128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_8975 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  55.16 
 
 		 1623 aa  1129    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  100 
 
 		 1386 aa  2774    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  38.24 
 
 		 1797 aa  586  1e-166  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  37.49 
 
 		 1967 aa  585  1.0000000000000001e-165  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  38.09 
 
 		 1976 aa  583  1.0000000000000001e-165  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  40.33 
 
 		 1836 aa  551  1e-155  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  38.61 
 
 		 1523 aa  545  1e-153  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  38.61 
 
 		 1523 aa  545  1e-153  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  35.04 
 
 		 1174 aa  541  9.999999999999999e-153  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  35.33 
 
 		 1184 aa  537  1e-151  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  36.7 
 
 		 1955 aa  533  1e-150  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  37.58 
 
 		 1952 aa  530  1e-148  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  36.43 
 
 		 2090 aa  525  1e-147  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  34.78 
 
 		 1980 aa  525  1e-147  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3254  exonuclease V subunit alpha  37.18 
 
 		 1529 aa  519  1.0000000000000001e-145  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.134298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  32.46 
 
 		 1176 aa  464  1e-129  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  35.38 
 
 		 1175 aa  461  9.999999999999999e-129  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  35.98 
 
 		 957 aa  444  1e-123  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  35.88 
 
 		 1231 aa  414  1e-114  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  33.24 
 
 		 1026 aa  382  1e-104  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1102  exonuclease V subunit alpha  29.3 
 
 		 872 aa  181  1e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1721  exonuclease V subunit alpha  29.6 
 
 		 866 aa  173  3e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  27.23 
 
 		 946 aa  157  1e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  27.38 
 
 		 1549 aa  150  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08050  TrwC relaxase  28.01 
 
 		 1160 aa  147  1e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2022  TrwC relaxase  29.23 
 
 		 1112 aa  140  1e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0016  TrwC relaxase  28.22 
 
 		 926 aa  140  2e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  27.4 
 
 		 1093 aa  139  5e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0858  TrwC relaxase  29.45 
 
 		 1208 aa  137  1.9999999999999998e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1453  TrwC relaxase  27.28 
 
 		 1223 aa  133  3e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  30.26 
 
 		 1025 aa  126  2e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  25.79 
 
 		 1481 aa  123  3e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  29.88 
 
 		 945 aa  120  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  29.84 
 
 		 944 aa  119  5e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2489  TrwC protein  29.88 
 
 		 936 aa  118  6.9999999999999995e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.604785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  31.04 
 
 		 814 aa  115  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  30.69 
 
 		 1107 aa  111  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  26.84 
 
 		 907 aa  109  4e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  29.1 
 
 		 1107 aa  109  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  28.88 
 
 		 1102 aa  105  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  30.04 
 
 		 1245 aa  105  5e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  28.39 
 
 		 1557 aa  103  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  27.2 
 
 		 964 aa  104  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  30.38 
 
 		 1100 aa  103  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  28.81 
 
 		 952 aa  103  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  29.49 
 
 		 1100 aa  102  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  22.45 
 
 		 1112 aa  101  9e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  29.84 
 
 		 1123 aa  101  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  28.34 
 
 		 1102 aa  100  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  28.99 
 
 		 952 aa  100  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.85 
 
 		 1105 aa  100  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  29.09 
 
 		 1356 aa  99.4  5e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  29.17 
 
 		 1034 aa  98.2  9e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  29.1 
 
 		 1536 aa  96.7  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1027  TrwC protein  25 
 
 		 1035 aa  95.9  4e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.304384 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  28.7 
 
 		 1039 aa  92.8  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  26.4 
 
 		 974 aa  92.8  4e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0651  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  30.29 
 
 		 379 aa  92.8  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0650  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.93 
 
 		 1534 aa  92  7e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  27.54 
 
 		 968 aa  90.9  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  26.77 
 
 		 985 aa  90.9  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  27.72 
 
 		 976 aa  89.7  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  27.72 
 
 		 976 aa  89.7  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  28.76 
 
 		 998 aa  88.2  9e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  25.2 
 
 		 961 aa  88.2  9e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  27.46 
 
 		 998 aa  87.8  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  25.63 
 
 		 982 aa  87.4  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3983  hypothetical protein  25.37 
 
 		 1013 aa  86.7  0.000000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  29.02 
 
 		 1034 aa  85.5  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  27.09 
 
 		 1000 aa  84.7  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  27.09 
 
 		 1000 aa  84.7  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  29.11 
 
 		 1538 aa  84  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  29.03 
 
 		 1006 aa  83.2  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.05 
 
 		 1098 aa  82.8  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.23 
 
 		 1102 aa  81.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  33.78 
 
 		 1111 aa  80.5  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  26.73 
 
 		 1095 aa  80.1  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.23 
 
 		 1098 aa  79.3  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  33.15 
 
 		 918 aa  78.2  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2424  exonuclease V subunit alpha  33.04 
 
 		 923 aa  75.5  0.000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  24.6 
 
 		 881 aa  74.3  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2354  conjugative relaxase domain protein  24.83 
 
 		 1351 aa  73.6  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  32.97 
 
 		 929 aa  72.4  0.00000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4481  conjugative relaxase domain-containing protein  28.74 
 
 		 907 aa  72.4  0.00000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.569556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1195  conjugative relaxase domain-containing protein  24.96 
 
 		 907 aa  71.6  0.00000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.844088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  30.08 
 
 		 726 aa  71.2  0.0000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009472  Acry_3619  exonuclease V subunit alpha  27.84 
 
 		 1082 aa  70.9  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  29.14 
 
 		 1170 aa  70.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  24.6 
 
 		 879 aa  68.9  0.0000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  23.53 
 
 		 982 aa  67  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  30.08 
 
 		 981 aa  66.2  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1790  TrwC relaxase  31.9 
 
 		 322 aa  66.2  0.000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428161  normal  0.65409 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5159  conjugative relaxase region-like protein  33.15 
 
 		 1014 aa  65.1  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  28.35 
 
 		 1486 aa  64.7  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  22.82 
 
 		 1665 aa  64.7  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3338  hypothetical protein  28.14 
 
 		 1520 aa  63.2  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.389694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  22.84 
 
 		 919 aa  62  0.00000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0039  hypothetical protein  38.53 
 
 		 1955 aa  61.2  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.401794  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  32.26 
 
 		 926 aa  60.5  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6333  conjugative relaxase domain protein  22.39 
 
 		 870 aa  58.2  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>