More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_2289 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  46.99 
 
 		 740 aa  645    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  47.24 
 
 		 736 aa  639    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2725  helicase RecD/TraA  66.67 
 
 		 731 aa  966    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.115291  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2348  RecD/TraA family helicase  51.57 
 
 		 722 aa  720    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3273  RecD/TraA family helicase  47.72 
 
 		 731 aa  640    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1404  helicase, RecD/TraA family  71.33 
 
 		 728 aa  1015    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2289  helicase, RecD/TraA family  100 
 
 		 749 aa  1533    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00901153  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  47.14 
 
 		 733 aa  650    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  47.76 
 
 		 733 aa  639    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  47.48 
 
 		 733 aa  638    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3541  RecD/TraA family helicase  47.7 
 
 		 731 aa  640    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  48.43 
 
 		 735 aa  652    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  47.97 
 
 		 728 aa  652    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2085  exodeoxyribonuclease V  47.61 
 
 		 732 aa  662    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1909  RecD/TraA family helicase  51.16 
 
 		 732 aa  707    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.564024  unclonable  0.000014529 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  47.34 
 
 		 728 aa  674    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  45.53 
 
 		 731 aa  643    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3190  RecD/TraA family helicase  45.83 
 
 		 710 aa  665    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.56818  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1393  RecD/TraA family helicase  51.81 
 
 		 719 aa  696    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1425  helicase, RecD/TraA family  45.12 
 
 		 737 aa  639    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  47.95 
 
 		 736 aa  644    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2089  RecD/TraA family helicase  69.93 
 
 		 742 aa  1001    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.144952  normal  0.0798211 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1757  helicase, RecD/TraA family  46.66 
 
 		 746 aa  632  1e-180  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0764  helicase, RecD/TraA family  46.3 
 
 		 728 aa  632  1e-180  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0607896  normal  0.527893 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0244  helicase, RecD/TraA family  46.74 
 
 		 728 aa  630  1e-179  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  46.84 
 
 		 727 aa  630  1e-179  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3839  helicase, RecD/TraA family  47.51 
 
 		 750 aa  628  1e-178  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0839164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  46.61 
 
 		 750 aa  627  1e-178  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  43.67 
 
 		 727 aa  624  1e-177  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0186  RecD/TraA family helicase  45.58 
 
 		 728 aa  623  1e-177  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  46.03 
 
 		 744 aa  620  1e-176  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  46.06 
 
 		 744 aa  619  1e-176  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  45.65 
 
 		 741 aa  617  1e-175  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  46.54 
 
 		 762 aa  617  1e-175  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  45.91 
 
 		 742 aa  615  1e-175  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  46.2 
 
 		 738 aa  615  1e-175  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  44.87 
 
 		 728 aa  616  1e-175  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0509  helicase, RecD/TraA family  46.08 
 
 		 728 aa  612  9.999999999999999e-175  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.156779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2403  helicase, RecD/TraA family  42.68 
 
 		 747 aa  613  9.999999999999999e-175  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934653 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0197  helicase, RecD/TraA family  46.32 
 
 		 724 aa  613  9.999999999999999e-175  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.959927  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  46.24 
 
 		 742 aa  608  1e-173  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  46.52 
 
 		 754 aa  611  1e-173  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  45.27 
 
 		 738 aa  602  1.0000000000000001e-171  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  44.13 
 
 		 738 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3054  helicase, RecD/TraA family  45.25 
 
 		 726 aa  605  1.0000000000000001e-171  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1221  helicase, RecD/TraA family  45.17 
 
 		 731 aa  602  1.0000000000000001e-171  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1552  helicase RecD/TraA  44.85 
 
 		 739 aa  599  1e-170  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.338597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0243  helicase RecD/TraA  41.45 
 
 		 749 aa  596  1e-169  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0357399  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  46.41 
 
 		 725 aa  593  1e-168  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5748  helicase, RecD/TraA family  43.73 
 
 		 768 aa  591  1e-167  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0213  helicase, RecD/TraA family  41.66 
 
 		 740 aa  583  1.0000000000000001e-165  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.629499  normal  0.0445082 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1462  helicase RecD/TraA  43.58 
 
 		 739 aa  580  1e-164  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0446  RecD/TraA family helicase  44.44 
 
