286 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01029 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_01029  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  100 
 
 
731 aa  1518    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.539328  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2767  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.14 
 
 
769 aa  307  4.0000000000000004e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0578  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.1 
 
 
601 aa  254  5.000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2150  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.49 
 
 
604 aa  243  7e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00157683  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0343  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.31 
 
 
599 aa  235  2.0000000000000002e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0323  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.76 
 
 
599 aa  234  3e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1892  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.91 
 
 
594 aa  231  5e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087164  hitchhiker  0.00000000000433292 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2112  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.8 
 
 
686 aa  229  1e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2548  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.09 
 
 
650 aa  228  4e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.975526 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2933  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.09 
 
 
646 aa  227  5.0000000000000005e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.238613  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02667  exonuclease V (RecBCD complex), alpha chain  33.56 
 
 
608 aa  224  6e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.690529  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4084  exonuclease V subunit alpha  33.67 
 
 
608 aa  224  6e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02628  hypothetical protein  33.56 
 
 
608 aa  224  6e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.627808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0872  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.5 
 
 
608 aa  223  9.999999999999999e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.938405  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3043  exonuclease V subunit alpha  33.5 
 
 
608 aa  223  9.999999999999999e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.225396  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0896  exonuclease V subunit alpha  33.5 
 
 
608 aa  223  9.999999999999999e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.367719  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3139  exonuclease V subunit alpha  33.5 
 
 
608 aa  223  9.999999999999999e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2966  exonuclease V subunit alpha  33.39 
 
 
608 aa  222  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.11 
 
 
662 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1987  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.51 
 
 
676 aa  221  3e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000228018  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2965  exonuclease V subunit alpha  33.22 
 
 
608 aa  221  3e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3205  exonuclease V subunit alpha  33.45 
 
 
611 aa  219  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3319  exonuclease V subunit alpha  33.79 
 
 
611 aa  219  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.940485 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3139  exonuclease V subunit alpha  33.45 
 
 
611 aa  219  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1358  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.53 
 
 
588 aa  219  1e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3219  exonuclease V subunit alpha  33.45 
 
 
611 aa  219  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1056  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.7 
 
 
609 aa  219  2e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.923429  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1400  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.53 
 
 
581 aa  218  2.9999999999999998e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3156  exonuclease V subunit alpha  33.28 
 
 
611 aa  217  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1758  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.35 
 
 
737 aa  217  8e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1851  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.96 
 
 
710 aa  216  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0770  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.55 
 
 
579 aa  214  4.9999999999999996e-54  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0335755  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2147  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.67 
 
 
712 aa  214  5.999999999999999e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2093  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.99 
 
 
740 aa  213  9e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3262  exonuclease V subunit alpha  33.91 
 
 
607 aa  213  1e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002686  exodeoxyribonuclease V alpha chain  35.39 
 
 
715 aa  213  1e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4567  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.56 
 
 
708 aa  213  1e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1935  exodeoxyribonuclease V  31.54 
 
 
683 aa  213  1e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.280429  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03300  hypothetical protein  34.27 
 
 
725 aa  211  3e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4850  exodeoxyribonuclease V alpha chain  32.68 
 
 
720 aa  211  4e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.61173  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2292  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.17 
 
 
740 aa  210  7e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.615762  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2247  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.85 
 
 
701 aa  210  9e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.271795 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0371  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.48 
 
 
588 aa  208  2e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.219276  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4670  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.04 
 
 
691 aa  209  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0281806 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1773  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.06 
 
 
706 aa  209  2e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2643  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.37 
 
 
682 aa  207  4e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.108895  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0682  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.12 
 
 
697 aa  207  5e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3813  exonuclease V subunit alpha  33 
 
 
621 aa  207  5e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.752384  hitchhiker  0.00686322 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1847  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.41 
 
 
683 aa  206  9e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.401727  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30 
 
