More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1773 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_2292  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  71.51 
 
 		 740 aa  974    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.615762  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2147  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  80.14 
 
 		 712 aa  1108    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1935  exodeoxyribonuclease V  60.31 
 
 		 683 aa  750    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.280429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4566  hypothetical protein  71.01 
 
 		 739 aa  966    Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2112  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  73.98 
 
 		 686 aa  955    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  61.26 
 
 		 662 aa  735    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2353  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  56.43 
 
 		 767 aa  742    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2643  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  59.77 
 
 		 682 aa  750    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.108895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1773  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  100 
 
 		 706 aa  1449    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1851  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  95.48 
 
 		 710 aa  1333    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  60.28 
 
 		 687 aa  736    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2093  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  71.65 
 
 		 740 aa  978    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2046  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  71.47 
 
 		 739 aa  976    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.591294  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2421  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  61.05 
 
 		 664 aa  751    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2247  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  95 
 
 		 701 aa  1325    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.271795 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2280  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  71.01 
 
 		 739 aa  966    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1902  exodeoxyribonuclease V  53.96 
 
 		 631 aa  616  1e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0682  exodeoxyribonuclease V alpha chain  39.8 
 
 		 674 aa  418  9.999999999999999e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.163912  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002686  exodeoxyribonuclease V alpha chain  40.14 
 
 		 715 aa  408  1.0000000000000001e-112  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3813  exonuclease V subunit alpha  43.15 
 
 		 621 aa  402  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.752384  hitchhiker  0.00686322 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03300  hypothetical protein  39.83 
 
 		 725 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3156  exonuclease V subunit alpha  41.8 
 
 		 611 aa  399  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3319  exonuclease V subunit alpha  42.24 
 
 		 611 aa  399  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.940485 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3139  exonuclease V subunit alpha  41.8 
 
 		 611 aa  398  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0872  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  41.64 
 
 		 608 aa  394  1e-108  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.938405  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2966  exonuclease V subunit alpha  41.5 
 
 		 608 aa  392  1e-108  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3205  exonuclease V subunit alpha  42.15 
 
 		 611 aa  395  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3219  exonuclease V subunit alpha  42.15 
 
 		 611 aa  395  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0896  exonuclease V subunit alpha  41.64 
 
 		 608 aa  394  1e-108  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.367719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1903  exodeoxyribonuclease V, 67 kDa subunit  39.44 
 
 		 706 aa  394  1e-108  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3139  exonuclease V subunit alpha  41.64 
 
 		 608 aa  394  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3043  exonuclease V subunit alpha  41.64 
 
 		 608 aa  394  1e-108  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.225396  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2965  exonuclease V subunit alpha  41.5 
 
 		 608 aa  393  1e-108  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4084  exonuclease V subunit alpha  41.5 
 
 		 608 aa  392  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02667  exonuclease V (RecBCD complex), alpha chain  41.5 
 
 		 608 aa  392  1e-107  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.690529  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02628  hypothetical protein  41.5 
 
 		 608 aa  392  1e-107  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.627808  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3006  exonuclease V subunit alpha  41.13 
 
 		 616 aa  391  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0323  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.09 
 
 		 599 aa  385  1e-105  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0343  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.7 
 
 		 599 aa  377  1e-103  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3388  exonuclease V subunit alpha  41.29 
 
 		 618 aa  379  1e-103  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0578  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.62 
 
 		 601 aa  373  1e-102  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0915  exonuclease V subunit alpha  40.82 
 
 		 619 aa  373  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.718919  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1044  exonuclease V subunit alpha  38.62 
 
 		 657 aa  370  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0992  exonuclease V subunit alpha  38.48 
 
 		 657 aa  370  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3230  exonuclease V subunit alpha  38.89 
 
 		 652 aa  372  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.91996 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1892  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.01 
 
 		 594 aa  366  1e-100  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087164  hitchhiker  0.00000000000433292 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3262  exonuclease V subunit alpha  40.62 
 
