More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0947 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1425  helicase, RecD/TraA family  63.53 
 
 		 737 aa  962    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  100 
 
 		 740 aa  1508    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2348  RecD/TraA family helicase  48.13 
 
 		 722 aa  646    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  54.47 
 
 		 744 aa  786    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3054  helicase, RecD/TraA family  63.1 
 
 		 726 aa  925    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  54.29 
 
 		 733 aa  781    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  58.51 
 
 		 727 aa  885    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  51.53 
 
 		 735 aa  747    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1462  helicase RecD/TraA  54.43 
 
 		 739 aa  764    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  63.51 
 
 		 738 aa  938    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  58.49 
 
 		 728 aa  863    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2725  helicase RecD/TraA  47.69 
 
 		 731 aa  647    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.115291  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3273  RecD/TraA family helicase  54.08 
 
 		 731 aa  798    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  53.81 
 
 		 738 aa  788    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  51.41 
 
 		 736 aa  735    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  53.59 
 
 		 727 aa  778    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  54.13 
 
 		 750 aa  790    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  55.49 
 
 		 733 aa  807    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3541  RecD/TraA family helicase  54.51 
 
 		 731 aa  804    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1221  helicase, RecD/TraA family  62.52 
 
 		 731 aa  925    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2085  exodeoxyribonuclease V  49.93 
 
 		 732 aa  680    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1909  RecD/TraA family helicase  50.83 
 
 		 732 aa  670    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.564024  unclonable  0.000014529 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  54.15 
 
 		 733 aa  781    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0186  RecD/TraA family helicase  66.34 
 
 		 728 aa  961    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  66.11 
 
 		 728 aa  992    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  68.98 
 
 		 731 aa  1056    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1404  helicase, RecD/TraA family  48.4 
 
 		 728 aa  647    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1393  RecD/TraA family helicase  50.07 
 
 		 719 aa  678    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0764  helicase, RecD/TraA family  63.25 
 
 		 728 aa  901    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0607896  normal  0.527893 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  58.39 
 
 		 728 aa  853    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0244  helicase, RecD/TraA family  64.8 
 
 		 728 aa  952    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  46.38 
 
 		 736 aa  629  1e-179  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2289  helicase, RecD/TraA family  46.99 
 
 		 749 aa  628  1e-178  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00901153  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2089  RecD/TraA family helicase  47.59 
 
 		 742 aa  625  1e-177  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.144952  normal  0.0798211 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  46.36 
 
 		 762 aa  621  1e-176  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3839  helicase, RecD/TraA family  46.13 
 
 		 750 aa  620  1e-176  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0839164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0243  helicase RecD/TraA  43.82 
 
 		 749 aa  616  1e-175  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0357399  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0213  helicase, RecD/TraA family  44.76 
 
 		 740 aa  615  1e-175  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.629499  normal  0.0445082 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1757  helicase, RecD/TraA family  46.6 
 
 		 746 aa  615  1e-175  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3190  RecD/TraA family helicase  44.73 
 
 		 710 aa  613  9.999999999999999e-175  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.56818  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  45.89 
 
 		 741 aa  615  9.999999999999999e-175  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  45.53 
 
 		 744 aa  609  1e-173  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2403  helicase, RecD/TraA family  44.57 
 
 		 747 aa  606  9.999999999999999e-173  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934653 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0446  RecD/TraA family helicase  46.04 
 
 		 735 aa  602  1.0000000000000001e-171  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000295111  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  45.89 
 
 		 742 aa  604  1.0000000000000001e-171  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  45.27 
 
 		 738 aa  602  1.0000000000000001e-171  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  44.93 
 
 		 754 aa  594  1e-168  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5748  helicase, RecD/TraA family  45.38 
 
 		 768 aa  592  1e-168  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  44.24 
 
 		 742 aa  588  1e-166  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1552  helicase RecD/TraA  44.43 
 
 		 739 aa  585  1e-166  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.338597  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  45.83 
 
 		 725 aa  582  1.0000000000000001e-165  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0509  helicase, RecD/TraA family  44.81 
 
 		 728 aa  574  1.0000000000000001e-162  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.156779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0197  helicase, RecD/TraA family  44.03 
 
 		 724 aa  572  1.0000000000000001e-162  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.959927  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2311  helicase, RecD/TraA family  43.33 
 
