More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1935 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2112  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  61.09 
 
 		 686 aa  764    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2147  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  59.47 
 
 		 712 aa  757    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2046  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  58.82 
 
 		 739 aa  759    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.591294  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2421  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  61.6 
 
 		 664 aa  802    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2292  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  59.15 
 
 		 740 aa  763    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.615762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2643  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  74.75 
 
 		 682 aa  1008    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.108895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  61.51 
 
 		 662 aa  768    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1935  exodeoxyribonuclease V  100 
 
 		 683 aa  1416    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.280429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2280  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  58.63 
 
 		 739 aa  755    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1773  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  60.31 
 
 		 706 aa  741    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1851  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  59.89 
 
 		 710 aa  746    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  57.58 
 
 		 687 aa  702    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2093  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  59.22 
 
 		 740 aa  766    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2247  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  59.49 
 
 		 701 aa  730    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.271795 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4566  hypothetical protein  58.63 
 
 		 739 aa  755    Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1902  exodeoxyribonuclease V  54.26 
 
 		 631 aa  627  1e-178  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2353  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  65.42 
 
 		 767 aa  534  1e-150  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3006  exonuclease V subunit alpha  41.74 
 
 		 616 aa  411  1e-113  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0682  exodeoxyribonuclease V alpha chain  38.26 
 
 		 674 aa  407  1.0000000000000001e-112  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.163912  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4084  exonuclease V subunit alpha  40.65 
 
 		 608 aa  396  1e-109  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2966  exonuclease V subunit alpha  40.94 
 
 		 608 aa  397  1e-109  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02667  exonuclease V (RecBCD complex), alpha chain  40.65 
 
 		 608 aa  393  1e-108  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.690529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0872  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.65 
 
 		 608 aa  392  1e-108  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.938405  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0896  exonuclease V subunit alpha  40.65 
 
 		 608 aa  392  1e-108  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.367719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3319  exonuclease V subunit alpha  39.67 
 
 		 611 aa  395  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.940485 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02628  hypothetical protein  40.65 
 
 		 608 aa  393  1e-108  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.627808  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3043  exonuclease V subunit alpha  40.65 
 
 		 608 aa  392  1e-108  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.225396  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3139  exonuclease V subunit alpha  40.65 
 
 		 608 aa  392  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3156  exonuclease V subunit alpha  39.67 
 
 		 611 aa  391  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3219  exonuclease V subunit alpha  39.67 
 
 		 611 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3205  exonuclease V subunit alpha  39.67 
 
 		 611 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2965  exonuclease V subunit alpha  40.5 
 
 		 608 aa  391  1e-107  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3139  exonuclease V subunit alpha  39.67 
 
 		 611 aa  391  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3813  exonuclease V subunit alpha  40.7 
 
 		 621 aa  389  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.752384  hitchhiker  0.00686322 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002686  exodeoxyribonuclease V alpha chain  38.88 
 
 		 715 aa  382  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03300  hypothetical protein  37.66 
 
 		 725 aa  382  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1903  exodeoxyribonuclease V, 67 kDa subunit  37.16 
 
 		 706 aa  378  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0915  exonuclease V subunit alpha  39.56 
 
 		 619 aa  374  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.718919  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3262  exonuclease V subunit alpha  39.35 
 
 		 607 aa  373  1e-102  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3388  exonuclease V subunit alpha  38.74 
 
 		 618 aa  372  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3231  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.78 
 
 		 639 aa  365  1e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00025834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1892  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.11 
 
 		 594 aa  364  3e-99  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087164  hitchhiker  0.00000000000433292 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.84 
 
 		 595 aa  363  4e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.559097  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0323  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.86 
 
 		 599 aa  363  5.0000000000000005e-99  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3230  exonuclease V subunit alpha  38.91 
 
 		 652 aa  362  2e-98  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.91996 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0992  exonuclease V subunit alpha  38.64 
 
 		 657 aa  360  5e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1044  exonuclease V subunit alpha  38.64 
 
