More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_1580 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  45.51 
 
 		 1955 aa  1022    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  45.43 
 
 		 2090 aa  1026    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  48.58 
 
 		 1836 aa  1367    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  47 
 
 		 1523 aa  948    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  47.83 
 
 		 1967 aa  1135    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  47.23 
 
 		 1980 aa  1141    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  100 
 
 		 1797 aa  3585    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  46.62 
 
 		 1976 aa  1113    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  47 
 
 		 1523 aa  948    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3254  exonuclease V subunit alpha  47.02 
 
 		 1529 aa  922    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.134298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  44.95 
 
 		 1952 aa  1016    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  37.57 
 
 		 1623 aa  582  1e-164  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  38.24 
 
 		 1386 aa  583  1e-164  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  35.26 
 
 		 1174 aa  445  1e-123  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  36.58 
 
 		 1184 aa  441  9.999999999999999e-123  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  36.57 
 
 		 957 aa  442  9.999999999999999e-123  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  34.68 
 
 		 1176 aa  429  1e-118  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  39.85 
 
 		 1175 aa  403  9.999999999999999e-111  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  32.4 
 
 		 1026 aa  363  1e-98  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  37.64 
 
 		 1231 aa  359  2.9999999999999997e-97  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  30.8 
 
 		 945 aa  223  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  36.22 
 
 		 944 aa  169  5e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2356  DNA primase catalytic core-like  41.58 
 
 		 641 aa  163  3e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0899243  normal  0.576485 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  28.42 
 
 		 1549 aa  148  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08050  TrwC relaxase  27.92 
 
 		 1160 aa  137  1.9999999999999998e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3468  DNA primase catalytic core domain protein  40.23 
 
 		 555 aa  135  6e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0196475  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  29.54 
 
 		 929 aa  134  1.0000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2489  TrwC protein  29.69 
 
 		 936 aa  132  7.000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.604785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  30.07 
 
 		 1034 aa  129  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3198  DNA primase  35.22 
 
 		 629 aa  129  5e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0946512  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  30.86 
 
 		 998 aa  129  5e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  30.14 
 
 		 1039 aa  129  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  31.54 
 
 		 982 aa  128  9e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  28.44 
 
 		 974 aa  128  1e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  31.32 
 
 		 998 aa  126  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1589  DNA primase  31.63 
 
 		 633 aa  125  9e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.567407  normal  0.0206676 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1625  DNA primase  36.59 
 
 		 599 aa  124  9.999999999999999e-27  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.947875 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  30.18 
 
 		 1000 aa  124  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  30.18 
 
 		 1000 aa  124  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1910  DNA primase  37.69 
 
 		 587 aa  124  1.9999999999999998e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.351058  normal  0.0156727 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1508  DNA primase, DNAG  36.51 
 
 		 593 aa  123  1.9999999999999998e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.083335  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  31.14 
 
 		 976 aa  123  3e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  31.14 
 
 		 976 aa  123  3e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2944  DNA primase  34.12 
 
 		 591 aa  122  4.9999999999999996e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0197074  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  29.6 
 
 		 985 aa  122  6e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1034  DNA primase  32.57 
 
 		 598 aa  122  7e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2351  DNA primase  31.55 
 
 		 616 aa  120  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  30.32 
 
 		 814 aa  119  3.9999999999999997e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3106  DNA primase  36.46 
 
 		 641 aa  119  5e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1282  DNA primase  33.23 
 
 		 629 aa  119  5e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2128  DNA primase  32.41 
 
 		 624 aa  119  5e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12410  DNA primase  29.22 
 
 		 599 aa  119  5e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.936355  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1727  DNA primase  37.73 
 
 		 611 aa  119  6.9999999999999995e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1721  exonuclease V subunit alpha  32.9 
 
 		 866 aa  119  6.9999999999999995e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0896  DNA primase  29.79 
 
 		 600 aa  118  8.999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04097  DNA primase  35.71 
 
 		 582 aa  118  8.999999999999998e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2022  TrwC relaxase  28.4 
 
 		 1112 aa  118  1.0000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  27.84 
 
 		 1481 aa  118  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0866  DNA primase  32 
 
 		 656 aa  117  2.0000000000000002e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2463  Fis family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 604 aa  117  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0016  TrwC relaxase  36.96 
 
 		 926 aa  116  3e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0806  DNA primase  37.87 
 
 		 655 aa  116  5e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0702707 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  28.1 
 
 		 952 aa  115  6e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1042  DNA primase  34.65 
 
 		 666 aa  115  8.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.118792  normal  0.884554 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7022  DNA primase  35.78 
 
 		 700 aa  114  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.210771  normal  0.1359 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1313  DNA primase  32.23 
 
 		 595 aa  114  2.0000000000000002e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000743307  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1978  DNA primase  29.23 
 
 		 601 aa  114  2.0000000000000002e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0540  DNA primase  27.17 
 
 		 604 aa  114  2.0000000000000002e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00398394  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0623  DNA primase  37.09 
 
 		 605 aa  114  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721035  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0761  DNA primase  31.15 
 
 		 623 aa  114  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  27.42 
 
 		 1102 aa  114  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  27.27 
 
 		 1102 aa  113  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11920  DNA primase  34.73 
 
 		 652 aa  113  4.0000000000000004e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.042879  normal  0.210825 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1102  exonuclease V subunit alpha  32.99 
 
 		 872 aa  113  4.0000000000000004e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09410  DNA primase, catalytic core  32.56 
 
 		 618 aa  112  5e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.967138 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0548  DNA primase  31.71 
 
 		 660 aa  112  6e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00859761  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  28.77 
 
 		 1107 aa  112  6e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  27.63 
 
 		 952 aa  112  8.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1799  DNA primase  33.46 
 
 		 616 aa  112  9.000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1187  DNA primase  32.75 
 
 		 645 aa  111  1e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  30.37 
 
 		 1034 aa  111  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  31.13 
 
 		 1105 aa  111  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1976  DNA primase  36.62 
 
 		 595 aa  111  1e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00122543  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  30.42 
 
 		 1356 aa  110  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  26.25 
 
 		 881 aa  110  2e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1292  DNA primase  36.09 
 
 		 694 aa  110  2e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.320597 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2265  DNA primase  32.17 
 
 		 595 aa  110  2e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0225159  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0323  DNA primase  35.71 
 
 		 579 aa  110  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.119133 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3425  DNA primase  31.8 
 
 		 632 aa  109  4e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.236565 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1236  DNA primase  35.37 
 
 		 584 aa  109  5e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00798045  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1114  DNA primase  32.58 
 
 		 606 aa  109  5e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  0.0000000152449  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2415  DNA primase  29.55 
 
 		 601 aa  108  7e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000695065  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0538  DNA primase  37.97 
 
 		 652 aa  108  7e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1316  DNA primase  32.66 
 
 		 577 aa  107  1e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.241058  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1788  DNA primase  32.73 
 
 		 667 aa  107  2e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0286526  normal  0.367245 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  29.72 
 
 		 968 aa  107  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4640  DNA primase  37.55 
 
 		 651 aa  107  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.625681 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5148  DNA primase  37.71 
 
 		 655 aa  107  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932917 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4814  DNA primase  38.72 
 
 		 660 aa  107  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1136  DNA primase  30.27 
 
 		 544 aa  107  2e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000106361  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>