More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hneap_1980 on replicon NC_013422
Organism: Halothiobacillus neapolitanus c2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013422  Hneap_1980  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  100 
 
 
714 aa  1441    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1987  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  43.26 
 
 
676 aa  423  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000228018  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51700  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  43.72 
 
 
703 aa  421  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0762  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  42.63 
 
 
691 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.089759 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4850  exodeoxyribonuclease V alpha chain  42.94 
 
 
720 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.61173  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55660  exodeoxyribonuclease V alpha chain  43.35 
 
 
721 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866156  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2026  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  43.71 
 
 
681 aa  413  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4672  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  41.77 
 
 
691 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.156704 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0682  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.75 
 
 
697 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4536  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  41.77 
 
 
691 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.636293  normal  0.640936 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0690  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.67 
 
 
702 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4670  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  41.57 
 
 
691 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0281806 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.53 
 
 
697 aa  385  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1623  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  41.23 
 
 
679 aa  381  1e-104  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.127673  normal  0.170261 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0805  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  41.42 
 
 
703 aa  379  1e-103  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.983579  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1269  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  41.84 
 
 
680 aa  370  1e-101  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2933  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.8 
 
 
646 aa  366  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.238613  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2548  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.8 
 
 
650 aa  366  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.975526 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0010  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.6 
 
 
750 aa  365  1e-99  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1170  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.94 
 
 
655 aa  357  3.9999999999999996e-97  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.768019  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1847  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  42.52 
 
 
683 aa  350  6e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.401727  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4567  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.05 
 
 
708 aa  348  2e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.37 
 
 
739 aa  342  2e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000685942 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1892  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.65 
 
 
594 aa  339  9.999999999999999e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087164  hitchhiker  0.00000000000433292 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3813  exonuclease V subunit alpha  38.7 
 
 
621 aa  338  2.9999999999999997e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.752384  hitchhiker  0.00686322 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0522  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.36 
 
 
735 aa  332  2e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.496827  hitchhiker  0.000245551 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0323  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.97 
 
 
599 aa  327  4.0000000000000003e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0343  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.16 
 
 
599 aa  323  6e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0578  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.83 
 
 
601 aa  322  1.9999999999999998e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2150  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.67 
 
 
604 aa  317  6e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00157683  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3230  exonuclease V subunit alpha  38.29 
 
 
652 aa  315  1.9999999999999998e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.91996 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3262  exonuclease V subunit alpha  37.44 
 
 
607 aa  314  3.9999999999999997e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0992  exonuclease V subunit alpha  38.15 
 
 
657 aa  309  1.0000000000000001e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1044  exonuclease V subunit alpha  38 
 
 
657 aa  308  2.0000000000000002e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3139  exonuclease V subunit alpha  36.7 
 
 
611 aa  305  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3156  exonuclease V subunit alpha  36.7 
 
 
611 aa  305  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3205  exonuclease V subunit alpha  36.85 
 
 
611 aa  305  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3319  exonuclease V subunit alpha  36.7 
 
 
611 aa  305  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.940485 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3219  exonuclease V subunit alpha  37.19 
 
 
611 aa  304  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0915  exonuclease V subunit alpha  36.4 
 
 
619 aa  302  2e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.718919  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4084  exonuclease V subunit alpha  36.79 
 
 
608 aa  298  2e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2966  exonuclease V subunit alpha  36.56 
 
 
608 aa  298  3e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3231  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.22 
 
 
639 aa  298  3e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00025834  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0872  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.34 
 
 
608 aa  297  5e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.938405  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3139  exonuclease V subunit alpha  36.34 
 
 
608 aa  297  5e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0896  exonuclease V subunit alpha  36.34 
 
 
608 aa  297  5e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.367719  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3043  exonuclease V subunit alpha  36.34 
 
 
608 aa  297  5e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.225396  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02667  exonuclease V (RecBCD complex), alpha chain  36.34 
 
 
608 aa  296  6e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.690529  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02628  hypothetical protein  36.34 
 
 
608 aa  296  6e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.627808  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2965  exonuclease V subunit alpha  36.18 
 
 
608 aa  295  1e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3006  exonuclease V subunit alpha  36 
 
 
616 aa  293  9e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1432  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.75 
 
 
576 aa  291  2e-77  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00407883  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03300  hypothetical protein  40.58 
 
 
725 aa  292  2e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002686  exodeoxyribonuclease V alpha chain  40.35 
 
 
715 aa  286  7e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0692  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.01 
 
 
603 aa  285  2.0000000000000002e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0682  exodeoxyribonuclease V alpha chain  38.43 
 
 
674 aa  283  6.000000000000001e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.163912  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0770  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.04 
 
 
579 aa  280  5e-74  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0335755  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.88 
 
 
595 aa  279  1e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.559097  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1758  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.29 
 
 
737 aa  277  4e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1903  exodeoxyribonuclease V, 67 kDa subunit  33.16 
 
 
706 aa  275  3e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1400  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.96 
 
 
581 aa  274  4.0000000000000004e-72  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1358  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.84 
 
 
588 aa  269  1e-70  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1747  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.42 
 
 
672 aa  267  5.999999999999999e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397917  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2643  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.19 
 
 
682 aa  266  7e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.108895  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2046  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35 
 
 
739 aa  266  1e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.591294  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1460  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.05 
 
 
698 aa  266  1e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2247  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.54 
 
 
701 aa  263  8e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.271795 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4566  hypothetical protein  34.8 
 
 
739 aa  261  2e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2280  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.8 
 
 
739 aa  261  2e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1935  exodeoxyribonuclease V  35.45 
 
 
683 aa  261  3e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.280429  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2292  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.17 
 
 
740 aa  261  3e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.615762  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2093  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.85 
 
 
740 aa  261  4e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1056  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.87 
 
 
609 aa  260  5.0000000000000005e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.923429  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2421  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.99 
 
 
664 aa  260  7e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2147  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.34 
 
 
712 aa  259  1e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1902  exodeoxyribonuclease V  34.2 
 
 
631 aa  259  1e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1851  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.69 
 
 
710 aa  258  3e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2112  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.78 
 
 
686 aa  256  9e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1773  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.35 
 
 
706 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0928  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.61 
 
 
674 aa  254  3e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.41 
 
 
662 aa  253  1e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2767  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.24 
 
 
769 aa  253  1e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0371  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.28 
 
 
588 aa  249  1e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.219276  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0998  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.43 
 
 
586 aa  246  6.999999999999999e-64  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.502416 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1615  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.17 
 
 
695 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.481167 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3388  exonuclease V subunit alpha  33.63 
 
 
618 aa  231  2e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.53 
 
 
687 aa  225  2e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2294  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.25 
 
 
598 aa  224  3e-57  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2169  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.28 
 
 
601 aa  221  3e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.613998  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0547  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  28.89 
 
 
619 aa  221  3e-56  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.607405  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01029  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.29 
 
 
731 aa  218  4e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.539328  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0897  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.84 
 
 
580 aa  217  5e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0914  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.84 
 
 
580 aa  217  5e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0903  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.84 
 
 
580 aa  216  9.999999999999999e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0479062 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10640  exonuclease V alpha subunit recD  35.61 
 
 
575 aa  214  3.9999999999999995e-54  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.47997e-19  normal  0.376997 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3374  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.16 
 
 
616 aa  214  4.9999999999999996e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.860557 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1208  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.07 
 
 
551 aa  211  3e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4013  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.86 
 
 
626 aa  209  1e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.123788 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03905  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.21 
 
 
750 aa  206  8e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.824272  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2837  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.35 
 
 
704 aa  204  4e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189529  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>