More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_5137 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_5137  Exodeoxyribonuclease V  100 
 
 
749 aa  1475    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.34484  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.84 
 
 
739 aa  227  6e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000685942 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0343  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.07 
 
 
599 aa  226  9e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0323  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.39 
 
 
599 aa  226  2e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1892  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.56 
 
 
594 aa  223  9.999999999999999e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087164  hitchhiker  0.00000000000433292 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4567  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.45 
 
 
708 aa  218  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1400  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.53 
 
 
581 aa  217  5.9999999999999996e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0578  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.49 
 
 
601 aa  216  1.9999999999999998e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4850  exodeoxyribonuclease V alpha chain  35.55 
 
 
720 aa  216  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.61173  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1358  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.76 
 
 
588 aa  215  2.9999999999999995e-54  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2147  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.01 
 
 
712 aa  211  4e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3231  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.15 
 
 
639 aa  210  7e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00025834  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55660  exodeoxyribonuclease V alpha chain  33.14 
 
 
721 aa  210  7e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866156  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1902  exodeoxyribonuclease V  33.04 
 
 
631 aa  210  9e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2150  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.3 
 
 
604 aa  208  3e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00157683  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1432  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.75 
 
 
576 aa  207  4e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00407883  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1211  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.93 
 
 
787 aa  207  5e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.53406  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2643  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.52 
 
 
682 aa  206  1e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.108895  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4672  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.57 
 
 
691 aa  204  7e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.156704 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.83 
 
 
662 aa  203  9e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1208  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.72 
 
 
551 aa  203  9e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2093  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.81 
 
 
740 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4536  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.57 
 
 
691 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.636293  normal  0.640936 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1056  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.52 
 
 
609 aa  202  9.999999999999999e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.923429  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002686  exodeoxyribonuclease V alpha chain  30.25 
 
 
715 aa  203  9.999999999999999e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2292  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.45 
 
 
740 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.615762  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1851  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.49 
 
 
710 aa  201  3e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02667  exonuclease V (RecBCD complex), alpha chain  37.84 
 
 
608 aa  201  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.690529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0872  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.84 
 
 
608 aa  201  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.938405  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03300  hypothetical protein  30.97 
 
 
725 aa  201  3.9999999999999996e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3043  exonuclease V subunit alpha  37.84 
 
 
608 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.225396  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4084  exonuclease V subunit alpha  38.08 
 
 
608 aa  201  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4566  hypothetical protein  31.44 
 
 
739 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0762  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.77 
 
 
691 aa  201  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.089759 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02628  hypothetical protein  37.84 
 
 
608 aa  201  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.627808  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3139  exonuclease V subunit alpha  37.84 
 
 
608 aa  201  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0896  exonuclease V subunit alpha  37.84 
 
 
608 aa  201  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.367719  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2280  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.44 
 
 
739 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1773  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.39 
 
 
706 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2112  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.64 
 
 
686 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0770  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.44 
 
 
579 aa  201  5e-50  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0335755  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2966  exonuclease V subunit alpha  34.31 
 
 
608 aa  201  5e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2247  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.2 
 
 
701 aa  200  7e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.271795 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1292  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.52 
 
 
731 aa  199  1.0000000000000001e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.255394  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2965  exonuclease V subunit alpha  37.63 
 
 
608 aa  200  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2046  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.28 
 
 
739 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.591294  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1903  exodeoxyribonuclease V, 67 kDa subunit  31.55 
 
 
706 aa  199  1.0000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4670  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.98 
 
 
691 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0281806 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1935  exodeoxyribonuclease V  32.52 
 
 
683 aa  198  3e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.280429  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2933  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.06 
 
 
646 aa  197  6e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.238613  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2548  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.06 
 
 
650 aa  197  7e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.975526 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0371  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.57 
 
 
588 aa  194  3e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.219276  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51700  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.7 
 
 
703 aa  194  5e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3156  exonuclease V subunit alpha  35.21 
 
 
611 aa  193  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2169  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.58 
 
 
601 aa  193  9e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.613998  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1987  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.06 
 
 
676 aa  192  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000228018  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0522  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.05 
 
 
735 aa  193  1e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.496827  hitchhiker  0.000245551 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3139  exonuclease V subunit alpha  35.21 
 
 
611 aa  192  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3219  exonuclease V subunit alpha  35.21 
 
 
611 aa  192  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3319  exonuclease V subunit alpha  35.21 
 
 
611 aa  191  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.940485 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3205  exonuclease V subunit alpha  35.21 
 
 
611 aa  192  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3388  exonuclease V subunit alpha  35.22 
 
 
618 aa  191  5.999999999999999e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1126  exonuclease V, alpha subunit  32.26 
 
 
734 aa  190  7e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00308131  normal  0.011484 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1170  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.23 
 
 
655 aa  190  8e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.768019  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3813  exonuclease V subunit alpha  35.1 
 
 
621 aa  189  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.752384  hitchhiker  0.00686322 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.52 
 
 
687 aa  188  3e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0682  exodeoxyribonuclease V alpha chain  34.59 
 
 
674 aa  187  9e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.163912  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2421  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.6 
 
 
664 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1425  helicase, RecD/TraA family  30.35 
 
 
737 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0998  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.65 
 
 
586 aa  186  2.0000000000000003e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.502416 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  31.11 
 
 
728 aa  185  3e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0915  exonuclease V subunit alpha  35.52 
 
 
619 aa  185  3e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.718919  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  31.69 
 
 
738 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3262  exonuclease V subunit alpha  34.99 
 
 
607 aa  184  4.0000000000000006e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  30.15 
 
 
731 aa  184  4.0000000000000006e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  33.05 
 
 
733 aa  184  6e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0805  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.13 
 
 
703 aa  183  8.000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.983579  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  33.05 
 
 
733 aa  183  9.000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1462  helicase RecD/TraA  32.22 
 
 
739 aa  182  2.9999999999999997e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  33.48 
 
 
727 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3006  exonuclease V subunit alpha  34.35 
 
 
616 aa  181  4e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1623  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.24 
 
 
679 aa  179  1e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.127673  normal  0.170261 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  28.92 
 
 
728 aa  179  1e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  30.98 
 
 
740 aa  178  3e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  31.11 
 
 
727 aa  177  5e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.96 
 
 
555 aa  177  5e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  32.1 
 
 
728 aa  177  6e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  33.12 
 
 
744 aa  177  8e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1744  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.65 
 
 
639 aa  177  9e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01029  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.43 
 
 
731 aa  176  9.999999999999999e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.539328  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2353  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.38 
 
 
767 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1812  exodeoxyribonuclease V  35.65 
 
 
639 aa  176  1.9999999999999998e-42  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  29.9 
 
 
738 aa  175  2.9999999999999996e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1460  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.31 
 
 
698 aa  175  2.9999999999999996e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  33.46 
 
 
735 aa  174  5e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  31.91 
 
 
750 aa  174  5.999999999999999e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0903  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.55 
 
 
580 aa  174  5.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0479062 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3541  RecD/TraA family helicase  32.75 
 
 
731 aa  174  5.999999999999999e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0897  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.84 
 
 
580 aa  174  7.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0914  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.84 
 
 
580 aa  174  7.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>