More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5079 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  69.18 
 
 		 570 aa  847    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 569 aa  1198    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  71.73 
 
 		 570 aa  885    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  65.32 
 
 		 570 aa  784    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  73.33 
 
 		 570 aa  906    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  65.97 
 
 		 573 aa  810    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.59 
 
 		 565 aa  625  1e-178  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.66 
 
 		 566 aa  622  1e-177  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  53.53 
 
 		 565 aa  616  1e-175  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.1 
 
 		 566 aa  596  1e-169  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.74 
 
 		 567 aa  596  1e-169  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.39 
 
 		 574 aa  591  1e-167  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.75 
 
 		 572 aa  591  1e-167  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.22 
 
 		 573 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.32 
 
 		 582 aa  585  1.0000000000000001e-165  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.97 
 
 		 579 aa  574  1.0000000000000001e-162  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  50.8 
 
 		 558 aa  568  1e-161  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  50.09 
 
 		 561 aa  568  1e-160  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.87 
 
 		 572 aa  567  1e-160  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.48 
 
 		 573 aa  566  1e-160  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50 
 
 		 570 aa  564  1.0000000000000001e-159  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.48 
 
 		 561 aa  561  1e-158  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.09 
 
 		 570 aa  552  1e-156  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.94 
 
 		 561 aa  553  1e-156  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  50.73 
 
 		 574 aa  545  1e-153  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.58 
 
 		 569 aa  531  1e-150  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.94 
 
 		 563 aa  521  1e-146  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.28 
 
 		 559 aa  489  1e-137  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.13 
 
 		 562 aa  491  1e-137  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.82 
 
 		 560 aa  471  1.0000000000000001e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.04 
 
 		 563 aa  468  9.999999999999999e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6353  putative oxidoreductase protein  30.62 
 
 		 550 aa  267  4e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.9 
 
 		 579 aa  263  4.999999999999999e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.33 
 
 		 579 aa  243  7e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.41 
 
 		 565 aa  237  5.0000000000000005e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.63 
 
 		 578 aa  236  9e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.93 
 
 		 581 aa  230  4e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.65 
 
 		 584 aa  226  7e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07141  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.95 
 
 		 546 aa  224  3e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.915082  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0648  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  30.29 
 
 		 546 aa  219  1e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06751  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.95 
 
 		 546 aa  218  2e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.21 
 
 		 578 aa  218  2e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07041  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  30.12 
 
 		 546 aa  217  5e-55  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12251  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.45 
 
 		 551 aa  215  1.9999999999999998e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0088  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.09 
 
 		 547 aa  210  5e-53  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.84 
 
 		 527 aa  210  5e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07121  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.52 
 
 		 547 aa  209  9e-53  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.569172  normal  0.139328 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.56 
 
 		 522 aa  203  7e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1814  oxidoreductase  28.69 
 
 		 547 aa  200  6e-50  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.315902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.84 
 
 		 523 aa  200  7e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07591  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.32 
 
 		 549 aa  195  2e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00259994 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.27 
 
 		 527 aa  194  4e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.89 
 
 		 526 aa  194  5e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0841  oxidoreductase  28.64 
 
 		 551 aa  190  5e-47  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.793794  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  27.96 
 
 		 528 aa  189  1e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  31.08 
 
 		 522 aa  187  3e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.83 
 
 		 522 aa  186  8e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.7 
 
 		 522 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  28.62 
 
 		 522 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.43 
 
 		 522 aa  184  3e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.43 
 
 		 522 aa  184  3e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.82 
 
 		 522 aa  179  2e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  27.19 
 
 		 528 aa  177  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.64 
 
 		 528 aa  177  6e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.51 
 
 		 553 aa  168  2e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.29 
 
 		 553 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.76 
 
 		 518 aa  164  4.0000000000000004e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  29.21 
 
 		 523 aa  162  1e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  27.56 
 
 		 573 aa  154  4e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.75 
 
 		 550 aa  143  7e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.54 
 
 		 547 aa  140  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.9 
 
 		 561 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.99 
 
 		 534 aa  139  2e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.1 
 
 		 545 aa  137  5e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  25.6 
 
 		 551 aa  136  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  26.17 
 
 		 573 aa  136  9.999999999999999e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1314  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.36 
 
 		 589 aa  135  1.9999999999999998e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.62 
 
 		 538 aa  135  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0230  putative dehydrogenase  23.47 
 
 		 591 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.27 
 
 		 526 aa  135  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  25.5 
 
 		 573 aa  134  6e-30  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.95 
 
 		 556 aa  133  7.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.89 
 
 		 549 aa  133  9e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.45 
 
 		 547 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.33 
 
 		 548 aa  129  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.17 
 
 		 556 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.27 
 
 		 572 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.75 
 
 		 545 aa  128  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4202  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.58 
 
 		 590 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.494803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.87 
 
 		 563 aa  128  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.81 
 
 		 556 aa  128  3e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.96 
 
 		 526 aa  127  4.0000000000000003e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.88 
 
 		 548 aa  127  5e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  25.79 
 
 		 547 aa  127  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.68 
 
 		 531 aa  123  8e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7345  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.69 
 
 		 550 aa  121  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.421505  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.65 
 
 		 515 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  27.16 
 
 		 563 aa  120  6e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  27.16 
 
 		 563 aa  120  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  27.37 
 
 		 563 aa  120  7e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>