197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1820 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  100 
 
 		 929 aa  1877    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2489  TrwC protein  40.13 
 
 		 936 aa  523  1e-147  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.604785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2424  exonuclease V subunit alpha  37.75 
 
 		 923 aa  480  1e-134  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  34.96 
 
 		 926 aa  390  1e-107  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  31.61 
 
 		 961 aa  382  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  31.22 
 
 		 964 aa  339  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  31.86 
 
 		 943 aa  332  2e-89  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  28.74 
 
 		 982 aa  317  6e-85  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3983  hypothetical protein  30.52 
 
 		 1013 aa  316  9.999999999999999e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  29.16 
 
 		 1170 aa  315  2.9999999999999996e-84  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1027  TrwC protein  37.31 
 
 		 1035 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.304384 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5159  conjugative relaxase region-like protein  29.49 
 
 		 1014 aa  297  8e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5223  conjugative relaxase region-like protein  29.32 
 
 		 1010 aa  291  6e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  28.83 
 
 		 1665 aa  280  1e-73  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  26.04 
 
 		 1112 aa  265  4e-69  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4392  conjugative transfer relaxase protein TraI  26.66 
 
 		 1986 aa  223  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  34.35 
 
 		 1486 aa  221  5e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4591  conjugative transfer relaxase protein TraI  26.66 
 
 		 1986 aa  217  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.836035 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4429  conjugative transfer relaxase protein TraI  26.66 
 
 		 1986 aa  217  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4421  conjugative transfer relaxase protein TraI  26.66 
 
 		 1986 aa  217  7e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.478197 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0039  hypothetical protein  25.43 
 
 		 1955 aa  215  2.9999999999999995e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.401794  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4614  conjugative transfer relaxase protein TraI  26.3 
 
 		 1986 aa  214  4.9999999999999996e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.441431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4517  conjugative transfer relaxase protein TraI  26.3 
 
 		 1986 aa  214  7e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  26.02 
 
 		 919 aa  212  3e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  27.57 
 
 		 907 aa  206  1e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2183  TrwC protein  33.71 
 
 		 542 aa  206  1e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.964158  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  34.7 
 
 		 1111 aa  204  8e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6333  conjugative relaxase domain protein  24.86 
 
 		 870 aa  201  3.9999999999999996e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1944  conjugative relaxase domain-containing protein  27.36 
 
 		 910 aa  201  7.999999999999999e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0010  conjugal transfer nickase/helicase TraI  32.33 
 
 		 1756 aa  189  3e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0549712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4309  conjugal transfer nickase/helicase TraI  36.63 
 
 		 1807 aa  184  5.0000000000000004e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6204  conjugative relaxase domain-containing protein  31.74 
 
 		 1087 aa  168  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  28.69 
 
 		 1093 aa  162  2e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  28.4 
 
 		 918 aa  162  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4481  conjugative relaxase domain-containing protein  26.96 
 
 		 907 aa  160  1e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.569556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1195  conjugative relaxase domain-containing protein  26.89 
 
 		 907 aa  160  1e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.844088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0059  DNA helicase  26.52 
 
 		 875 aa  159  2e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.186545  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2354  conjugative relaxase domain protein  25.23 
 
 		 1351 aa  155  2e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0651  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  37.67 
 
 		 379 aa  151  4e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_21  protein TraI (DNA helicase I)  24.77 
 
 		 1936 aa  150  9e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  28.82 
 
 		 1174 aa  150  1.0000000000000001e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0027  putative protein traI  26.1 
 
 		 612 aa  144  9.999999999999999e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.483518  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  27.55 
 
 		 1184 aa  142  3.9999999999999997e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0077  conjugative transfer relaxase protein TraI  26.67 
 
 		 1428 aa  140  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.850506 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  31.21 
 
 		 1175 aa  139  2e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  29.54 
 
 		 1797 aa  135  3.9999999999999996e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  27.06 
 
 		 981 aa  128  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  27.92 
 
 		 1107 aa  122  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  28.09 
 
 		 1955 aa  122  3e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3254  exonuclease V subunit alpha  28.32 
 
 		 1529 aa  121  4.9999999999999996e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.134298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  27.84 
 
 		 1523 aa  121  7.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  27.84 
 
 		 1523 aa  121  7.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  28.45 
 
 		 1952 aa  119  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  25.9 
 
 		 1549 aa  117  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  29.09 
 
 		 944 aa  115  3e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  29.33 
 
 		 945 aa  114  7.000000000000001e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  27.19 
 
 		 1123 aa  113  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  27.19 
 
 		 1100 aa  110  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  29.51 
 
 		 998 aa  105  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.59 
 
 		 1356 aa  104  9e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  26.52 
 
 		 957 aa  101  8e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  27.34 
 
 		 1836 aa  100  1e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  26.48 
 
 		 1107 aa  100  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  26.85 
 
 		 1538 aa  100  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.53 
 
 		 1536 aa  99.8  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3542  aldehyde dehydrogenase  25.4 
 
 		 1683 aa  99.8  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311883  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2182  hypothetical protein  32.05 
 
 		 261 aa  99.4  3e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.241559  n/a   
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3587  exonuclease V subunit alpha  26.45 
 
 		 1699 aa  99  4e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  normal  0.246341 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1469  TrwC relaxase  26.29 
 
 		 1189 aa  98.6  5e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.137376  normal  0.575201 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  25.04 
 
 		 1557 aa  98.2  7e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  29.01 
 
 		 1098 aa  97.1  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  27.27 
 
 		 968 aa  96.3  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  26.64 
 
 		 952 aa  95.5  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.45 
 
 		 1098 aa  95.1  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  33.1 
 
 		 946 aa  94.4  8e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  26.98 
 
 		 952 aa  93.2  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3692  TrwC relaxase  27.21 
 
 		 1068 aa  92  4e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.372056 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  27.73 
 
 		 976 aa  92.4  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  27.73 
 
 		 976 aa  92.4  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.88 
 
 		 1095 aa  91.7  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  27.11 
 
 		 1100 aa  91.7  6e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1790  TrwC relaxase  33.06 
 
 		 322 aa  91.3  8e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428161  normal  0.65409 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  28.07 
 
 		 1102 aa  90.5  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  30.52 
 
 		 985 aa  90.5  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  29.14 
 
 		 1102 aa  89.7  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  27.17 
 
 		 1039 aa  89.7  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  30 
 
 		 1176 aa  90.1  2e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  27.79 
 
 		 1102 aa  89.7  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3226  aldehyde dehydrogenase  25.33 
 
 		 1681 aa  89.4  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  33.98 
 
 		 1026 aa  88.2  7e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  28.25 
 
 		 1034 aa  85.9  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  27.01 
 
 		 1481 aa  84.3  0.000000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  27.33 
 
 		 1034 aa  83.6  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  29.18 
 
 		 1000 aa  83.2  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  29.18 
 
 		 1000 aa  83.2  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  26.96 
 
 		 1025 aa  82.4  0.00000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  28.14 
 
 		 982 aa  82.8  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  26.82 
 
 		 1245 aa  81.6  0.00000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5799  mobilization protein TraI-like protein  25.41 
 
 		 370 aa  81.3  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  26.99 
 
 		 974 aa  80.9  0.00000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>