189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_0016 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_1453  TrwC relaxase  71.27 
 
 		 1223 aa  1163    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0858  TrwC relaxase  70.53 
 
 		 1208 aa  1111    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1102  exonuclease V subunit alpha  56.89 
 
 		 872 aa  898    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1721  exonuclease V subunit alpha  57.67 
 
 		 866 aa  900    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2022  TrwC relaxase  72.11 
 
 		 1112 aa  1186    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0016  TrwC relaxase  100 
 
 		 926 aa  1790    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08050  TrwC relaxase  41.38 
 
 		 1160 aa  552  1e-155  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  31.28 
 
 		 1174 aa  184  9.000000000000001e-45  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  28.37 
 
 		 1623 aa  164  1e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  31.45 
 
 		 1836 aa  162  3e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  29.87 
 
 		 1175 aa  162  3e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  28.99 
 
 		 1386 aa  161  6e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3254  exonuclease V subunit alpha  31.03 
 
 		 1529 aa  159  3e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.134298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  30.09 
 
 		 1523 aa  153  1e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  30.09 
 
 		 1523 aa  153  1e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  27.78 
 
 		 1980 aa  149  3e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  29.15 
 
 		 1955 aa  147  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  29.1 
 
 		 1952 aa  141  6e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  32.84 
 
 		 1184 aa  140  2e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  26.65 
 
 		 1093 aa  138  4e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  32.85 
 
 		 2090 aa  132  2.0000000000000002e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  28.91 
 
 		 1231 aa  126  1e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  32.4 
 
 		 1797 aa  118  3.9999999999999997e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  27.97 
 
 		 1176 aa  118  5e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  27.13 
 
 		 1976 aa  113  2.0000000000000002e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  27.47 
 
 		 1967 aa  111  8.000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  26.37 
 
 		 957 aa  110  1e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  27.39 
 
 		 945 aa  107  8e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  33.99 
 
 		 1026 aa  97.8  9e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.71 
 
 		 1095 aa  95.9  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  27.33 
 
 		 944 aa  94  1e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  30.82 
 
 		 1102 aa  94.4  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  30.07 
 
 		 814 aa  93.6  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009472  Acry_3619  exonuclease V subunit alpha  25.51 
 
 		 1082 aa  92  5e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.24 
 
 		 1098 aa  88.6  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.63 
 
 		 1536 aa  87.8  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.21 
 
 		 1098 aa  87  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  27.72 
 
 		 976 aa  87.4  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  27.72 
 
 		 976 aa  87.4  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  27.87 
 
 		 952 aa  87  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  26.93 
 
 		 998 aa  86.3  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  27.92 
 
 		 946 aa  86.7  0.000000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.38 
 
 		 1105 aa  86.3  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.81 
 
 		 1245 aa  85.5  0.000000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  26.42 
 
 		 985 aa  85.5  0.000000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  28.78 
 
 		 918 aa  85.1  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  28.3 
 
 		 952 aa  84.3  0.000000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  27.5 
 
 		 982 aa  83.2  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  29.52 
 
 		 1025 aa  82  0.00000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  28.19 
 
 		 1107 aa  82  0.00000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  28.02 
 
 		 968 aa  81.3  0.00000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  26.86 
 
 		 1000 aa  80.9  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  26.86 
 
 		 1000 aa  80.9  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  27.71 
 
 		 1034 aa  80.5  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.27 
 
 		 1538 aa  78.2  0.0000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  27.89 
 
 		 1039 aa  78.2  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  24.11 
 
 		 879 aa  77.8  0.0000000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  28.13 
 
 		 1102 aa  77.8  0.0000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  27.42 
 
 		 1034 aa  77  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  26.41 
 
 		 1100 aa  77  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  26.93 
 
 		 1107 aa  76.6  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  28.02 
 
 		 998 aa  75.9  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  24.5 
 
 		 974 aa  76.3  0.000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  27.69 
 
 		 1102 aa  75.9  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  19.65 
 
 		 1112 aa  75.5  0.000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.24 
 
 		 1356 aa  75.5  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  24.46 
 
 		 881 aa  74.7  0.000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0213  helicase, RecD/TraA family  27.71 
 
 		 740 aa  73.6  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.629499  normal  0.0445082 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  27.48 
 
 		 1006 aa  73.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  26.65 
 
 		 728 aa  73.2  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  26.05 
 
 		 1100 aa  73.2  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  26.97 
 
 		 1123 aa  72  0.00000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  28.48 
 
 		 981 aa  71.2  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  24.03 
 
 		 1557 aa  71.2  0.00000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl322  exodeoxyribonuclease V  21.95 
 
 		 743 aa  69.3  0.0000000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000862926  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4244  MobA/MobL protein  24.95 
 
 		 1168 aa  69.7  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.944992  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0906  ATP-dependent DNA helicase RecD/TraA  25.48 
 
 		 740 aa  68.9  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.618422  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1027  TrwC protein  22.7 
 
 		 1035 aa  68.9  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.304384 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  24.21 
 
 		 907 aa  67.4  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  24.89 
 
 		 738 aa  67  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  26.03 
 
 		 919 aa  65.9  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5159  conjugative relaxase region-like protein  27.78 
 
 		 1014 aa  65.9  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  25.77 
 
 		 733 aa  65.9  0.000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  25.77 
 
 		 733 aa  65.5  0.000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  25.53 
 
 		 728 aa  64.7  0.000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5223  conjugative relaxase region-like protein  27.75 
 
 		 1010 aa  64.7  0.000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2919  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.62 
 
 		 721 aa  63.5  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0302  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  22.08 
 
 		 744 aa  62.4  0.00000004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0593  AAA ATPase  28.31 
 
 		 717 aa  61.2  0.00000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0562  AAA ATPase  28.31 
 
 		 717 aa  61.2  0.00000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0587  AAA ATPase  28.31 
 
 		 717 aa  61.2  0.00000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  25.17 
 
 		 727 aa  60.5  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0696  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  23.66 
 
 		 795 aa  60.1  0.0000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  24.06 
 
 		 728 aa  60.5  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1922  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  24.39 
 
 		 698 aa  59.3  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0245308  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1106  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  24.03 
 
 		 766 aa  58.9  0.0000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.710549  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3789  hypothetical protein  24.39 
 
 		 698 aa  58.9  0.0000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0516841  normal  0.691917 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  23.41 
 
 		 731 aa  58.5  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  35.42 
 
 		 726 aa  58.5  0.0000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0323  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.36 
 
 		 599 aa  58.2  0.0000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>