260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_1102 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_2022  TrwC relaxase  57.03 
 
 		 1112 aa  876    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1453  TrwC relaxase  57.84 
 
 		 1223 aa  901    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0016  TrwC relaxase  57.88 
 
 		 926 aa  854    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1102  exonuclease V subunit alpha  100 
 
 		 872 aa  1715    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1721  exonuclease V subunit alpha  83.76 
 
 		 866 aa  1410    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0858  TrwC relaxase  58.01 
 
 		 1208 aa  861    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08050  TrwC relaxase  40.91 
 
 		 1160 aa  523  1e-147  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  29.8 
 
 		 1386 aa  181  7e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  29.23 
 
 		 1623 aa  179  3e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  29.2 
 
 		 1174 aa  160  1e-37  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  28.83 
 
 		 1184 aa  157  9e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  30.9 
 
 		 1176 aa  150  1.0000000000000001e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  31.31 
 
 		 1836 aa  146  2e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  27.37 
 
 		 957 aa  140  7.999999999999999e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  29.91 
 
 		 1175 aa  139  2e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  28 
 
 		 1980 aa  139  3.0000000000000003e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  29.72 
 
 		 1231 aa  127  8.000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  33.42 
 
 		 1523 aa  122  3e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  33.42 
 
 		 1523 aa  122  3e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  27.15 
 
 		 1967 aa  120  9.999999999999999e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  27.48 
 
 		 944 aa  120  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  31.28 
 
 		 2090 aa  118  3.9999999999999997e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3254  exonuclease V subunit alpha  27.52 
 
 		 1529 aa  118  5e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.134298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  27.55 
 
 		 945 aa  116  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  27.67 
 
 		 1955 aa  117  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  27.79 
 
 		 1952 aa  116  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  32.99 
 
 		 1797 aa  114  6e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  27.57 
 
 		 881 aa  109  2e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  25.03 
 
 		 1093 aa  108  3e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  27.32 
 
 		 946 aa  105  5e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  30.59 
 
 		 952 aa  104  9e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.67 
 
 		 1356 aa  103  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_009472  Acry_3619  exonuclease V subunit alpha  30.66 
 
 		 1082 aa  102  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  31.74 
 
 		 1102 aa  101  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  26.44 
 
 		 879 aa  100  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  30.96 
 
 		 1105 aa  99.8  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  29.44 
 
 		 952 aa  100  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  33.69 
 
 		 814 aa  97.8  8e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  30.29 
 
 		 1095 aa  96.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  31.54 
 
 		 1245 aa  96.3  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  30.23 
 
 		 1098 aa  95.5  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  29.81 
 
 		 976 aa  94.7  6e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  28.19 
 
 		 974 aa  94.7  6e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  29.81 
 
 		 976 aa  94.7  6e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  30.23 
 
 		 1098 aa  94.7  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  31.6 
 
 		 1536 aa  94.4  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  21.26 
 
 		 1112 aa  92.4  3e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0650  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  29.02 
 
 		 1534 aa  92.4  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  29.74 
 
 		 1100 aa  91.7  5e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  31.59 
 
 		 1039 aa  91.7  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  27.94 
 
 		 985 aa  90.5  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  30.5 
 
 		 1034 aa  89  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  28.53 
 
 		 1123 aa  89  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  28.84 
 
 		 1107 aa  89.4  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  29.67 
 
 		 1557 aa  89  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  28.47 
 
 		 998 aa  89.4  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  27.54 
 
 		 1100 aa  89  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  28.37 
 
 		 1000 aa  88.2  7e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  28.37 
 
 		 1000 aa  88.2  7e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  30.95 
 
 		 1025 aa  87.8  7e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  26.58 
 
 		 1107 aa  87.8  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  31.36 
 
 		 1538 aa  87.8  8e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  26.26 
 
 		 1102 aa  86.7  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  25.72 
 
 		 907 aa  85.9  0.000000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  27.73 
 
 		 918 aa  85.1  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  27.14 
 
 		 982 aa  84.7  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  26.3 
 
 		 964 aa  83.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  25.33 
 
 		 1026 aa  83.6  0.00000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  29.47 
 
 		 733 aa  83.2  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  29.3 
 
 		 968 aa  82.4  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  26.42 
 
 		 1102 aa  82.8  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  30.38 
 
 		 1034 aa  81.3  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  28.72 
 
 		 727 aa  80.1  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  26.62 
 
 		 926 aa  79.3  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  29.9 
 
 		 998 aa  79  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf852  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  20.45 
 
 		 732 aa  77.8  0.0000000000009  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  28.65 
 
 		 733 aa  77.8  0.0000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  29.24 
 
 		 1006 aa  77.8  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4244  MobA/MobL protein  26.16 
 
 		 1168 aa  77.8  0.0000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.944992  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  27 
 
 		 744 aa  77.4  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  28.87 
 
 		 728 aa  76.3  0.000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0089  exonuclease V subunit alpha  30.54 
 
 		 813 aa  75.5  0.000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.930068  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0696  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  27.04 
 
 		 795 aa  75.5  0.000000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2403  helicase, RecD/TraA family  25.77 
 
 		 747 aa  75.1  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934653 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  28.47 
 
 		 711 aa  74.7  0.000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0764  helicase, RecD/TraA family  24.85 
 
 		 728 aa  72.4  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0607896  normal  0.527893 
 
 
-
 
NC_002620  TC0302  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  24.18 
 
 		 744 aa  72  0.00000000004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  25.31 
 
 		 728 aa  70.1  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5748  helicase, RecD/TraA family  32.45 
 
 		 768 aa  69.3  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3839  helicase, RecD/TraA family  28.21 
 
 		 750 aa  68.6  0.0000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0839164  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0207  AAA ATPase  24.21 
 
 		 764 aa  68.6  0.0000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.195447 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2311  helicase, RecD/TraA family  25.38 
 
 		 726 aa  68.6  0.0000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1405  Exodeoxyribonuclease V  32.37 
 
 		 1214 aa  67.8  0.0000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0213  helicase, RecD/TraA family  25.92 
 
 		 740 aa  67  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.629499  normal  0.0445082 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3273  RecD/TraA family helicase  30.71 
 
 		 731 aa  66.6  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  33.33 
 
 		 733 aa  66.6  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3653  helicase-related protein  26.17 
 
 		 738 aa  66.6  0.000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  30.89 
 
 		 754 aa  66.2  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  29.67 
 
 		 735 aa  66.6  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3541  RecD/TraA family helicase  36.81 
 
 		 731 aa  65.9  0.000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>