More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2169 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_2169  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  100 
 
 
601 aa  1238    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.613998  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0343  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.38 
 
 
599 aa  337  3.9999999999999995e-91  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0323  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.69 
 
 
599 aa  337  5e-91  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.7 
 
 
595 aa  327  4.0000000000000003e-88  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.559097  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1892  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.62 
 
 
594 aa  322  9.999999999999999e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087164  hitchhiker  0.00000000000433292 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2150  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.45 
 
 
604 aa  321  3e-86  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00157683  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0578  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.39 
 
 
601 aa  317  5e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1056  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.67 
 
 
609 aa  301  2e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.923429  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1400  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.31 
 
 
581 aa  300  7e-80  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4536  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.69 
 
 
691 aa  299  1e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.636293  normal  0.640936 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1358  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.39 
 
 
588 aa  299  1e-79  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1170  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.09 
 
 
655 aa  298  2e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.768019  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4672  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.54 
 
 
691 aa  297  4e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.156704 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0692  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.76 
 
 
603 aa  295  2e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1847  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.36 
 
 
683 aa  294  3e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.401727  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1432  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.52 
 
 
576 aa  293  6e-78  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00407883  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4084  exonuclease V subunit alpha  34.96 
 
 
608 aa  292  1e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3262  exonuclease V subunit alpha  36.65 
 
 
607 aa  291  2e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2966  exonuclease V subunit alpha  35.06 
 
 
608 aa  291  2e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4670  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.38 
 
 
691 aa  291  3e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0281806 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3205  exonuclease V subunit alpha  36.15 
 
 
611 aa  290  4e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3219  exonuclease V subunit alpha  36.15 
 
 
611 aa  290  5.0000000000000004e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02667  exonuclease V (RecBCD complex), alpha chain  34.8 
 
 
608 aa  289  1e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.690529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0872  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.8 
 
 
608 aa  288  1e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.938405  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02628  hypothetical protein  34.8 
 
 
608 aa  289  1e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.627808  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3319  exonuclease V subunit alpha  35.99 
 
 
611 aa  289  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.940485 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3043  exonuclease V subunit alpha  34.8 
 
 
608 aa  288  1e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.225396  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0896  exonuclease V subunit alpha  34.8 
 
 
608 aa  288  1e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.367719  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3139  exonuclease V subunit alpha  34.8 
 
 
608 aa  288  1e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2965  exonuclease V subunit alpha  34.63 
 
 
608 aa  287  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3156  exonuclease V subunit alpha  35.99 
 
 
611 aa  287  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3139  exonuclease V subunit alpha  35.99 
 
 
611 aa  286  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51700  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.05 
 
 
703 aa  286  1.0000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0762  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.94 
 
 
691 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.089759 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3231  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.94 
 
 
639 aa  283  5.000000000000001e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00025834  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2548  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.24 
 
 
650 aa  283  7.000000000000001e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.975526 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4850  exodeoxyribonuclease V alpha chain  35.96 
 
 
720 aa  283  8.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.61173  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2933  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.24 
 
 
646 aa  283  8.000000000000001e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.238613  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0915  exonuclease V subunit alpha  37.15 
 
 
619 aa  283  9e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.718919  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.71 
 
 
662 aa  281  2e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1758  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.26 
 
 
737 aa  281  2e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3388  exonuclease V subunit alpha  37.64 
 
 
618 aa  280  4e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.84 
 
 
739 aa  279  9e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000685942 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03300  hypothetical protein  33.88 
 
 
725 aa  278  3e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1935  exodeoxyribonuclease V  33.33 
 
 
683 aa  277  4e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.280429  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0805  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.75 
 
 
703 aa  276  7e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.983579  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1987  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.15 
 
 
676 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000228018  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0690  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.56 
 
 
702 aa  274  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2421  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.62 
 
 
664 aa  273  6e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3813  exonuclease V subunit alpha  34.97 
 
