293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1987 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4672  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  63.02 
 
 
691 aa  746    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.156704 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  63.17 
 
 
697 aa  768    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0682  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  62.59 
 
 
697 aa  770    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51700  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  71.05 
 
 
703 aa  869    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0690  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  63.11 
 
 
702 aa  757    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1987  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  100 
 
 
676 aa  1344    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000228018  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4670  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  62.89 
 
 
691 aa  748    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0281806 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55660  exodeoxyribonuclease V alpha chain  63.46 
 
 
721 aa  752    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866156  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4850  exodeoxyribonuclease V alpha chain  62.76 
 
 
720 aa  757    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.61173  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4536  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  63.02 
 
 
691 aa  744    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.636293  normal  0.640936 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0762  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  63.81 
 
 
691 aa  756    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.089759 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2026  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  55.29 
 
 
681 aa  588  1e-166  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0805  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  53.6 
 
 
703 aa  558  1e-157  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.983579  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0010  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  49.08 
 
 
750 aa  555  1e-157  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1623  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  49.49 
 
 
679 aa  533  1e-150  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.127673  normal  0.170261 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1269  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  50.37 
 
 
680 aa  506  9.999999999999999e-143  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1170  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  50.22 
 
 
655 aa  495  9.999999999999999e-139  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.768019  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4567  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  45.31 
 
 
708 aa  450  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0522  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  47.65 
 
 
735 aa  445  1e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.496827  hitchhiker  0.000245551 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1847  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  47.74 
 
 
683 aa  441  9.999999999999999e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.401727  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  45.3 
 
 
739 aa  434  1e-120  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000685942 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2548  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  44.71 
 
 
650 aa  421  1e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.975526 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2933  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  44.71 
 
 
646 aa  421  1e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.238613  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1980  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  43.26 
 
 
714 aa  412  1e-114  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1892  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  43.32 
 
 
594 aa  415  1e-114  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087164  hitchhiker  0.00000000000433292 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3319  exonuclease V subunit alpha  45.15 
 
 
611 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.940485 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3156  exonuclease V subunit alpha  45.23 
 
 
611 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3219  exonuclease V subunit alpha  45.15 
 
 
611 aa  408  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3139  exonuclease V subunit alpha  45.23 
 
 
611 aa  409  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3205  exonuclease V subunit alpha  45.15 
 
 
611 aa  408  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3388  exonuclease V subunit alpha  44.73 
 
 
618 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0682  exodeoxyribonuclease V alpha chain  40.48 
 
 
674 aa  404  1e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.163912  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3813  exonuclease V subunit alpha  45.01 
 
 
621 aa  405  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.752384  hitchhiker  0.00686322 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0915  exonuclease V subunit alpha  44.78 
 
 
619 aa  404  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.718919  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02667  exonuclease V (RecBCD complex), alpha chain  44.09 
 
 
608 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.690529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0872  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  44.09 
 
 
608 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.938405  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0896  exonuclease V subunit alpha  44.09 
 
 
608 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.367719  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3139  exonuclease V subunit alpha  44.09 
 
 
608 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02628  hypothetical protein  44.09 
 
 
608 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.627808  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3043  exonuclease V subunit alpha  44.09 
 
 
608 aa  400  9.999999999999999e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.225396  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3262  exonuclease V subunit alpha  43.39 
 
 
607 aa  400  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2966  exonuclease V subunit alpha  43.38 
 
 
608 aa  397  1e-109  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2965  exonuclease V subunit alpha  43.93 
 
 
608 aa  399  1e-109  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4084  exonuclease V subunit alpha  43.63 
 
 
608 aa  395  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0578  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  42.71 
 
 
601 aa  395  1e-108  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0992  exonuclease V subunit alpha  41.14 
 
 
657 aa  389  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3231  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  42.4 
 
 
639 aa  392  1e-107  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00025834  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3230  exonuclease V subunit alpha  41.33 
 
 
652 aa  390  1e-107  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.91996 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1044  exonuclease V subunit alpha  41.05 
 
 
657 aa  387  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002686  exodeoxyribonuclease V alpha chain  38.99 
 
 
715 aa  386  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03300  hypothetical protein  38.48 
 
 
725 aa  384  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2150  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  42.52 
 
 
604 aa  380  1e-104  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00157683  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3006  exonuclease V subunit alpha  41.63 
 
 
616 aa  377  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0323  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  41.18 
 
 
599 aa  375  1e-102  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0343  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.98 
 
 
599 aa  375  1e-102  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  41.98 
 
 
662 aa  370  1e-101  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1903  exodeoxyribonuclease V, 67 kDa subunit  38.8 
 
 
706 aa  369  1e-101  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  41.91 
 
 
595 aa  366  1e-100  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.559097  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1902  exodeoxyribonuclease V  41.99 
 
 
631 aa  367  1e-100  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2421  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.19 
 
 
664 aa  352  1e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2247  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.39 
 
 
701 aa  350  4e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.271795 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1851  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.61 
 
 
710 aa  349  1e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1400  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.71 
 
 
581 aa  348  2e-94  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1460  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.02 
 
 
698 aa  347  3e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1773  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.11 
 
 
706 aa  346  8.999999999999999e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1358  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.48 
 
 
588 aa  343  5.999999999999999e-93  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2643  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.16 
 
 
682 aa  343  7e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.108895  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1935  exodeoxyribonuclease V  37.8 
 
 
683 aa  342  9e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.280429  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0692  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  42.46 
 
 
603 aa  337  5.999999999999999e-91  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1432  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.77 
 
 
576 aa  336  7e-91  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00407883  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2147  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.8 
 
 
712 aa  336  9e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2046  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.72 
 
 
739 aa  333  6e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.591294  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4566  hypothetical protein  38.22 
 
 
739 aa  332  1e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2280  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.22 
 
 
739 aa  332  1e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2093  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.47 
 
 
740 aa  331  2e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2112  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.3 
 
 
686 aa  331  2e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1758  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.1 
 
 
737 aa  328  3e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2292  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.15 
 
 
740 aa  328  3e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.615762  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1056  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.02 
 
 
609 aa  323  7e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.923429  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0770  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.04 
 
 
579 aa  315  9.999999999999999e-85  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0335755  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0371  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.59 
 
 
588 aa  299  1e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.219276  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.89 
 
 
687 aa  292  1e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2767  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.11 
 
 
769 aa  285  2.0000000000000002e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0547  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.71 
 
 
619 aa  283  6.000000000000001e-75  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.607405  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0928  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.52 
 
 
674 aa  281  2e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1615  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.02 
 
 
695 aa  280  4e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.481167 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2169  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.79 
 
 
601 aa  279  1e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.613998  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2837  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.01 
 
 
704 aa  278  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189529  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1747  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.04 
 
 
672 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397917  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0998  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.9 
 
 
586 aa  271  2e-71  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.502416 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2353  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  41.01 
 
 
767 aa  267  5e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3374  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.71 
 
 
616 aa  264  4.999999999999999e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.860557 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2294  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.69 
 
 
598 aa  253  6e-66  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1126  exonuclease V, alpha subunit  34.14 
 
 
734 aa  251  3e-65  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00308131  normal  0.011484 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0897  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.86 
 
 
580 aa  251  4e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0914  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.86 
 
 
580 aa  251  4e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0903  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.9 
 
 
580 aa  249  9e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0479062 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01029  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.18 
 
 
731 aa  244  3.9999999999999997e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.539328  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4013  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.13 
 
 
626 aa  243  1e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.123788 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2430  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.59 
 
 
647 aa  241  2.9999999999999997e-62  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.869931  hitchhiker  0.00100057 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>