1  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.45 
 
 		 1098 aa  95.5  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  23.35 
 
 		 957 aa  95.5  8e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  26.27 
 
 		 1557 aa  94.7  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  26.37 
 
 		 1107 aa  94.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  26.23 
 
 		 1093 aa  93.2  4e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.94 
 
 		 1095 aa  92.4  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.49 
 
 		 1102 aa  91.7  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.3 
 
 		 1538 aa  90.9  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  24.71 
 
 		 1665 aa  89.7  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  28.97 
 
 		 1123 aa  89  8e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  24.36 
 
 		 964 aa  86.3  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  29.97 
 
 		 981 aa  85.1  0.000000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0651  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  31.55 
 
 		 379 aa  84.7  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  24.78 
 
 		 926 aa  85.1  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  26 
 
 		 1100 aa  85.1  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  26.85 
 
 		 1105 aa  85.1  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  30.6 
 
 		 1111 aa  83.6  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  24.18 
 
 		 961 aa  82.8  0.00000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  26.91 
 
 		 1184 aa  82  0.00000000000009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  23.77 
 
 		 1967 aa  81.6  0.0000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  29.15 
 
 		 1025 aa  81.3  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  25.96 
 
 		 1100 aa  80.9  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5223  conjugative relaxase region-like protein  23.16 
 
 		 1010 aa  80.1  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0650  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.25 
 
 		 1534 aa  79.7  0.0000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  26.87 
 
 		 1174 aa  79  0.0000000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.97 
 
 		 1245 aa  79  0.0000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  31.19 
 
 		 1231 aa  77.8  0.000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  24.18 
 
 		 919 aa  76.6  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1944  conjugative relaxase domain-containing protein  25.39 
 
 		 910 aa  76.6  0.000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6333  conjugative relaxase domain protein  23.12 
 
 		 870 aa  76.3  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  24.49 
 
 		 881 aa  75.9  0.000000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  23.65 
 
 		 1356 aa  75.1  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  27.38 
 
 		 1486 aa  73.2  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  30.94 
 
 		 943 aa  72.4  0.00000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2424  exonuclease V subunit alpha  25.34 
 
 		 923 aa  70.9  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3227  conjugal transfer protein traA  26.98 
 
 		 267 aa  70.1  0.0000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  23.52 
 
 		 2090 aa  69.3  0.0000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  25.21 
 
 		 1481 aa  68.6  0.0000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  23.36 
 
 		 879 aa  67.4  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  26.48 
 
 		 982 aa  64.7  0.00000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  27.27 
 
 		 1976 aa  65.1  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  28.72 
 
 		 1176 aa  63.5  0.00000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5159  conjugative relaxase region-like protein  27.49 
 
 		 1014 aa  63.2  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4244  MobA/MobL protein  24 
 
 		 1168 aa  60.8  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.944992  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3229  Exodeoxyribonuclease V  26.88 
 
 		 637 aa  58.9  0.0000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115754  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  25.12 
 
 		 1623 aa  58.9  0.0000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  28.11 
 
 		 946 aa  58.5  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4392  conjugative transfer relaxase protein TraI  20.37 
 
 		 1986 aa  58.2  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1027  TrwC protein  25.61 
 
 		 1035 aa  57.8  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.304384 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4309  conjugal transfer nickase/helicase TraI  24.91 
 
 		 1807 aa  57  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4429  conjugative transfer relaxase protein TraI  20.51 
 
 		 1986 aa  57  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4421  conjugative transfer relaxase protein TraI  20.51 
 
 		 1986 aa  57  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.478197 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  31.2 
 
 		 1797 aa  56.6  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4591  conjugative transfer relaxase protein TraI  20.51 
 
 		 1986 aa  56.2  0.000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.836035 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  22.72 
 
 		 1112 aa  55.8  0.000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  24.14 
 
 		 1026 aa  56.2  0.000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  27.42 
 
 		 945 aa  55.8  0.000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3338  hypothetical protein  28.25 
 
 		 1520 aa  55.1  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.389694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  22.37 
 
 		 1549 aa  55.1  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  28.07 
 
 		 1170 aa  54.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0039  hypothetical protein  26.07 
 
 		 1955 aa  53.9  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.401794  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2489  TrwC protein  29.05 
 
 		 936 aa  53.9  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.604785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4614  conjugative transfer relaxase protein TraI  25 
 
 		 1986 aa  54.3  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.441431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3983  hypothetical protein  26.64 
 
 		 1013 aa  52.8  0.00006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1790  TrwC relaxase  26.09 
 
 		 322 aa  52.8  0.00006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428161  normal  0.65409 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0306  AAA ATPase  31.45 
 
 		 710 aa  51.6  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.933314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009472  Acry_3619  exonuclease V subunit alpha  32.21 
 
 		 1082 aa  51.2  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1195  conjugative relaxase domain-containing protein  32.93 
 
 		 907 aa  50.8  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.844088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4517  conjugative transfer relaxase protein TraI  20 
 
 		 1986 aa  50.8  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>