 		 657 aa  359  9e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2150  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.88 
 
 		 604 aa  357  3.9999999999999996e-97  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00157683  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1170  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.68 
 
 		 655 aa  354  2.9999999999999997e-96  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.768019  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0010  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.86 
 
 		 750 aa  352  2e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0343  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  41.01 
 
 		 599 aa  349  1e-94  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0578  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.24 
 
 		 601 aa  347  5e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0682  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.73 
 
 		 697 aa  344  2e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1460  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.93 
 
 		 698 aa  345  2e-93  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1432  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.45 
 
 		 576 aa  343  4e-93  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00407883  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0690  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.3 
 
 		 702 aa  341  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1758  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.07 
 
 		 737 aa  341  2.9999999999999998e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51700  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.6 
 
 		 703 aa  341  2.9999999999999998e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1847  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.27 
 
 		 683 aa  338  1.9999999999999998e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.401727  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55660  exodeoxyribonuclease V alpha chain  38.6 
 
 		 721 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866156  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.34 
 
 		 697 aa  334  3e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1987  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.8 
 
 		 676 aa  333  5e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000228018  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0692  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.56 
 
 		 603 aa  331  3e-89  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4670  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.93 
 
 		 691 aa  330  6e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0281806 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1400  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.44 
 
 		 581 aa  330  6e-89  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4850  exodeoxyribonuclease V alpha chain  37.28 
 
 		 720 aa  330  7e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.61173  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4536  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.09 
 
 		 691 aa  325  1e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.636293  normal  0.640936 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1358  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.57 
 
 		 588 aa  325  2e-87  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1623  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.28 
 
 		 679 aa  324  4e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.127673  normal  0.170261 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4672  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.23 
 
 		 691 aa  323  7e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.156704 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2548  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.05 
 
 		 650 aa  323  8e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.975526 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2933  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.05 
 
 		 646 aa  323  8e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.238613  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1056  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.07 
 
 		 609 aa  317  3e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.923429  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1269  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.28 
 
 		 680 aa  316  8e-85  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0762  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.91 
 
 		 691 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.089759 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0770  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.9 
 
 		 579 aa  315  1.9999999999999998e-84  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0335755  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4567  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.85 
 
 		 708 aa  313  6.999999999999999e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0805  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.59 
 
 		 703 aa  313  1e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.983579  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2767  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.61 
 
 		 769 aa  310  5e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2026  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.85 
 
 		 681 aa  310  5e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0522  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.78 
 
 		 735 aa  309  1.0000000000000001e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.496827  hitchhiker  0.000245551 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.75 
 
 		 739 aa  300  8e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000685942 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1615  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.3 
 
 		 695 aa  290  7e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.481167 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2837  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.99 
 
 		 704 aa  283  9e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2169  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.33 
 
 		 601 aa  280  7e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.613998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0998  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.22 
 
 		 586 aa  276  8e-73  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.502416 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1747  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.38 
 
 		 672 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0928  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.31 
 
 		 674 aa  274  5.000000000000001e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0371  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.22 
 
 		 588 aa  271  2.9999999999999997e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.219276  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0547  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.85 
 
 		 619 aa  267  5.999999999999999e-70  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.607405  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1980  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.28 
 
 		 714 aa  261  4e-68  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1208  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.06 
 
 		 551 aa  246  6.999999999999999e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01029  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.48 
 
 		 731 aa  238  4e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.539328  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03905  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.45 
 
 		 750 aa  236  1.0000000000000001e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.824272  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0903  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.29 
 
 		 580 aa  233  6e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0479062 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0914  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.18 
 
 		 580 aa  233  9e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0897  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.18 
 
 		 580 aa  233  9e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1292  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.24 
 
 		 731 aa  231  2e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.255394  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3374  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.92 
 
 		 616 aa  229  1e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.860557 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1211  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.57 
 
 		 787 aa  227  6e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.53406  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>