More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_3388 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02667  exonuclease V (RecBCD complex), alpha chain  57.57 
 
 
608 aa  635    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.690529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0872  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  57.57 
 
 
608 aa  635    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.938405  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2966  exonuclease V subunit alpha  57.57 
 
 
608 aa  635    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3006  exonuclease V subunit alpha  65.42 
 
 
616 aa  732    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3139  exonuclease V subunit alpha  57.57 
 
 
608 aa  635    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1044  exonuclease V subunit alpha  60.4 
 
 
657 aa  715    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0896  exonuclease V subunit alpha  57.57 
 
 
608 aa  635    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.367719  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4084  exonuclease V subunit alpha  57.89 
 
 
608 aa  637    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3043  exonuclease V subunit alpha  57.57 
 
 
608 aa  635    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.225396  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3813  exonuclease V subunit alpha  66.07 
 
 
621 aa  775    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.752384  hitchhiker  0.00686322 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0992  exonuclease V subunit alpha  60.24 
 
 
657 aa  717    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3388  exonuclease V subunit alpha  100 
 
 
618 aa  1252    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3262  exonuclease V subunit alpha  58.39 
 
 
607 aa  645    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02628  hypothetical protein  57.57 
 
 
608 aa  635    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.627808  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0915  exonuclease V subunit alpha  91.9 
 
 
619 aa  1107    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.718919  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3230  exonuclease V subunit alpha  60.71 
 
 
652 aa  716    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.91996 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2965  exonuclease V subunit alpha  57.4 
 
 
608 aa  634  1e-180  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3319  exonuclease V subunit alpha  57.17 
 
 
611 aa  616  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.940485 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3156  exonuclease V subunit alpha  56.7 
 
 
611 aa  615  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3139  exonuclease V subunit alpha  56.7 
 
 
611 aa  614  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3219  exonuclease V subunit alpha  56.7 
 
 
611 aa  614  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3205  exonuclease V subunit alpha  56.7 
 
 
611 aa  614  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0682  exodeoxyribonuclease V alpha chain  43.6 
 
 
674 aa  504  1e-141  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.163912  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002686  exodeoxyribonuclease V alpha chain  44.59 
 
 
715 aa  497  1e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1903  exodeoxyribonuclease V, 67 kDa subunit  45.3 
 
 
706 aa  494  9.999999999999999e-139  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0547  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  43.27 
 
 
619 aa  492  9.999999999999999e-139  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.607405  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03300  hypothetical protein  42.84 
 
 
725 aa  473  1e-132  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3231  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  44.17 
 
 
639 aa  425  1e-117  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00025834  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0323  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  46.08 
 
 
599 aa  424  1e-117  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0578  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  45.11 
 
 
601 aa  421  1e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1170  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  46.71 
 
 
655 aa  420  1e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.768019  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0343  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  45.31 
 
 
599 aa  413  1e-114  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1460  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.2 
 
 
698 aa  415  1e-114  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1987  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  44.73 
 
 
676 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000228018  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1892  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  41.89 
 
 
594 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087164  hitchhiker  0.00000000000433292 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4670  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  44.23 
 
 
691 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0281806 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2150  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  43.14 
 
 
604 aa  402  9.999999999999999e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00157683  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  44.97 
 
 
595 aa  398  1e-109  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.559097  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4672  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  44.96 
 
 
691 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.156704 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4536  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  44.81 
 
 
691 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.636293  normal  0.640936 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2421  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.03 
 
 
664 aa  399  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51700  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  44.62 
 
 
703 aa  392  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0682  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  42.62 
 
 
697 aa  393  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0690  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  43.31 
 
 
702 aa  394  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0010  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  42.32 
 
 
750 aa  394  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55660  exodeoxyribonuclease V alpha chain  42.65 
 
 
721 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866156  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  43.24 
 
 
697 aa  388  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4850  exodeoxyribonuclease V alpha chain  43.05 
 
 
720 aa  388  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.61173  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0762  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  43.52 
 
 
691 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.089759 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2247  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.1 
 
 
701 aa  383  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.271795 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1773  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.97 
 
 
706 aa  379  1e-104  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1851  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.45 
 
 
710 aa  380  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1935  exodeoxyribonuclease V  39.62 
 
 
683 aa  381  1e-104  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.280429  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1902  exodeoxyribonuclease V  41.16 
 
 
631 aa  378  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4567  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  42.42 
 
 
708 aa  373  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1432  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  42.58 
 
 
576 aa  375  1e-102  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00407883  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.16 
 
 
662 aa  372  1e-101  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2643  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.7 
 
 
682 aa  371  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.108895  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1400  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  42.81 
 
 
581 aa  369  1e-101  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  42.37 
 
 
739 aa  369  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000685942 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2112  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.42 
 
 
686 aa  365  1e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2548  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.65 
 
 
650 aa  365  1e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.975526 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2933  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.65 
 
 
646 aa  365  1e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.238613  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2026  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  44.05 
 
 
681 aa  364  3e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2147  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.52 
 
 
712 aa  362  8e-99  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1056  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.49 
 
 
609 aa  360  3e-98  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.923429  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1847  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  44.09 
 
 
683 aa  360  3e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.401727  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2292  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.29 
 
 
740 aa  359  8e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.615762  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1758  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.38 
 
 
737 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0770  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.87 
 
 
579 aa  355  8.999999999999999e-97  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0335755  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4566  hypothetical protein  36.81 
 
 
739 aa  354  2e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2093  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.75 
 
 
740 aa  355  2e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2280  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.81 
 
 
739 aa  354  2e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2046  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.53 
 
 
739 aa  353  4e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.591294  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0692  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  42.31 
 
 
603 aa  351  2e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1358  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.33 
 
 
588 aa  348  2e-94  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0522  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  42.67 
 
 
735 aa  343  5e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.496827  hitchhiker  0.000245551 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0805  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  41.56 
 
 
703 aa  342  1e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.983579  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1623  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.72 
 
 
679 aa  341  2e-92  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.127673  normal  0.170261 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1269  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.77 
 
 
680 aa  338  1.9999999999999998e-91  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.23 
 
 
687 aa  335  1e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0371  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.3 
 
 
588 aa  330  6e-89  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.219276  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0998  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  41.94 
 
 
586 aa  328  2.0000000000000001e-88  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.502416 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0928  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.59 
 
 
674 aa  325  1e-87  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1747  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.7 
 
 
672 aa  325  2e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397917  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1615  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.04 
 
 
695 aa  323  4e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.481167 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2837  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.52 
 
 
704 aa  312  1e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189529  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2353  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  42.75 
 
 
767 aa  293  7e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2767  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.09 
 
 
769 aa  292  1e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2169  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.29 
 
 
601 aa  283  6.000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.613998  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1211  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.74 
 
 
787 aa  257  4e-67  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.53406  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1126  exonuclease V, alpha subunit  33.04 
 
 
734 aa  247  4e-64  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00308131  normal  0.011484 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3374  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.69 
 
 
616 aa  245  1.9999999999999999e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.860557 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1292  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.49 
 
 
731 aa  241  2.9999999999999997e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.255394  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4013  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.26 
 
 
626 aa  238  2e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.123788 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1208  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.54 
 
 
551 aa  231  4e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1980  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.67 
 
 
714 aa  229  1e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2294  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.6 
 
 
598 aa  227  5.0000000000000005e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.2 
 
 
555 aa  226  9e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0897  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.37 
 
 
580 aa  224  2e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>