252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0232 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_1461  exonuclease V subunit alpha  66.87 
 
 		 496 aa  687    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00677876  normal  0.63958 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0232  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  100 
 
 		 475 aa  982    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.14834  normal  0.233843 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2665  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  53.04 
 
 		 474 aa  503  1e-141  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1469  exonuclease V subunit alpha  50.74 
 
 		 480 aa  460  9.999999999999999e-129  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.232256 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4515  exonuclease V subunit alpha  48.18 
 
 		 469 aa  422  1e-117  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0521  ATP-dependent exodeoxyribonuclease  46.06 
 
 		 473 aa  399  9.999999999999999e-111  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10593  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit - helicase superfamily I member  44.19 
 
 		 476 aa  374  1e-102  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1303  helicase, putative  42.19 
 
 		 471 aa  364  2e-99  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2955  hypothetical protein  34.22 
 
 		 488 aa  239  9e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0703173  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3509  exonuclease V subunit alpha  35.38 
 
 		 924 aa  237  4e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.996983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1226  exonuclease V subunit alpha  35.38 
 
 		 924 aa  237  4e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688264 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0683  ribonuclease H  34.15 
 
 		 754 aa  218  2e-55  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2849  AAA ATPase  33.41 
 
 		 678 aa  197  3e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0353435  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2770  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  26.34 
 
 		 375 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.527428  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2140  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  27.17 
 
 		 363 aa  102  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3841  putative deoxyribonuclease  27.91 
 
 		 365 aa  99.4  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2487  putative deoxyribonuclease  27.65 
 
 		 365 aa  99.4  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.280682  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2514  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  25.89 
 
 		 375 aa  99  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.237198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1994  exodeoxyribonuclease V  26.56 
 
 		 375 aa  98.2  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1343  hypothetical protein  25.34 
 
 		 373 aa  97.4  5e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000254854  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1387  hypothetical protein  25.34 
 
 		 373 aa  97.1  7e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.102316  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5077  putative deoxyribonuclease  27.84 
 
 		 365 aa  96.7  7e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1808  exodeoxyribonuclease V  25.68 
 
 		 373 aa  95.9  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2796  exodeoxyribonuclease V  26.53 
 
 		 376 aa  95.5  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.517009  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1491  exonuclease V subunit alpha  26.5 
 
 		 375 aa  95.1  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0919  hypothetical protein  26.83 
 
 		 369 aa  92.4  1e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.551853  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4249  putative deoxyribonuclease  27.19 
 
 		 365 aa  92.4  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0685  putative deoxyribonuclease  26.93 
 
 		 373 aa  92  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0674  putative deoxyribonuclease  26.26 
 
 		 373 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.663725 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5462  putative deoxyribonuclease  26.48 
 
 		 368 aa  91.3  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0089  exonuclease V subunit alpha  27.14 
 
 		 813 aa  90.9  5e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.930068  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2772  Exodeoxyribonuclease V  24.59 
 
 		 653 aa  90.1  9e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00547941  hitchhiker  0.000384136 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0255  putative deoxyribonuclease  26.71 
 
 		 367 aa  89.7  9e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.0109793 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0648  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  27.27 
 
 		 372 aa  89.7  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.58481 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4672  putative deoxyribonuclease  26.93 
 
 		 372 aa  89.7  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3505  putative deoxyribonuclease  26.12 
 
 		 363 aa  86.7  8e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.618009  normal  0.621388 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2658  Exodeoxyribonuclease V  27.84 
 
 		 659 aa  84  0.000000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0285632  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0594  exodeoxyribonuclease V  26.79 
 
 		 369 aa  79.7  0.00000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1462  helicase RecD/TraA  35.71 
 
 		 739 aa  79  0.0000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  28.48 
 
 		 733 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1859  hypothetical protein  25.92 
 
 		 369 aa  77.4  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0686  exodeoxyribonuclease V  25.11 
 
 		 369 aa  77  0.0000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  28.72 
 
 		 733 aa  77  0.0000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11171  exodeoxyribonuclease V  24.23 
 
 		 486 aa  77  0.0000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0885219  normal  0.565866 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2311  helicase, RecD/TraA family  28.83 
 