 		 607 aa  367  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1170  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.11 
 
 		 655 aa  364  3e-99  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.768019  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1432  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.17 
 
 		 576 aa  360  7e-98  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00407883  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2150  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.07 
 
 		 604 aa  356  8.999999999999999e-97  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00157683  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0010  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.3 
 
 		 750 aa  349  1e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1987  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.25 
 
 		 676 aa  345  1e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000228018  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.39 
 
 		 595 aa  345  2e-93  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.559097  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3231  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.88 
 
 		 639 aa  341  2e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00025834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1758  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.63 
 
 		 737 aa  341  2e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0690  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.76 
 
 		 702 aa  339  8e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4672  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.44 
 
 		 691 aa  339  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.156704 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4536  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.44 
 
 		 691 aa  339  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.636293  normal  0.640936 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4670  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.43 
 
 		 691 aa  338  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0281806 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0682  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.46 
 
 		 697 aa  337  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1847  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.16 
 
 		 683 aa  335  2e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.401727  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4567  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.52 
 
 		 708 aa  335  2e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2767  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.59 
 
 		 769 aa  333  5e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1400  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.37 
 
 		 581 aa  333  6e-90  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0762  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.51 
 
 		 691 aa  332  2e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.089759 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.7 
 
 		 697 aa  330  6e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1358  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.01 
 
 		 588 aa  327  3e-88  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1460  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.77 
 
 		 698 aa  325  2e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55660  exodeoxyribonuclease V alpha chain  38.46 
 
 		 721 aa  324  4e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866156  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0692  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.03 
 
 		 603 aa  323  9.999999999999999e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51700  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.82 
 
 		 703 aa  322  9.999999999999999e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4850  exodeoxyribonuclease V alpha chain  37.72 
 
 		 720 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.61173  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2026  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.97 
 
 		 681 aa  320  7e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2548  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.31 
 
 		 650 aa  314  3.9999999999999997e-84  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.975526 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2933  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.3 
 
 		 646 aa  313  5.999999999999999e-84  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.238613  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0770  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.28 
 
 		 579 aa  313  9e-84  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0335755  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1623  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.39 
 
 		 679 aa  310  6.999999999999999e-83  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.127673  normal  0.170261 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1269  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.88 
 
 		 680 aa  307  5.0000000000000004e-82  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0522  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.11 
 
 		 735 aa  299  1e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.496827  hitchhiker  0.000245551 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.11 
 
 		 739 aa  299  1e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000685942 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1056  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.64 
 
 		 609 aa  297  4e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.923429  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0805  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.89 
 
 		 703 aa  295  1e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.983579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0998  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.47 
 
 		 586 aa  292  1e-77  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.502416 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0371  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.12 
 
 		 588 aa  273  8.000000000000001e-72  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.219276  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0928  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.75 
 
 		 674 aa  269  1e-70  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0547  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.9 
 
 		 619 aa  268  2e-70  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.607405  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1980  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.08 
 
 		 714 aa  263  6e-69  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1615  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.18 
 
 		 695 aa  263  6.999999999999999e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.481167 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2837  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.54 
 
 		 704 aa  262  2e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2169  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.75 
 
 		 601 aa  259  1e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.613998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1292  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.07 
 
 		 731 aa  258  2e-67  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.255394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1747  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.65 
 
 		 672 aa  256  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1126  exonuclease V, alpha subunit  35.93 
 
 		 734 aa  253  6e-66  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00308131  normal  0.011484 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1211  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.48 
 
 		 787 aa  246  1.9999999999999999e-63  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.53406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01029  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.3 
 
 		 731 aa  244  3e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.539328  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5137  Exodeoxyribonuclease V  33.08 
 
 		 749 aa  227  4e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.34484  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2294  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.69 
 
 		 598 aa  224  3e-57  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1208  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.42 
 
 		 551 aa  224  4.9999999999999996e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.96 
 
 		 555 aa  222  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1744  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.33 
 
 		 639 aa  221  3.9999999999999997e-56  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>