More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1221 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  60.87 
 
 
728 aa  890    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  57.28 
 
 
738 aa  832    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3541  RecD/TraA family helicase  57.1 
 
 
731 aa  837    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2348  RecD/TraA family helicase  48.6 
 
 
722 aa  642    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  62.52 
 
 
740 aa  941    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0244  helicase, RecD/TraA family  70.03 
 
 
728 aa  1051    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0764  helicase, RecD/TraA family  63.36 
 
 
728 aa  922    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0607896  normal  0.527893 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  52.89 
 
 
736 aa  741    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3273  RecD/TraA family helicase  56.55 
 
 
731 aa  837    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  63.17 
 
 
727 aa  951    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  52.87 
 
 
735 aa  746    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  61.25 
 
 
728 aa  876    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1462  helicase RecD/TraA  55.49 
 
 
739 aa  782    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  53.63 
 
 
727 aa  770    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  66.9 
 
 
738 aa  976    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1221  helicase, RecD/TraA family  100 
 
 
731 aa  1490    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2725  helicase RecD/TraA  47.07 
 
 
731 aa  637    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.115291  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  55.98 
 
 
750 aa  797    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  54.43 
 
 
733 aa  778    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  57.22 
 
 
733 aa  832    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  56.19 
 
 
744 aa  799    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3054  helicase, RecD/TraA family  97.93 
 
 
726 aa  1419    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2085  exodeoxyribonuclease V  48.48 
 
 
732 aa  657    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1393  RecD/TraA family helicase  48.79 
 
 
719 aa  649    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0186  RecD/TraA family helicase  71.72 
 
 
728 aa  1070    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  75.21 
 
 
728 aa  1128    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  62.98 
 
 
731 aa  965    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1425  helicase, RecD/TraA family  70.97 
 
 
737 aa  1068    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  54.63 
 
 
733 aa  780    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1909  RecD/TraA family helicase  48.89 
 
 
732 aa  632  1e-180  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.564024  unclonable  0.000014529 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3190  RecD/TraA family helicase  47.12 
 
 
710 aa  625  1e-178  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.56818  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1404  helicase, RecD/TraA family  47.83 
 
 
728 aa  620  1e-176  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2089  RecD/TraA family helicase  47.03 
 
 
742 aa  603  1.0000000000000001e-171  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.144952  normal  0.0798211 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  45.58 
 
 
741 aa  600  1e-170  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2403  helicase, RecD/TraA family  44.16 
 
 
747 aa  602  1e-170  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934653 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  46.09 
 
 
736 aa  598  1e-169  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1757  helicase, RecD/TraA family  45.69 
 
 
746 aa  597  1e-169  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3839  helicase, RecD/TraA family  45.84 
 
 
750 aa  598  1e-169  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0839164  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0213  helicase, RecD/TraA family  42.97 
 
 
740 aa  592  1e-168  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.629499  normal  0.0445082 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0243  helicase RecD/TraA  43.91 
 
 
749 aa  593  1e-168  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0357399  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  45.7 
 
 
744 aa  595  1e-168  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2289  helicase, RecD/TraA family  44.23 
 
 
749 aa  593  1e-168  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00901153  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  45.01 
 
 
742 aa  590  1e-167  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  46.44 
 
 
738 aa  592  1e-167  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  45.33 
 
 
762 aa  581  1e-164  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  44.4 
 
 
742 aa  576  1.0000000000000001e-163  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1552  helicase RecD/TraA  45.21 
 
 
739 aa  578  1.0000000000000001e-163  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.338597  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  45.99 
 
 
725 aa  578  1.0000000000000001e-163  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5748  helicase, RecD/TraA family  45.28 
 
 
768 aa  571  1e-161  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2723  helicase, RecD/TraA family  46.25 
 
 
724 aa  563  1.0000000000000001e-159  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  44.03 
 
 
754 aa  563  1.0000000000000001e-159  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2311  helicase, RecD/TraA family  44.14 
 
 
726 aa  559  1e-158  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0446  RecD/TraA family helicase  42.74 
 
 
735 aa  553  1e-156  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000295111  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0197  helicase, RecD/TraA family  43.57 
 
 
724 aa  546  1e-154  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.959927  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2249  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  40.3 
 
