More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0825 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0825  DNA primase  100 
 
 		 655 aa  1362    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.263135  hitchhiker  0.0000451849 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09410  DNA primase, catalytic core  37.54 
 
 		 618 aa  425  1e-117  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.967138 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1716  DNA primase  37.5 
 
 		 626 aa  405  1e-111  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07990  DNA primase, catalytic core  48.03 
 
 		 642 aa  403  1e-111  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.160485 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0904  DNA primase  39.08 
 
 		 699 aa  309  1.0000000000000001e-82  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1050  DNA primase  38.38 
 
 		 718 aa  290  6e-77  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13980  DNA primase  38.16 
 
 		 656 aa  288  2e-76  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11920  DNA primase  36.63 
 
 		 652 aa  287  5e-76  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.042879  normal  0.210825 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1799  DNA primase  38.88 
 
 		 616 aa  279  1e-73  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12410  DNA primase  35.06 
 
 		 599 aa  277  5e-73  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.936355  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1374  DNA primase  38.24 
 
 		 644 aa  277  5e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000143214 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0806  DNA primase  38.3 
 
 		 655 aa  274  3e-72  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0702707 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3198  DNA primase  39.95 
 
 		 629 aa  274  4.0000000000000004e-72  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0946512  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0552  DNA primase  34.23 
 
 		 590 aa  273  7e-72  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_492  DNA primase  31.57 
 
 		 590 aa  273  7e-72  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0123236  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1313  DNA primase  36.84 
 
 		 595 aa  273  9e-72  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000743307  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0896  DNA primase  28.21 
 
 		 600 aa  270  5.9999999999999995e-71  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7022  DNA primase  36.99 
 
 		 700 aa  270  5.9999999999999995e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.210771  normal  0.1359 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0527  DNA primase  31.96 
 
 		 588 aa  270  8e-71  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00124146  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0540  DNA primase  33.57 
 
 		 604 aa  270  8.999999999999999e-71  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00398394  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3425  DNA primase  34.51 
 
 		 632 aa  269  1e-70  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.236565 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1788  DNA primase  35.37 
 
 		 667 aa  268  2e-70  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0286526  normal  0.367245 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16970  DNA primase  35.24 
 
 		 658 aa  268  2.9999999999999995e-70  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.522082  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0761  DNA primase  36.28 
 
 		 623 aa  267  4e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1338  DNA primase  36.72 
 
 		 628 aa  265  2e-69  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.433596  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06330  DNA primase  36.51 
 
 		 636 aa  264  3e-69  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2351  DNA primase  38.13 
 
 		 616 aa  265  3e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2169  DNA primase  35.21 
 
 		 651 aa  265  3e-69  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.403807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1625  DNA primase  36.18 
 
 		 599 aa  263  8.999999999999999e-69  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.947875 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3802  DNA primase  36.07 
 
 		 627 aa  263  1e-68  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0345876 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2128  DNA primase  36.3 
 
 		 624 aa  262  2e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0866  DNA primase  35.8 
 
 		 656 aa  261  3e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0623  DNA primase  37.14 
 
 		 605 aa  261  3e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1214  DNA primase  34.88 
 
 		 626 aa  260  7e-68  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.008506  normal  0.015083 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1522  DNA primase  35.48 
 
 		 634 aa  259  8e-68  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0736351 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2463  Fis family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 604 aa  259  1e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1187  DNA primase  37.44 
 
 		 645 aa  258  2e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1282  DNA primase  38.5 
 
 		 629 aa  256  6e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0977  DNA primase  36.9 
 
 		 619 aa  256  1.0000000000000001e-66  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1213  DNA primase  35.29 
 
 		 601 aa  255  2.0000000000000002e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.140428 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4217  DNA primase  39.58 
 
 		 614 aa  255  2.0000000000000002e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000725747  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2156  DNA primase  33.62 
 
 		 642 aa  254  4.0000000000000004e-66  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1932  DNA primase  35.35 
 
 		 648 aa  253  8.000000000000001e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0456378  hitchhiker  0.00240757 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3106  DNA primase  32.86 
 
 		 641 aa  252  2e-65  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1034  DNA primase  35.08 
 
 		 598 aa  252  2e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1835  DNA primase  36.22 
 
 		 623 aa  252  2e-65  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1976  DNA primase  36.5 
 
 		 595 aa  251  3e-65  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00122543  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3361  DNA primase  35.39 
 
 		 629 aa  250  5e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0761003  normal  0.0199865 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2739  DNA primase  35.9 
 