 
621 aa  273  8.000000000000001e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.752384  hitchhiker  0.00686322 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55660  exodeoxyribonuclease V alpha chain  34.72 
 
 
721 aa  271  4e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866156  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1903  exodeoxyribonuclease V, 67 kDa subunit  33.23 
 
 
706 aa  269  1e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4567  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.7 
 
 
708 aa  269  1e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0770  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.4 
 
 
579 aa  267  2.9999999999999995e-70  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0335755  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2643  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.75 
 
 
682 aa  266  5.999999999999999e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.108895  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0522  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.74 
 
 
735 aa  265  1e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.496827  hitchhiker  0.000245551 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002686  exodeoxyribonuclease V alpha chain  37.92 
 
 
715 aa  265  1e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.51 
 
 
697 aa  265  2e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0682  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.82 
 
 
697 aa  264  3e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3230  exonuclease V subunit alpha  33.75 
 
 
652 aa  263  8e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.91996 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2112  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.81 
 
 
686 aa  262  1e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0992  exonuclease V subunit alpha  33.9 
 
 
657 aa  261  2e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1269  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.86 
 
 
680 aa  261  2e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1044  exonuclease V subunit alpha  33.64 
 
 
657 aa  261  2e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1623  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.32 
 
 
679 aa  259  1e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.127673  normal  0.170261 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2026  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.47 
 
 
681 aa  258  2e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0010  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.93 
 
 
750 aa  258  2e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0682  exodeoxyribonuclease V alpha chain  32.25 
 
 
674 aa  258  3e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.163912  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0998  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.23 
 
 
586 aa  257  5e-67  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.502416 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4566  hypothetical protein  31.89 
 
 
739 aa  256  6e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2280  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.89 
 
 
739 aa  256  6e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2147  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.43 
 
 
712 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1902  exodeoxyribonuclease V  36.02 
 
 
631 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2093  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.45 
 
 
740 aa  254  3e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2292  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.99 
 
 
740 aa  254  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.615762  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1615  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.49 
 
 
695 aa  254  4.0000000000000004e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.481167 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0371  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.47 
 
 
588 aa  253  7e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.219276  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3006  exonuclease V subunit alpha  34.02 
 
 
616 aa  253  1e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1747  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.94 
 
 
672 aa  251  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397917  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2247  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.18 
 
 
701 aa  251  3e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.271795 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2837  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.53 
 
 
704 aa  250  6e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189529  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1773  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.5 
 
 
706 aa  249  9e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2046  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.74 
 
 
739 aa  249  1e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.591294  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2767  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.03 
 
 
769 aa  247  4.9999999999999997e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1744  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.77 
 
 
639 aa  245  1.9999999999999999e-63  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1812  exodeoxyribonuclease V  37.77 
 
 
639 aa  244  3.9999999999999997e-63  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1851  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.4 
 
 
710 aa  243  7e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4013  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.92 
 
 
626 aa  238  3e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.123788 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1460  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.28 
 
 
698 aa  236  8e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03905  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.23 
 
 
750 aa  233  9e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.824272  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1208  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.19 
 
 
551 aa  233  9e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.84 
 
 
687 aa  226  6e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10640  exonuclease V alpha subunit recD  37.33 
 
 
575 aa  226  7e-58  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.47997e-19  normal  0.376997 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2430  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.5 
 
 
647 aa  226  7e-58  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.869931  hitchhiker  0.00100057 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3374  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.27 
 
 
616 aa  219  1e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.860557 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0897  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.58 
 
 
580 aa  218  2e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0914  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.58 
 
 
580 aa  218  2e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0903  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.93 
 
 
580 aa  218  2.9999999999999998e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0479062 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5137  Exodeoxyribonuclease V  35.51 
 
 
749 aa  216  5.9999999999999996e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.34484  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2294  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.73 
 
 
598 aa  214  3.9999999999999995e-54  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>