 		 735 aa  577  1.0000000000000001e-163  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000295111  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2673  RecD/TraA family helicase  43.38 
 
 		 736 aa  566  1e-160  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2249  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  41.82 
 
 		 746 aa  559  1e-158  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000721338  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2311  helicase, RecD/TraA family  41.29 
 
 		 726 aa  551  1e-155  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3613  RecD/TraA family helicase  42.26 
 
 		 719 aa  537  1e-151  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2143  RecD/TraA family helicase  39.58 
 
 		 744 aa  533  1e-150  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2723  helicase, RecD/TraA family  45 
 
 		 724 aa  531  1e-149  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2433  RecD/TraA family helicase  39.18 
 
 		 744 aa  526  1e-148  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0246  RecD/TraA family helicase  41.49 
 
 		 742 aa  519  1e-146  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0302  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.72 
 
 		 744 aa  511  1e-143  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4627  RecD/TraA family helicase  38.19 
 
 		 871 aa  493  9.999999999999999e-139  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0750551  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0503  helicase, RecD/TraA family  42.66 
 
 		 715 aa  481  1e-134  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2726  helicase, RecD/TraA family  37.25 
 
 		 741 aa  481  1e-134  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000501325  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8706  helicase, RecD/TraA family  40.51 
 
 		 740 aa  478  1e-133  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.671857  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0818  RecD/TraA family helicase  39.3 
 
 		 688 aa  468  9.999999999999999e-131  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.662153  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0758  helicase, RecD/TraA family  35.22 
 
 		 719 aa  436  1e-121  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0956  helicase, RecD/TraA family  38.2 
 
 		 786 aa  437  1e-121  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  38.72 
 
 		 720 aa  430  1e-119  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0089  exonuclease V subunit alpha  32.66 
 
 		 813 aa  403  1e-111  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.930068  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2495  helicase, RecD/TraA family  34.51 
 
 		 784 aa  405  1e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4289  helicase  35.46 
 
 		 778 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4126  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.46 
 
 		 778 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.396274  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4137  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.46 
 
 		 778 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4622  helicase  35.46 
 
 		 770 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4474  putative helicase  35.46 
 
 		 778 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000066137 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4514  putative helicase  35.25 
 
 		 778 aa  400  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.837139  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3380  RecD/TraA family helicase  36.8 
 
 		 742 aa  400  9.999999999999999e-111  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.586227 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4527  putative helicase  35.46 
 
 		 778 aa  401  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0134792  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0722  putative helicase  35.25 
 
 		 778 aa  399  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  35.13 
 
 		 711 aa  399  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4477  helicase, putative  35.25 
 
 		 778 aa  397  1e-109  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.718062  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4241  RecD/TraA family helicase  35.33 
 
 		 778 aa  397  1e-109  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3106  RecD/TraA family helicase  34.2 
 
 		 772 aa  392  1e-107  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_718  predicted protein  35.44 
 
 		 772 aa  389  1e-106  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0625209  normal  0.543331 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1183  RecD/TraA family helicase  34.76 
 
 		 810 aa  379  1e-103  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1710  RecD/TraA family helicase  34.45 
 
 		 825 aa  378  1e-103  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1676  RecD/TraA family helicase  34.45 
 
 		 825 aa  378  1e-103  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1724  helicase, putative  34.74 
 
 		 806 aa  373  1e-102  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1742  exonuclease V subunit alpha  33.55 
 
 		 834 aa  370  1e-101  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1922  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  35.09 
 
 		 698 aa  353  7e-96  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0245308  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0608  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  34.6 
 
 		 825 aa  352  2e-95  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3789  hypothetical protein  35.09 
 
 		 698 aa  352  2e-95  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0516841  normal  0.691917 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5408  helicase, RecD/TraA family  34.14 
 
 		 741 aa  345  2e-93  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.68949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0906  ATP-dependent DNA helicase RecD/TraA  32.9 
 
 		 740 aa  339  9e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.618422  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1186  exonuclease V subunit alpha  32.23 
 
 		 792 aa  329  1.0000000000000001e-88  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000641615  normal  0.675634 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0696  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  32.68 
 
 		 795 aa  329  1.0000000000000001e-88  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1903  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  32.33 
 
 		 833 aa  320  3.9999999999999996e-86  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  33.06 
 
 		 726 aa  295  2e-78  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>