185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_1453 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_1102  exonuclease V subunit alpha  57.84 
 
 		 872 aa  916    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1721  exonuclease V subunit alpha  56.65 
 
 		 866 aa  901    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0858  TrwC relaxase  78.72 
 
 		 1208 aa  1705    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1453  TrwC relaxase  100 
 
 		 1223 aa  2349    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2022  TrwC relaxase  70.75 
 
 		 1112 aa  1264    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0016  TrwC relaxase  71.27 
 
 		 926 aa  1127    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08050  TrwC relaxase  42.98 
 
 		 1160 aa  579  1.0000000000000001e-163  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  29.67 
 
 		 1174 aa  170  2e-40  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  27.59 
 
 		 1623 aa  154  7e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  27.57 
 
 		 1184 aa  147  1e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  27.28 
 
 		 1386 aa  139  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  29.36 
 
 		 1175 aa  139  3.0000000000000003e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  29.31 
 
 		 1231 aa  131  8.000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  27.55 
 
 		 957 aa  128  6e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  29.5 
 
 		 1836 aa  127  1e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  25.36 
 
 		 1093 aa  126  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  27.39 
 
 		 1980 aa  126  3e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3254  exonuclease V subunit alpha  28.17 
 
 		 1529 aa  119  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.134298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  27.6 
 
 		 1176 aa  115  4.0000000000000004e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  27.21 
 
 		 1523 aa  105  6e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  27.21 
 
 		 1523 aa  105  6e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  26.7 
 
 		 1955 aa  98.6  7e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  30.34 
 
 		 2090 aa  92.8  4e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  30.56 
 
 		 1797 aa  92  6e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.05 
 
 		 1102 aa  90.5  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  29.23 
 
 		 727 aa  88.6  6e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  26.45 
 
 		 1952 aa  88.2  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.67 
 
 		 1098 aa  87.8  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  26.33 
 
 		 1967 aa  87.4  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.55 
 
 		 1098 aa  86.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  27.94 
 
 		 981 aa  84.7  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.02 
 
 		 1095 aa  84  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009472  Acry_3619  exonuclease V subunit alpha  28.03 
 
 		 1082 aa  83.6  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  25.54 
 
 		 998 aa  82.8  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  28.87 
 
 		 733 aa  83.2  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  26.79 
 
 		 1976 aa  82  0.00000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  27.56 
 
 		 1025 aa  82  0.00000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  28.47 
 
 		 733 aa  80.1  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  28.8 
 
 		 945 aa  79.7  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  26.54 
 
 		 814 aa  79  0.0000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  26.65 
 
 		 1034 aa  77.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  27.48 
 
 		 918 aa  77.8  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  25.17 
 
 		 1039 aa  77  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  27.87 
 
 		 946 aa  77.4  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  26.54 
 
 		 1107 aa  76.3  0.000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  26.32 
 
 		 952 aa  76.6  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  24.18 
 
 		 974 aa  76.3  0.000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  29.02 
 
 		 944 aa  76.3  0.000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  23.64 
 
 		 1356 aa  75.1  0.000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  26.1 
 
 		 1245 aa  74.7  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  25.73 
 
 		 976 aa  73.2  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  25.73 
 
 		 976 aa  73.2  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  24.89 
 
 		 968 aa  72.8  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  26.29 
 
 		 1538 aa  72.8  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.2 
 
 		 1536 aa  72  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  25.89 
 
 		 952 aa  72  0.00000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.01 
 
 		 1105 aa  72  0.00000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  25.78 
 
 		 998 aa  71.6  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  24.63 
 
 		 985 aa  71.2  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  30.45 
 
 		 1026 aa  71.2  0.0000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  25.61 
 
 		 1102 aa  70.5  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  25.11 
 
 		 1034 aa  69.7  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  19.33 
 
 		 1112 aa  69.3  0.0000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  22.99 
 
 		 1000 aa  69.3  0.0000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  22.99 
 
 		 1000 aa  69.3  0.0000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  27.08 
 
 		 1100 aa  68.9  0.0000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  26.37 
 
 		 1123 aa  68.2  0.0000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  25.41 
 
 		 1102 aa  68.2  0.0000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  27.48 
 
 		 750 aa  68.2  0.0000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1922  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  24.67 
 
 		 698 aa  66.6  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0245308  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  26.33 
 
 		 744 aa  66.6  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3789  hypothetical protein  24.62 
 
 		 698 aa  66.2  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0516841  normal  0.691917 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0089  exonuclease V subunit alpha  29.33 
 
 		 813 aa  65.5  0.000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.930068  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  26.71 
 
 		 1100 aa  65.1  0.000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  31.21 
 
 		 720 aa  64.3  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  23.64 
 
 		 907 aa  63.5  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  24.23 
 
 		 961 aa  63.9  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  25.44 
 
 		 964 aa  63.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  24.26 
 
 		 1557 aa  62.8  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  21.23 
 
 		 881 aa  62.4  0.00000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1405  Exodeoxyribonuclease V  32.1 
 
 		 1214 aa  61.6  0.00000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  24.07 
 
 		 1107 aa  61.6  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  22.01 
 
 		 879 aa  61.2  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0650  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  23.83 
 
 		 1534 aa  60.5  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  32.93 
 
 		 1006 aa  59.3  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  32 
 
 		 733 aa  59.3  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  24.82 
 
 		 727 aa  58.9  0.0000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  36 
 
 		 762 aa  58.9  0.0000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  29.95 
 
 		 1170 aa  58.5  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  31.71 
 
 		 982 aa  58.5  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0696  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  24.09 
 
 		 795 aa  57.4  0.000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0213  helicase, RecD/TraA family  26.4 
 
 		 740 aa  58.2  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.629499  normal  0.0445082 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0509  helicase, RecD/TraA family  25.05 
 
 		 728 aa  57.4  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.156779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3541  RecD/TraA family helicase  33.33 
 
 		 731 aa  57.4  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3273  RecD/TraA family helicase  32.74 
 
 		 731 aa  55.8  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  25.37 
 
 		 728 aa  55.1  0.000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  29.01 
 
 		 982 aa  54.3  0.00001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0232  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  28.1 
 
 		 475 aa  54.3  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.14834  normal  0.233843 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  27.59 
 
 		 711 aa  54.3  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  29.44 
 
 		 740 aa  53.9  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>