 
739 aa  206  1e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000685942 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4566  hypothetical protein  31.45 
 
 
739 aa  206  1e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2280  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.45 
 
 
739 aa  206  1e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55660  exodeoxyribonuclease V alpha chain  32.88 
 
 
721 aa  205  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866156  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1903  exodeoxyribonuclease V, 67 kDa subunit  30.94 
 
 
706 aa  203  7e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51700  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.81 
 
 
703 aa  202  9.999999999999999e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1170  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.48 
 
 
655 aa  203  9.999999999999999e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.768019  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0692  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.48 
 
 
603 aa  202  1.9999999999999998e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2046  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.63 
 
 
739 aa  202  3e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.591294  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4672  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.16 
 
 
691 aa  201  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.156704 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1623  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.69 
 
 
679 aa  201  6e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.127673  normal  0.170261 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4536  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34 
 
 
691 aa  200  9e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.636293  normal  0.640936 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0682  exodeoxyribonuclease V alpha chain  32.28 
 
 
674 aa  199  1.0000000000000001e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.163912  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.53 
 
 
687 aa  197  5.000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1980  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.14 
 
 
714 aa  196  9e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.23 
 
 
697 aa  196  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1460  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.84 
 
 
698 aa  196  1e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0928  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.35 
 
 
674 aa  193  7e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2169  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.9 
 
 
601 aa  190  9e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.613998  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3006  exonuclease V subunit alpha  31.93 
 
 
616 aa  189  2e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1044  exonuclease V subunit alpha  30.96 
 
 
657 aa  185  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0992  exonuclease V subunit alpha  31.13 
 
 
657 aa  185  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1615  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  28.13 
 
 
695 aa  185  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.481167 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1902  exodeoxyribonuclease V  32.34 
 
 
631 aa  180  7e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0547  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.1 
 
 
619 aa  177  7e-43  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.607405  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5137  Exodeoxyribonuclease V  31.1 
 
 
749 aa  177  8e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.34484  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1269  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.33 
 
 
680 aa  174  3.9999999999999995e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2026  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.04 
 
 
681 aa  174  5e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0998  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.13 
 
 
586 aa  172  1e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.502416 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2430  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.9 
 
 
647 aa  169  1e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.869931  hitchhiker  0.00100057 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0805  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.1 
 
 
703 aa  169  2e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.983579  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1292  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.06 
 
 
731 aa  167  5e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.255394  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1744  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.62 
 
 
639 aa  166  2.0000000000000002e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1812  exodeoxyribonuclease V  29.62 
 
 
639 aa  164  5.0000000000000005e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2745  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.04 
 
 
641 aa  163  1e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03905  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.11 
 
 
750 aa  162  2e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.824272  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10841  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  27.5 
 
 
574 aa  153  1e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0105439  normal  0.293224 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1126  exonuclease V, alpha subunit  27.87 
 
 
734 aa  152  2e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00308131  normal  0.011484 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2294  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.69 
 
 
598 aa  151  5e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1432  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.01 
 
 
576 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00407883  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0690  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  44.35 
 
 
702 aa  148  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  41.63 
 
 
595 aa  145  4e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.559097  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0522  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.5 
 
 
735 aa  142  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.496827  hitchhiker  0.000245551 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1409  exodeoxyribonuclease V  27.05 
 
 
530 aa  139  1e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0787348  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2421  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.75 
 
 
664 aa  138  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10640  exonuclease V alpha subunit recD  28.83 
 
 
575 aa  138  4e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.47997e-19  normal  0.376997 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0915  exonuclease V subunit alpha  45.21 
 
 
619 aa  136  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.718919  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0652  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.07 
 
 
610 aa  135  3e-30  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.955738  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14781  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  25.35 
 
 
573 aa  135  3.9999999999999996e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.922098  normal  0.231202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0762  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  42.74 
 
 
691 aa  134  5e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.089759 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0010  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.04 
 
 
750 aa  133  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>