188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_4481 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_4481  conjugative relaxase domain-containing protein  100 
 
 		 907 aa  1821    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.569556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1195  conjugative relaxase domain-containing protein  77.07 
 
 		 907 aa  1392    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.844088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  29.51 
 
 		 919 aa  306  8.000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1944  conjugative relaxase domain-containing protein  31.43 
 
 		 910 aa  288  4e-76  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6333  conjugative relaxase domain protein  27.58 
 
 		 870 aa  280  8e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2489  TrwC protein  28.99 
 
 		 936 aa  202  1.9999999999999998e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.604785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  27.1 
 
 		 1665 aa  197  8.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  25.95 
 
 		 961 aa  177  8e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  25.05 
 
 		 964 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  27.26 
 
 		 929 aa  169  2e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  23.66 
 
 		 1170 aa  168  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3983  hypothetical protein  26.2 
 
 		 1013 aa  161  5e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  27.77 
 
 		 943 aa  147  1e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  21.62 
 
 		 1112 aa  130  8.000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0010  conjugal transfer nickase/helicase TraI  36.57 
 
 		 1756 aa  130  9.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0549712  normal  1 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  24.34 
 
 		 982 aa  130  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2183  TrwC protein  27.88 
 
 		 542 aa  122  3e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.964158  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  33.51 
 
 		 1486 aa  122  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  23.12 
 
 		 907 aa  121  7e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2424  exonuclease V subunit alpha  33.94 
 
 		 923 aa  117  1.0000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1027  TrwC protein  25.33 
 
 		 1035 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.304384 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4309  conjugal transfer nickase/helicase TraI  33.33 
 
 		 1807 aa  110  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5159  conjugative relaxase region-like protein  34.16 
 
 		 1014 aa  107  9e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  37.93 
 
 		 926 aa  106  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  24.93 
 
 		 1093 aa  105  4e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  26.18 
 
 		 1557 aa  105  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4421  conjugative transfer relaxase protein TraI  32.03 
 
 		 1986 aa  103  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.478197 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4392  conjugative transfer relaxase protein TraI  32.03 
 
 		 1986 aa  103  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4429  conjugative transfer relaxase protein TraI  32.03 
 
 		 1986 aa  103  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4591  conjugative transfer relaxase protein TraI  32.03 
 
 		 1986 aa  103  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.836035 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4614  conjugative transfer relaxase protein TraI  32.03 
 
 		 1986 aa  103  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.441431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4517  conjugative transfer relaxase protein TraI  32.03 
 
 		 1986 aa  102  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_21  protein TraI (DNA helicase I)  33.62 
 
 		 1936 aa  102  4e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  30.69 
 
 		 1111 aa  99.8  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  26.66 
 
 		 1175 aa  95.1  6e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  24.51 
 
 		 946 aa  94  1e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  26.07 
 
 		 1536 aa  92.8  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0039  hypothetical protein  33.33 
 
 		 1955 aa  90.5  1e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.401794  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  26.33 
 
 		 1538 aa  89.4  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5223  conjugative relaxase region-like protein  33.07 
 
 		 1010 aa  88.6  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  24.36 
 
 		 945 aa  87.4  0.000000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6204  conjugative relaxase domain-containing protein  33.33 
 
 		 1087 aa  86.3  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  26.96 
 
 		 918 aa  85.9  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  27.3 
 
 		 998 aa  84  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0059  DNA helicase  24.49 
 
 		 875 aa  82.4  0.00000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.186545  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  27.84 
 
 		 976 aa  81.6  0.00000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  27.84 
 
 		 976 aa  81.6  0.00000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  26.51 
 
 		 1356 aa  80.5  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  25.21 
 
 		 1523 aa  80.1  0.0000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  25.21 
 
 		 1523 aa  80.1  0.0000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  25.7 
 
 		 952 aa  79  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  26.92 
 
 		 974 aa  79  0.0000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  24.02 
 
 		 944 aa  79  0.0000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0651  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  33.05 
 
 		 379 aa  78.6  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  24.48 
 
 		 1952 aa  78.6  0.0000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  25 
 
 		 1797 aa  78.6  0.0000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  27.59 
 
 		 952 aa  77.8  0.0000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  27.65 
 
 		 1034 aa  77.8  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0650  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  22.91 
 
 		 1534 aa  76.3  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2354  conjugative relaxase domain protein  27.49 
 
 		 1351 aa  75.9  0.000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  26.21 
 
 		 1174 aa  75.1  0.000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  24.85 
 
 		 985 aa  74.3  0.000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  26.52 
 
 		 1955 aa  73.9  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  26.18 
 
 		 1039 aa  73.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  26.1 
 
 		 982 aa  73.6  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.69 
 
 		 1245 aa  73.6  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0027  putative protein traI  23.73 
 
 		 612 aa  73.6  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.483518  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  23.89 
 
 		 1105 aa  72.8  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  30.48 
 
 		 720 aa  72.4  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  32.27 
 
 		 733 aa  72.4  0.00000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  26.1 
 
 		 968 aa  72.4  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  32.61 
 
 		 998 aa  71.6  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  33.51 
 
 		 1034 aa  71.2  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  30.64 
 
 		 738 aa  71.2  0.00000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  27.65 
 
 		 1836 aa  70.9  0.00000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1790  TrwC relaxase  32.52 
 
 		 322 aa  70.9  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428161  normal  0.65409 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  27.11 
 
 		 736 aa  70.5  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  26.84 
 
 		 1100 aa  70.5  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  26.87 
 
 		 1100 aa  70.1  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  27.4 
 
 		 754 aa  69.7  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  29.39 
 
 		 744 aa  69.7  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  25.35 
 
 		 957 aa  69.3  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  28.99 
 
 		 1386 aa  69.3  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  30.32 
 
 		 750 aa  68.9  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  29.83 
 
 		 1123 aa  68.6  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  22.29 
 
 		 881 aa  68.2  0.0000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4244  MobA/MobL protein  26.61 
 
 		 1168 aa  68.2  0.0000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.944992  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  24.75 
 
 		 1976 aa  67  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0764  helicase, RecD/TraA family  31.11 
 
 		 728 aa  67.8  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0607896  normal  0.527893 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  24.05 
 
 		 879 aa  66.6  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  32.93 
 
 		 1006 aa  66.6  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  24.71 
 
 		 1184 aa  64.7  0.000000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  22.88 
 
 		 1098 aa  64.3  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  26.49 
 
 		 1107 aa  64.3  0.000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1469  TrwC relaxase  24.76 
 
 		 1189 aa  63.9  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.137376  normal  0.575201 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  24.53 
 
 		 1000 aa  63.9  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  24.53 
 
 		 1000 aa  63.9  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3692  TrwC relaxase  24.08 
 
 		 1068 aa  63.5  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.372056 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  26.85 
 
 		 728 aa  63.2  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0818  RecD/TraA family helicase  26.11 
 
 		 688 aa  63.5  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.662153  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>