 		 726 aa  564  1.0000000000000001e-159  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2723  helicase, RecD/TraA family  45.03 
 
 		 724 aa  554  1e-156  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2143  RecD/TraA family helicase  41.45 
 
 		 744 aa  538  9.999999999999999e-153  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2433  RecD/TraA family helicase  41.05 
 
 		 744 aa  537  1e-151  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2249  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  41.58 
 
 		 746 aa  535  1e-150  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000721338  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3613  RecD/TraA family helicase  41.35 
 
 		 719 aa  533  1e-150  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2673  RecD/TraA family helicase  41.97 
 
 		 736 aa  525  1e-147  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0302  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.94 
 
 		 744 aa  500  1e-140  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0246  RecD/TraA family helicase  40.65 
 
 		 742 aa  491  1e-137  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0503  helicase, RecD/TraA family  40.39 
 
 		 715 aa  474  1e-132  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2726  helicase, RecD/TraA family  37.06 
 
 		 741 aa  463  1e-129  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000501325  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0818  RecD/TraA family helicase  38.5 
 
 		 688 aa  457  1e-127  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.662153  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0758  helicase, RecD/TraA family  37.55 
 
 		 719 aa  449  1.0000000000000001e-124  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  37.65 
 
 		 711 aa  434  1e-120  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_718  predicted protein  37.84 
 
 		 772 aa  418  9.999999999999999e-116  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0625209  normal  0.543331 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  37.4 
 
 		 720 aa  401  9.999999999999999e-111  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0089  exonuclease V subunit alpha  32.04 
 
 		 813 aa  390  1e-107  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.930068  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8706  helicase, RecD/TraA family  35.32 
 
 		 740 aa  390  1e-107  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.671857  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4289  helicase  34.3 
 
 		 778 aa  386  1e-106  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4514  putative helicase  34.61 
 
 		 778 aa  387  1e-106  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.837139  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4527  putative helicase  34.17 
 
 		 778 aa  386  1e-106  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0134792  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3106  RecD/TraA family helicase  33.51 
 
 		 772 aa  389  1e-106  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4477  helicase, putative  34.3 
 
 		 778 aa  384  1e-105  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.718062  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4126  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.3 
 
 		 778 aa  385  1e-105  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.396274  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4137  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.17 
 
 		 778 aa  385  1e-105  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0722  putative helicase  34.47 
 
 		 778 aa  385  1e-105  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4622  helicase  34.3 
 
 		 770 aa  386  1e-105  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4474  putative helicase  34.17 
 
 		 778 aa  385  1e-105  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000066137 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2495  helicase, RecD/TraA family  34.27 
 
 		 784 aa  380  1e-104  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3380  RecD/TraA family helicase  34.45 
 
 		 742 aa  380  1e-104  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.586227 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4241  RecD/TraA family helicase  33.64 
 
 		 778 aa  381  1e-104  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0956  helicase, RecD/TraA family  34.21 
 
 		 786 aa  375  1e-102  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1710  RecD/TraA family helicase  34.14 
 
 		 825 aa  350  6e-95  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1676  RecD/TraA family helicase  34.14 
 
 		 825 aa  350  6e-95  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1183  RecD/TraA family helicase  33.29 
 
 		 810 aa  347  6e-94  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0608  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  34.03 
 
 		 825 aa  339  9.999999999999999e-92  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4627  RecD/TraA family helicase  43.07 
 
 		 871 aa  335  1e-90  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0750551  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3789  hypothetical protein  32.66 
 
 		 698 aa  334  4e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0516841  normal  0.691917 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1922  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  32.51 
 
 		 698 aa  331  3e-89  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0245308  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1724  helicase, putative  31.82 
 
 		 806 aa  330  4e-89  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1742  exonuclease V subunit alpha  31.47 
 
 		 834 aa  328  3e-88  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  33.57 
 
 		 726 aa  325  3e-87  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1903  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  31.9 
 
 		 833 aa  323  9.000000000000001e-87  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1186  exonuclease V subunit alpha  30.87 
 
 		 792 aa  321  3e-86  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000641615  normal  0.675634 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0906  ATP-dependent DNA helicase RecD/TraA  30.96 
 
 		 740 aa  318  3e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.618422  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5408  helicase, RecD/TraA family  32.7 
 
 		 741 aa  315  1.9999999999999998e-84  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.68949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0696  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  31.06 
 
 		 795 aa  296  1e-78  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>