 
746 aa  527  1e-148  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000721338  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2433  RecD/TraA family helicase  41.62 
 
 
744 aa  528  1e-148  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2143  RecD/TraA family helicase  41.33 
 
 
744 aa  526  1e-148  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0509  helicase, RecD/TraA family  41.68 
 
 
728 aa  522  1e-147  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.156779  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3613  RecD/TraA family helicase  42.09 
 
 
719 aa  521  1e-146  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2673  RecD/TraA family helicase  41.86 
 
 
736 aa  516  1.0000000000000001e-145  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0302  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.93 
 
 
744 aa  498  1e-139  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0246  RecD/TraA family helicase  39.49 
 
 
742 aa  476  1e-133  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0503  helicase, RecD/TraA family  41.33 
 
 
715 aa  460  9.999999999999999e-129  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0758  helicase, RecD/TraA family  36.95 
 
 
719 aa  447  1.0000000000000001e-124  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0818  RecD/TraA family helicase  39.39 
 
 
688 aa  443  1e-123  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.662153  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2726  helicase, RecD/TraA family  36.61 
 
 
741 aa  440  9.999999999999999e-123  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000501325  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  37.17 
 
 
711 aa  410  1e-113  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  38.14 
 
 
720 aa  412  1e-113  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8706  helicase, RecD/TraA family  37.36 
 
 
740 aa  402  9.999999999999999e-111  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.671857  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0956  helicase, RecD/TraA family  38.51 
 
 
786 aa  397  1e-109  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0089  exonuclease V subunit alpha  33.47 
 
 
813 aa  392  1e-107  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.930068  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2495  helicase, RecD/TraA family  35.38 
 
 
784 aa  386  1e-106  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4241  RecD/TraA family helicase  35.05 
 
 
778 aa  383  1e-105  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4289  helicase  35.55 
 
 
778 aa  381  1e-104  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4126  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.55 
 
 
778 aa  380  1e-104  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.396274  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4137  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.55 
 
 
778 aa  380  1e-104  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4622  helicase  35.55 
 
 
770 aa  380  1e-104  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4474  putative helicase  35.55 
 
 
778 aa  380  1e-104  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000066137 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0722  putative helicase  35.41 
 
 
778 aa  380  1e-104  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3106  RecD/TraA family helicase  35.22 
 
 
772 aa  380  1e-104  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4514  putative helicase  35.41 
 
 
778 aa  380  1e-104  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.837139  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4527  putative helicase  35.41 
 
 
778 aa  379  1e-104  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0134792  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4477  helicase, putative  35.41 
 
 
778 aa  379  1e-103  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.718062  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1183  RecD/TraA family helicase  35.26 
 
 
810 aa  371  1e-101  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_718  predicted protein  35.77 
 
 
772 aa  370  1e-101  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0625209  normal  0.543331 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3380  RecD/TraA family helicase  34.38 
 
 
742 aa  364  3e-99  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.586227 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1742  exonuclease V subunit alpha  34.98 
 
 
834 aa  353  7e-96  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1724  helicase, putative  34.09 
 
 
806 aa  341  4e-92  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1922  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  34.42 
 
 
698 aa  341  4e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0245308  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4627  RecD/TraA family helicase  43.64 
 
 
871 aa  339  9.999999999999999e-92  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0750551  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1710  RecD/TraA family helicase  33.11 
 
 
825 aa  338  1.9999999999999998e-91  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0608  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  33.91 
 
 
825 aa  338  1.9999999999999998e-91  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1676  RecD/TraA family helicase  33.11 
 
 
825 aa  338  1.9999999999999998e-91  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1186  exonuclease V subunit alpha  33.6 
 
 
792 aa  335  2e-90  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000641615  normal  0.675634 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3789  hypothetical protein  34.12 
 
 
698 aa  335  3e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0516841  normal  0.691917 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1903  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  33.69 
 
 
833 aa  328  2.0000000000000001e-88  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0696  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  32.63 
 
 
795 aa  325  2e-87  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  34.34 
 
 
726 aa  323  6e-87  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0906  ATP-dependent DNA helicase RecD/TraA  32.25 
 
 
740 aa  317  5e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.618422  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5408  helicase, RecD/TraA family  31.91 
 
 
741 aa  288  2.9999999999999996e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.68949  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>