 		 726 aa  76.6  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1281  deoxyribonuclease  25.29 
 
 		 369 aa  76.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0955  exodeoxyribonuclease V  25.11 
 
 		 369 aa  76.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.219189 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5834  DNA helicase, putative  26.09 
 
 		 462 aa  76.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1425  helicase, RecD/TraA family  25.17 
 
 		 737 aa  75.9  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  25.6 
 
 		 727 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  36.93 
 
 		 738 aa  75.5  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3837  putative deoxyribonuclease  23.94 
 
 		 397 aa  75.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.738872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2433  RecD/TraA family helicase  27.41 
 
 		 744 aa  75.5  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2143  RecD/TraA family helicase  27.41 
 
 		 744 aa  75.1  0.000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  28.1 
 
 		 735 aa  75.1  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2249  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  26.61 
 
 		 746 aa  75.1  0.000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000721338  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4089  putative deoxyribonuclease  25.52 
 
 		 372 aa  74.3  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1466  exodeoxyribonuclease V  24.58 
 
 		 369 aa  74.3  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0758  helicase, RecD/TraA family  28.66 
 
 		 719 aa  73.9  0.000000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2622  putative deoxyribonuclease  26.81 
 
 		 373 aa  74.3  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  27.87 
 
 		 744 aa  73.6  0.000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3380  RecD/TraA family helicase  28.1 
 
 		 742 aa  73.2  0.000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.586227 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  27.68 
 
 		 742 aa  73.2  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  33.9 
 
 		 731 aa  72.4  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  28.67 
 
 		 736 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0306  AAA ATPase  24.26 
 
 		 710 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.933314  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  34.83 
 
 		 725 aa  71.6  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  32.6 
 
 		 733 aa  71.2  0.00000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  33.9 
 
 		 741 aa  71.2  0.00000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  33.9 
 
 		 742 aa  70.9  0.00000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  28.81 
 
 		 728 aa  70.1  0.00000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  33.71 
 
 		 720 aa  70.1  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8706  helicase, RecD/TraA family  33.7 
 
 		 740 aa  70.5  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.671857  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  33.33 
 
 		 738 aa  70.1  0.00000000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2726  helicase, RecD/TraA family  28.78 
 
 		 741 aa  69.7  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000501325  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  28.67 
 
 		 754 aa  69.3  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  32.2 
 
 		 744 aa  69.3  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5748  helicase, RecD/TraA family  31.49 
 
 		 768 aa  69.3  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15131  exodeoxyribonuclease V  24.05 
 
 		 448 aa  69.3  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  31.87 
 
 		 738 aa  68.6  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1405  Exodeoxyribonuclease V  34.78 
 
 		 1214 aa  69.3  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0446  RecD/TraA family helicase  28.37 
 
 		 735 aa  69.3  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000295111  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1619  hypothetical protein  32.58 
 
 		 761 aa  68.2  0.0000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00216862  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  31.67 
 
 		 762 aa  68.6  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0302  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.8 
 
 		 744 aa  67.8  0.0000000004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  25 
 
 		 711 aa  67.8  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  35.8 
 
 		 736 aa  67.8  0.0000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1393  RecD/TraA family helicase  36.59 
 
 		 719 aa  67.4  0.0000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  33.33 
 
 		 740 aa  67.4  0.0000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  27.5 
 
 		 728 aa  67  0.0000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1757  helicase, RecD/TraA family  30.84 
 
 		 746 aa  66.6  0.0000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1724  helicase, putative  24.44 
 
 		 806 aa  66.6  0.0000000009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0679  hypothetical protein  23.79 
 
 		 486 aa  66.2  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2403  helicase, RecD/TraA family  34.25 
 
 		 747 aa  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934653 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1924  exodeoxyribonuclease V  27.41 
 
 		 483 aa  65.5  0.000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0233572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  30.48 
 
 		 726 aa  65.5  0.000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  31.07 
 
 		 728 aa  65.9  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0243  helicase RecD/TraA  32.78 
 
 		 749 aa  64.7  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0357399  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  32.39 
 
 		 750 aa  65.1  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3839  helicase, RecD/TraA family  28.92 
 
 		 750 aa  64.7  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0839164  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>