 		 641 aa  250  5e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4640  DNA primase  35.8 
 
 		 651 aa  249  1e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.625681 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5148  DNA primase  36.26 
 
 		 655 aa  249  1e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932917 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2679  DNA primase  36.67 
 
 		 604 aa  249  1e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1681  DNA primase  37.56 
 
 		 592 aa  249  1e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.10447 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1275  DNA primase  36.77 
 
 		 629 aa  249  1e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1261  DNA primase  37.59 
 
 		 588 aa  248  2e-64  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0538  DNA primase  35.57 
 
 		 652 aa  248  3e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2265  DNA primase  36 
 
 		 595 aa  248  3e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0225159  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3090  DNA primase  34.88 
 
 		 587 aa  246  8e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2268  DNA primase  37.31 
 
 		 587 aa  246  8e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4814  DNA primase  33.47 
 
 		 660 aa  246  9e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1175  DNA primase  36.71 
 
 		 682 aa  246  9.999999999999999e-64  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  decreased coverage  0.00198747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2153  DNA primase  34.82 
 
 		 613 aa  245  1.9999999999999999e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1316  DNA primase  36.05 
 
 		 577 aa  245  1.9999999999999999e-63  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.241058  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4048  DNA primase  32.43 
 
 		 587 aa  245  1.9999999999999999e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.211802  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3522  DNA primase  35.48 
 
 		 596 aa  245  1.9999999999999999e-63  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884792  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1978  DNA primase  34.41 
 
 		 601 aa  245  1.9999999999999999e-63  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0419  DNA primase  33.26 
 
 		 660 aa  244  3e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1508  DNA primase, DNAG  33.63 
 
 		 593 aa  244  3e-63  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.083335  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0719  DNA primase  36.93 
 
 		 663 aa  244  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0422  DNA primase  33.26 
 
 		 660 aa  244  5e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46990  DNA primase  37.84 
 
 		 638 aa  244  5e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2415  DNA primase  31.15 
 
 		 601 aa  243  6e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000695065  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0388  DNA primase  33.05 
 
 		 660 aa  243  7.999999999999999e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07530  DNA primase  36.68 
 
 		 664 aa  243  7.999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.412597 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1295  DNA primase  35.76 
 
 		 686 aa  243  1e-62  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.830099  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3790  DNA primase  31.87 
 
 		 582 aa  242  1e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0256  DNA primase  31.51 
 
 		 652 aa  241  2e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.230248  normal  0.131007 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3695  DNA primase  32.48 
 
 		 583 aa  241  2e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0213  DNA primase  35.56 
 
 		 677 aa  241  2.9999999999999997e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.387013  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3037  DNA primase  34.88 
 
 		 599 aa  241  2.9999999999999997e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.735679 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0394  DNA primase  33.26 
 
 		 588 aa  241  4e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12367  DNA primase  35.06 
 
 		 639 aa  240  5e-62  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4027  DNA primase  37.59 
 
 		 663 aa  240  5e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.570104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1699  DNA primase  36.26 
 
 		 645 aa  240  6.999999999999999e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1502  DNA primase  34.38 
 
 		 583 aa  239  8e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00809258  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0175  DNA primase  33.02 
 
 		 600 aa  239  1e-61  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15911  DNA primase  35.61 
 
 		 684 aa  239  1e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5973  DNA primase  35.25 
 
 		 703 aa  238  2e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.328857 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13800  DNA primase  35.21 
 
 		 657 aa  238  3e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0288236  normal  0.281432 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1910  DNA primase  38.72 
 
 		 587 aa  238  4e-61  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.351058  normal  0.0156727 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2309  DNA primase  33.57 
 
 		 577 aa  237  7e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2282  DNA primase  34.7 
 
 		 578 aa  236  9e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0313  DNA primase  34.12 
 
 		 578 aa  236  9e-61  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166585 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0023  DNA primase  32.61 
 
 		 550 aa  236  1.0000000000000001e-60  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1224  DNA primase  34.98 
 
 		 564 aa  236  1.0000000000000001e-60  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.533717  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1236  DNA primase  34.41 
 
 		 584 aa  235  2.0000000000000002e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00798045  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3728  DNA primase  38.2 
 
 		 471 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1345  DNA primase  33.66 
 
 		 595 aa  234  3e-60  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1727  DNA primase  37.76 
 
 		 611 aa  234  3e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1610  DNA primase  32.92 
 
 		 548 aa  233  7.000000000000001e-60  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>