140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_2022 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_0858  TrwC relaxase  71.5 
 
 		 1208 aa  1241    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1453  TrwC relaxase  70.65 
 
 		 1223 aa  1253    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0016  TrwC relaxase  72.78 
 
 		 926 aa  1148    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1102  exonuclease V subunit alpha  57.03 
 
 		 872 aa  891    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1721  exonuclease V subunit alpha  57.27 
 
 		 866 aa  908    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2022  TrwC relaxase  100 
 
 		 1112 aa  2142    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08050  TrwC relaxase  41.5 
 
 		 1160 aa  543  1e-153  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  29.86 
 
 		 1174 aa  171  7e-41  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  29.47 
 
 		 1175 aa  150  2.0000000000000003e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  27.52 
 
 		 1623 aa  147  9e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  29.23 
 
 		 1386 aa  147  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3254  exonuclease V subunit alpha  29.21 
 
 		 1529 aa  135  5e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.134298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  28.43 
 
 		 1980 aa  132  5.0000000000000004e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  28.53 
 
 		 957 aa  132  5.0000000000000004e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  28.87 
 
 		 1231 aa  129  2.0000000000000002e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  27.83 
 
 		 1176 aa  127  8.000000000000001e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  28.78 
 
 		 1523 aa  125  3e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  28.78 
 
 		 1523 aa  125  3e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  29.68 
 
 		 1836 aa  125  4e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  28.4 
 
 		 1797 aa  125  4e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  31.31 
 
 		 1184 aa  123  1.9999999999999998e-26  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  27.62 
 
 		 1955 aa  121  7.999999999999999e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  26.19 
 
 		 1093 aa  119  3.9999999999999997e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  27.04 
 
 		 1952 aa  111  8.000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  29.42 
 
 		 918 aa  108  6e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  26.93 
 
 		 1967 aa  102  3e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  27.76 
 
 		 2090 aa  101  8e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  26.39 
 
 		 1976 aa  100  2e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  25.88 
 
 		 974 aa  85.5  0.000000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.27 
 
 		 1098 aa  85.1  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  25.33 
 
 		 946 aa  85.1  0.000000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  26.12 
 
 		 998 aa  84.7  0.000000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  26.73 
 
 		 952 aa  83.2  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  29.21 
 
 		 1102 aa  82.8  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  26.97 
 
 		 952 aa  82.4  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  31.27 
 
 		 1026 aa  81.3  0.0000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.4 
 
 		 1095 aa  79.7  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  25.45 
 
 		 968 aa  79  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.34 
 
 		 1098 aa  79  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009472  Acry_3619  exonuclease V subunit alpha  26.7 
 
 		 1082 aa  78.6  0.0000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  27.22 
 
 		 976 aa  78.6  0.0000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  25.47 
 
 		 985 aa  78.6  0.0000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  27.22 
 
 		 976 aa  78.6  0.0000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  26 
 
 		 1102 aa  78.2  0.0000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  26.61 
 
 		 1000 aa  77.8  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  26.61 
 
 		 1000 aa  77.8  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  29.69 
 
 		 944 aa  77  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  30.68 
 
 		 945 aa  77  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  28.13 
 
 		 1107 aa  75.9  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  26 
 
 		 1102 aa  75.1  0.000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  25.95 
 
 		 1034 aa  74.7  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  27.6 
 
 		 814 aa  74.3  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.63 
 
 		 1245 aa  73.9  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  24.62 
 
 		 1356 aa  73.2  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  23.81 
 
 		 1536 aa  72.4  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  24.02 
 
 		 1039 aa  72.4  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  27.68 
 
 		 727 aa  71.6  0.00000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  24.71 
 
 		 1100 aa  70.9  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  24.86 
 
 		 1123 aa  70.5  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5223  conjugative relaxase region-like protein  24.82 
 
 		 1010 aa  69.3  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  25.46 
 
 		 982 aa  68.6  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  25.19 
 
 		 1100 aa  67  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  25.56 
 
 		 881 aa  66.2  0.000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5159  conjugative relaxase region-like protein  26.33 
 
 		 1014 aa  66.6  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  26.65 
 
 		 744 aa  66.2  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  26.1 
 
 		 733 aa  65.5  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0089  exonuclease V subunit alpha  23.72 
 
 		 813 aa  65.9  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.930068  n/a   
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  27.95 
 
 		 1025 aa  65.9  0.000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  26.1 
 
 		 733 aa  65.5  0.000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.33 
 
 		 1538 aa  65.1  0.000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.61 
 
 		 1105 aa  65.1  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  25 
 
 		 1107 aa  63.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1944  conjugative relaxase domain-containing protein  25.17 
 
 		 910 aa  63.5  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  23.77 
 
 		 907 aa  62.4  0.00000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  25.81 
 
 		 998 aa  62  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6333  conjugative relaxase domain protein  24.28 
 
 		 870 aa  62.4  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl322  exodeoxyribonuclease V  24.91 
 
 		 743 aa  62  0.00000006  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000862926  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  24.29 
 
 		 879 aa  62  0.00000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3273  RecD/TraA family helicase  26.22 
 
 		 731 aa  62  0.00000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  29.02 
 
 		 981 aa  61.6  0.00000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  18.73 
 
 		 1112 aa  60.5  0.0000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  24.88 
 
 		 733 aa  59.7  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  25 
 
 		 1034 aa  58.9  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3541  RecD/TraA family helicase  27.12 
 
 		 731 aa  58.9  0.0000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  25.87 
 
 		 1006 aa  58.5  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1027  TrwC protein  23.21 
 
 		 1035 aa  57.8  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.304384 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  29.06 
 
 		 1111 aa  57.4  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0650  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.05 
 
 		 1534 aa  57.4  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  27.15 
 
 		 1549 aa  57  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2424  exonuclease V subunit alpha  25.82 
 
 		 923 aa  56.2  0.000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  26.65 
 
 		 728 aa  56.2  0.000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  28.93 
 
 		 1170 aa  56.2  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  31.84 
 
 		 750 aa  54.3  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  23.75 
 
 		 929 aa  53.5  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  28.71 
 
 		 735 aa  53.1  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2183  TrwC protein  27.5 
 
 		 542 aa  53.1  0.00003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.964158  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  31.33 
 
 		 919 aa  53.1  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  23.62 
 
 		 1557 aa  52.4  0.00005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0770  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.46 
 
 		 579 aa  51.6  0.00009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0335755  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2489  TrwC protein  27.01 
 
 		 936 aa  51.2  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.604785  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>