299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_03905 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010717  PXO_03905  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  100 
 
 
750 aa  1451    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.824272  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4013  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  54.8 
 
 
626 aa  593  1e-168  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.123788 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1744  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  50.34 
 
 
639 aa  524  1e-147  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1812  exodeoxyribonuclease V  50.34 
 
 
639 aa  523  1e-147  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0682  exodeoxyribonuclease V alpha chain  34.41 
 
 
674 aa  297  5e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.163912  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2150  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.05 
 
 
604 aa  289  1e-76  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00157683  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1400  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.08 
 
 
581 aa  287  5.999999999999999e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1892  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35 
 
 
594 aa  285  3.0000000000000004e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087164  hitchhiker  0.00000000000433292 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1358  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.81 
 
 
588 aa  282  2e-74  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0343  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.93 
 
 
599 aa  281  3e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0578  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.96 
 
 
601 aa  276  8e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0323  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.79 
 
 
599 aa  276  1.0000000000000001e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1056  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.22 
 
 
609 aa  275  2.0000000000000002e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.923429  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1432  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.13 
 
 
576 aa  272  2e-71  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00407883  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2548  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.65 
 
 
650 aa  258  4e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.975526 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.87 
 
 
595 aa  257  6e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.559097  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2933  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.8 
 
 
646 aa  257  6e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.238613  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0770  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.53 
 
 
579 aa  257  6e-67  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0335755  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0692  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.75 
 
 
603 aa  253  8.000000000000001e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3231  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.89 
 
 
639 aa  253  9.000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00025834  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1903  exodeoxyribonuclease V, 67 kDa subunit  34.86 
 
 
706 aa  252  2e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0690  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.21 
 
 
702 aa  251  3e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0682  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.08 
 
 
697 aa  250  7e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1935  exodeoxyribonuclease V  34.57 
 
 
683 aa  249  1e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.280429  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002686  exodeoxyribonuclease V alpha chain  33.08 
 
 
715 aa  248  2e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03300  hypothetical protein  31.65 
 
 
725 aa  247  4e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3262  exonuclease V subunit alpha  36.99 
 
 
607 aa  246  9.999999999999999e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02667  exonuclease V (RecBCD complex), alpha chain  32.82 
 
 
608 aa  246  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.690529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0872  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.82 
 
 
608 aa  245  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.938405  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3230  exonuclease V subunit alpha  33.33 
 
 
652 aa  245  1.9999999999999999e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.91996 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3139  exonuclease V subunit alpha  32.82 
 
 
608 aa  245  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3043  exonuclease V subunit alpha  32.82 
 
 
608 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.225396  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02628  hypothetical protein  32.82 
 
 
608 aa  246  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.627808  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0896  exonuclease V subunit alpha  32.82 
 
 
608 aa  245  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.367719  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2965  exonuclease V subunit alpha  32.68 
 
 
608 aa  244  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1170  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.49 
 
 
655 aa  244  3.9999999999999997e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.768019  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3813  exonuclease V subunit alpha  34.71 
 
 
621 aa  243  7e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.752384  hitchhiker  0.00686322 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1044  exonuclease V subunit alpha  33.42 
 
 
657 aa  243  1e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1758  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.08 
 
 
737 aa  243  1e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4084  exonuclease V subunit alpha  37.33 
 
 
608 aa  242  2e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2966  exonuclease V subunit alpha  32.68 
 
 
608 aa  242  2e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0992  exonuclease V subunit alpha  33.56 
 
 
657 aa  242  2e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2169  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.85 
 
 
601 aa  242  2e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.613998  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4850  exodeoxyribonuclease V alpha chain  35.26 
 
 
720 aa  241  5e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.61173  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55660  exodeoxyribonuclease V alpha chain  36.09 
 
 
721 aa  241  5e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866156  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4672  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.78 
 
 
691 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.156704 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1615  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.31 
 
 
695 aa  238  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.481167 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2767  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.54 
 
 
769 aa  238  3e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3205  exonuclease V subunit alpha  32.97 
 
 
611 aa  238  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3219  exonuclease V subunit alpha  32.97 
 
 
611 aa  238  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51700  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.3 
 
 
703 aa  237  7e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.43 
 
 
697 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3156  exonuclease V subunit alpha  33.01 
 
 
611 aa  235  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3319  exonuclease V subunit alpha  32.69 
 
 
611 aa  235  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.940485 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3139  exonuclease V subunit alpha  32.69 
 
 
611 aa  235  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0915  exonuclease V subunit alpha  33.52 
 
 
619 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.718919  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1987  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.53 
 
 
676 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000228018  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4536  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.65 
 
 
691 aa  233  9e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.636293  normal  0.640936 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1747  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.53 
 
 
672 aa  233  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397917  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4670  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.69 
 
 
691 aa  233  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0281806 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2093  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.28 
 
 
740 aa  231  3e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2643  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.7 
 
 
682 aa  231  5e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.108895  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2292  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.77 
 
 
740 aa  230  6e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.615762  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2046  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.68 
 
 
739 aa  230  7e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.591294  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3388  exonuclease V subunit alpha  33.98 
 
 
618 aa  230  7e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2837  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.11 
 
 
704 aa  229  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189529  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1208  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.52 
 
 
551 aa  229  2e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0998  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.15 
 
 
586 aa  228  4e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.502416 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0010  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.39 
 
 
750 aa  228  4e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4566  hypothetical protein  31.57 
 
 
739 aa  227  7e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2280  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.57 
 
 
739 aa  227  7e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0762  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.03 
 
 
691 aa  227  8e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.089759 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10640  exonuclease V alpha subunit recD  36.2 
 
 
575 aa  224  3e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.47997e-19  normal  0.376997 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1902  exodeoxyribonuclease V  35.06 
 
 
631 aa  224  4e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0903  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.47 
 
 
580 aa  224  6e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0479062 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3006  exonuclease V subunit alpha  36.86 
 
 
616 aa  223  7e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1460  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.59 
 
 
698 aa  223  9.999999999999999e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2147  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.27 
 
 
712 aa  221  3e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2112  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.09 
 
 
686 aa  220  7e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2026  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.15 
 
 
681 aa  220  8.999999999999998e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1847  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.86 
 
 
683 aa  219  1e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.401727  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.18 
 
 
662 aa  219  2e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0371  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.12 
 
 
588 aa  218  4e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.219276  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.4 
 
 
687 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1980  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.39 
 
 
714 aa  215  2.9999999999999995e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2294  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.28 
 
 
598 aa  212  2e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3374  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.37 
 
 
616 aa  212  3e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.860557 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4567  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.33 
 
 
708 aa  211  6e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1773  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.11 
 
 
706 aa  209  2e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1851  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.45 
 
 
710 aa  207  5e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0897  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.15 
 
 
580 aa  206  1e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0914  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.15 
 
 
580 aa  206  1e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2247  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.7 
 
 
701 aa  203  8e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.271795 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1623  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.31 
 
 
679 aa  202  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.127673  normal  0.170261 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1269  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.66 
 
 
680 aa  202  9.999999999999999e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0805  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.73 
 
 
703 aa  202  1.9999999999999998e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.983579  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1211  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.34 
 
 
787 aa  200  7.999999999999999e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.53406  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2353  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.35 
 
 
767 aa  197  5.000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01029  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  28.12 
 
 
731 aa  189  2e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.539328  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5137  Exodeoxyribonuclease V  34.13 
 
 
749 aa  186  1.0000000000000001e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.34484  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>